Qiagen، V16000183، Verogen ForenSeq MainstAY SE Kit (96)

تتضمن جميع الكواشف اللازمة لـ 96 تفاعلًا لإعداد مكتبات التسلسل التي تولد بيانات لقضايا الطب الشرعي واختبارات تأكيد علم الأنساب الجيني الجنائي، بما في ذلك نفس المؤشرات الموجودة في مجموعة ForenSeq MainstAY + SE33

سمات

- أكبر مجموعة من التكرارات القصيرة المترادفة المعروفة في عملية تضخيم واحدة
- يفي بالمتطلبات الأوروبية/متطلبات SWGDAM الدنيا للنمط الفرداني Y، وCODIS، والإنتربول، وESS
- ملفات تعريف كاملة من مدخلات منخفضة من الحمض النووي الجينومي
- الكشف عن الأليلات من العينات الصعبة بتوازن فائق ومعدلات استدعاء عالية
- تسلسل 96 عينة في وقت واحد لكل تشغيل
- تمت الموافقة على تحميلها إلى نظام فهرس الحمض النووي الوطني (NDIS) لأغراض العمل (وليس SE)

تفاصيل المنتج

استهدف علامات STR الأساسية على الكروموسومات الجسدية والكروموسوم Y باستخدام مجموعة منتجات ForenSeq MainstAY، وهي الطريقة الأسهل والأكثر فعالية للحصول على بيانات عالية الدقة لأغراض التحقيق الجنائي واختبارات تأكيد الأنساب الجينية. اختر من بين خيارين مناسبين جغرافيًا: مجموعة ForenSeq MainstAY المعتمدة من NDIS، والمصممة خصيصًا لدعم معظم عمليات تحميل بيانات STR إلى قواعد البيانات الوطنية، أو مجموعة ForenSeq MainstAY SE التي تتضمن علامة SE33 متعددة الأشكال. من خلال التركيز على علامات STR المعروفة والمستخدمة في تطبيقات تحديد الهوية البشرية الروتينية، والحفاظ على التوافق مع قواعد البيانات العالمية، تُسهّل منتجات MainstAY الانتقال إلى تقنية التسلسل من الجيل التالي. يوفر سير عمل ForenSeq المألوف والمُجرّب ملفات تعريف DNA أكثر شمولًا لما يصل إلى 96 عينة دليل في أقل من ساعتين من العمل اليدوي.

أداء

التكرارات القصيرة المترادفة على الكروموسومات الجسمية: التكرارات القصيرة المترادفة على الكروموسوم Y
D1S1656 vWA CSF1PO SE33* D20S482: DYF387S1 DYS43 DYS393 DYS570
TPOX D12S391 D6S1043 D21S11: DYS19 DYS448 DYS437 DYS576
D2S441 D13S317 D7S820 PentaD: DYS385a-b DYS460 DYS438 DYS612
D2S1338 PentaE D8S1179 D22S1045: DYS389I DYS481 DYS635 Y-GATA-H4
D3S1358 D16S539 D9S1122 TH01: DYS389II DYS505 DYS643
D4S2408 D17S1301: DYS390 DYS522
FGA D18S51: DYS391 DYS533
D5S818 D19S433 D10S1248: DYS392 DYS549
الأميلوجينين

الميزة: التفاصيل
توصيات إدخال الحمض النووي: 1 نانوغرام لكل عينة من الحمض النووي الجينومي، ومسحات الخد، وبطاقة FTA؛ 1.2 مليمتر لكل عينة من ثقب بطاقة FTA
تكوين المجموعة: مجموعة تفاعل 96 ومجموعة تفاعل 384
سعة التجميع الموصى بها: 8-96 عينة لكل تشغيل
قدرة تعدد المواقع الجينية: التحليل المتزامن لـ 52 علامة جينية
محتوى مزيج البادئات: 27 من علامات STR الصبغية الجسدية العالمية بما في ذلك CODIS ومجموعة المعايير الأوروبية؛ 25 من علامات Y-STR بما في ذلك الحد الأدنى من المجموعة لقاعدة بيانات مرجع النمط الفرداني Y (YHRD).
حجم الأمبليكون: المتوسط: 235 زوجًا قاعديًا؛ الحد الأقصى: 481 زوجًا قاعديًا
الكشف عن المخاليط منخفضة المستوى: يكشف عن المكونات الثانوية بنسبة 5%
إجمالي وقت التحضير: المكتبة: 7 ساعات و15 دقيقة؛ التدريب العملي: ساعة و30 دقيقة
إجمالي وقت التسلسل: حوالي 28 ساعة باستخدام مجموعة كواشف MiSeq FGx؛ حوالي 22 ساعة باستخدام مجموعة كواشف MiSeq FGx Micro

- يُعد الجمع بين مواقع STR والأميلوجين أداة فعالة لتحديد هوية الإنسان
- يحافظ على التوافق مع قواعد البيانات الموجودة في جميع أنحاء العالم
- توصيات إدخال منخفضة تبلغ 1 نانوغرام من الحمض النووي الجينومي توفر معدل استدعاء عاليًا بشكل متكرر
- تحليل بيانات التسلسل في واجهة مألوفة وسهلة الاستخدام باستخدام وحدة تحليل MainstAY
- إعداد التقارير في أقل من 1.5 يوم

يوفر ForenSeq MainstAY نقطة انتقال سهلة لإدراج تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) في سير عملك التشغيلي. تدعم تقنية NGS تحديد النمط الجيني المتزامن لفئات مختلفة من مواقع STR في تفاعل واحد، مما يُمكّن من استخلاص أقصى قدر من المعلومات من العينة الجنائية. كما تجمع تقنية NGS بين القدرة التمييزية لمواقع STR والتغيرات الإضافية على مستوى التسلسل، والتي يمكنها تحديد الأليلات المتماثلة داخل موقع STR. تحتوي مجموعة ForenSeq MainstAY على كواشف لتضخيم 27 موقعًا من مواقع STR الصبغية الجسدية و25 موقعًا من مواقع Y-STR على شكل مُضخّمات صغيرة، وتوليد بيانات التسلسل على نظام MiSeq FGx للتسلسل باستخدام مجموعة MiSeq FGx Reagent Micro Kit. باستخدام سير العمل هذا، يمكن تحديد كل من تعدد أشكال طول التسلسل وطول الأليل في مواقع Au-STR وY-STR في عملية تضخيم واحدة. هذا يُغني عن الحاجة إلى تشغيل سير عمل متعدد، ويُعظّم القيمة المعلوماتية للعينة الجنائية، وبالتالي يزيد من القوة الإحصائية لإدراجها. كما أن تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) تقضي على مشكلة تداخل الأليلات، مما يسمح للمستخدمين باستقصاء المزيد من الأليلات في التحليل المتعدد.

يُتيح تضمين 27 علامة Au-STR و25 علامة Y-STR وعلامة الأميلوجين في تفاعل واحد نسبة احتمالية متوقعة أعلى من معظم مجموعات STR الصبغية الجسدية المتوفرة تجاريًا، كما يُتيح إجراء مقارنات مباشرة للملفات الجينية أحادية المصدر (مثلًا، في عمليات البحث في قواعد البيانات وتبادل البيانات دوليًا) بغض النظر عن طريقة التحليل المستخدمة لتحديد النمط الجيني للعينة المقارنة. يُمكّن الملف الجيني الناتج عن ForenSeq MainstAY من إجراء عمليات بحث في القضايا باستخدام علامات Au-STR، بالإضافة إلى عمليات البحث عن النمط الفرداني باستخدام قاعدة بيانات Y-STR. تُنتج علامات Y-STR ملفًا للنمط الفرداني من الحمض النووي الذكري، مما يجعلها مفيدة للغاية عند التعامل مع مخاليط الذكور والإناث. في حال وجود مُساهم ذكري واحد فقط، يُمكن استخدامها لاستبعاد المُساهمين الذكور المحتملين.

يعتمد الحد الأقصى لعدد المكتبات التي يمكن تسلسلها في وقت واحد على عدد القراءات أو عمق التغطية المطلوب لكل موقع جيني. كما أن التغطية المتوازنة للقراءات عبر مناطق التضخيم ضرورية لاستعادة المواقع الجينية والأليلات. تحتوي مجموعة ForenSeq MainstAY على عدد قليل من المؤشرات الجينية متعددة الإرسال في تفاعل تسلسل واحد، مما ينتج عنه تغطية إجمالية عالية. تم تحديد التوازن بين المواقع الجينية باستخدام مكتبات MainstAY من 1 نانوغرام من الحمض النووي المدخل من 46 عينة من ذكور سلالة كورييل، بما في ذلك عينة تحكم إيجابية للتضخيم، و49 عينة من إناث سلالة كورييل، وعينة تحكم سلبية. بلغ متوسط ​​التغطية عبر مواقع Au-STR وY-STR للعينات الذكور 669 و469 قراءة على التوالي. بينما بلغ متوسط ​​التغطية لمواقع Au-STR للعينات الإناث 1065 قراءة. بلغ فرق الطي بين علامات Au-STR ذات أعلى وأقل عمق تغطية 15 ضعفًا، بينما بلغ فرق الطي بين علامات Y-STR ذات أعلى وأقل عدد قراءات 4.6 ضعفًا (انظر الشكل "متوسط ​​عمق التغطية للعلامات المضمنة في مجموعة ForenSeq MainstAY"). وكان متوسط ​​التوازن بين المواقع الجينية للعينات الذكرية، معبرًا عنه كنسبة مئوية من إجمالي القراءات، 1.9% (علامات Au-STR: 2.2% وعلامات Y-STR: 1.6%). أما بالنسبة للعينات الأنثوية، فقد بلغ التوازن بين المواقع الجينية لعلامات Au-STR 3.7% (انظر الشكل "التوازن بين المواقع الجينية للعلامات الجينية المضمنة في مجموعة ForenSeq MainstAY").

تم حساب التوازن داخل الموضع (ILB) أو التوازن بين الأليلات المتغايرة (HB) كنسبة بين عدد قراءات الأليلات الأقل وعدد قراءات الأليلات الأعلى لزوج من الأليلات المتغايرة. بالمقارنة مع تقنية STRs القائمة على الفصل الكهربائي الشعيري (CE)، تُظهر تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS) نطاقًا أوسع للتوازن داخل الموضع (ILB) نظرًا لانحيازات التضخيم للأليلات الأصغر حجمًا أثناء تحضير المكتبة والتسلسل. تم تقييم التوازن داخل الموضع (ILB) للأليلات المتغايرة وأزواج الأنماط الجينية المتساوية باستخدام عينات الحمض النووي (DNA) بتركيز 1 نانوغرام في هذه الدراسة لكل عينة وموضع. أظهرت جميع المؤشرات في اللوحة قيمًا للتوازن داخل الموضع (ILB) أعلى من 60%، بمتوسط ​​قدره 86%. يشير التغطية والتباين المنخفض لمجموعة ForenSeq MainstAY إلى أن المضخمات متوازنة بشكل جيد، مما يقلل من احتمالية فقدان الموضع أو الأليل ويحسن من تحديد المساهمين الثانويين في الخليط (انظر الشكل "التوازن داخل الموضع للعلامات الجينية المضمنة في مجموعة ForenSeq MainstAY مع مدخلات الحمض النووي 1 نانوغرام").

تم تقييم القدرة على توليد الأنماط الجينية والأنماط الفردية عبر نطاق واسع من المدخلات باستخدام الحمض النووي الجينومي المخفف تسلسليًا بكميات قالب تبلغ 1 نانوغرام، و500 بيكوغرام، و250 بيكوغرام، و125 بيكوغرام، و62.5 بيكوغرام، و31.25 بيكوغرام، و15.625 بيكوغرام، و7.82 بيكوغرام، في ثلاث نسخ. تم تسلسل 96 مكتبة في وقت واحد باستخدام مجموعة MiSeq FGx Reagent Micro Kit. توفر مجموعة ForenSeq MainstAY Kit حساسية عالية، حيث تولد ملفات تعريف كاملة (بدون فقدان للأليلات) ومعدل استدعاء بنسبة 100% باستخدام 62.5 بيكوغرام فقط من الحمض النووي المدخل عند تسلسل 96 مكتبة في وقت واحد. لتحديد معدل استدعاء الأليلات ودقة بيانات النمط الجيني المستندة إلى التسلسل، تم توليد الأنماط الجينية والأنماط الفردية باستخدام وحدة تحليل MainstAY في برنامج التحليل الشامل بالإعدادات الافتراضية، ومقارنتها ببيانات التنميط الجيني المتعامدة من طرق التنميط الجيني التقليدية (الكشف عن طول قطعة CE لتكرارات التتابع القصيرة المترادفة). أظهرت تكرارات التتابع القصيرة المترادفة Au-STRs تطابقًا بنسبة 100% حتى 62.5 بيكوغرام، مع تطابق بنسبة 95% حتى 31 بيكوغرام. أظهرت تكرارات التتابع القصيرة المترادفة Y-STRs تطابقًا بنسبة 100% حتى 125 بيكوغرام، مع تطابق بنسبة 91% حتى 31 بيكوغرام. جميع الاستدعاءات غير المتطابقة كانت نتيجة لتكرار متقطع تجاوز مرشح التكرار المتقطع الافتراضي المُحدد لعينات 1 نانوغرام. (انظر الشكل "دراسة الحساسية مع عينات الحمض النووي الجينومي المخففة تسلسليًا والمضخمة ثلاث مرات").

لتقييم مدى تطابق الأنماط الجينية والأنماط الفردية الناتجة عن مجموعة ForenSeq MainstAY، تم تحضير 31 مكتبة، بما في ذلك معايير NIST SRM 2391d، وحمض نووي من كورييل، وعينة تحكم إيجابية للتضخيم، وثلاث عينات تحكم سلبية (NTCs)، وتم تسلسلها ثلاث مرات. تم تحليل البيانات باستخدام وحدة تحليل MainstAY في برنامج Universal Analysis Software مع عتبات التحليل الافتراضية وفلاتر التكرار. تم تحديد دقة الأنماط الجينية وأليلات الأنماط الفردية بمقارنتها ببيانات الفصل الكهربائي الشعيري المتعامد. تم تحديد الدقة ومعدلات الاستدعاء باستخدام تجارب التكرارية وإمكانية إعادة الإنتاج، حيث تم تحضير المكتبات وتسلسلها من 15 عينة تحكم من الحمض النووي بأربع نسخ، مع عينة تحكم إيجابية للتضخيم وثلاث عينات تحكم سلبية، بواسطة ثلاثة فنيين على ثلاثة أجهزة MiSeq FGx مختلفة. لوحظت دقة عالية في مواقع التكرار القصيرة المترادفة على الكروموسوم A (99.82%) ومواقع التكرار القصيرة المترادفة على الكروموسوم Y (100%). تم الكشف عن ستة أليلات غير متوافقة من أصل 3261 أليلًا في منطقة Au-STR. ولم يتم الكشف عن أي أليلات غير متوافقة في منطقة Y-STR البالغ عددها 774 أليلًا. وبالمثل، لوحظت معدلات دقة عالية بلغت 99.87% و99.42% لمنطقة Au-STR ومنطقة Y-STR على التوالي. وعُزيت جميع الاختلافات إلى تجاوز أليلات التكرار لمرشحات التكرار الافتراضية.

لتقييم قدرة مجموعة ForenSeq MainstAY على الكشف عن الأليلات الثانوية في العينات ذات المساهمة المنخفضة، تم تحضير مزيج من عينات تحكم من الإناث والذكور بتركيز 1 نانوغرام، مع اعتبار عينة الإناث هي المساهمة الرئيسية. تراوحت نسبة المساهمة الثانوية في المزيج بين 50% و0.2%. تم تقييم عدد أليلات المساهمة الثانوية الفريدة وغير المشتركة في المزيج باستخدام عتبات التحليل والتفسير الافتراضية، بالإضافة إلى مرشحات التكرار في وحدة تحليل MainstAY في برنامج التحليل الشامل (انظر الشكل "مزيج من عينات تحكم الحمض النووي الجينومي للإناث والذكور عند مستويات تخفيف متسلسلة للمساهمة الثانوية"). عند نسبة مساهمة ثانوية 50%، تم الكشف عن 31 أليلاً جسمياً ثانوياً فريداً و27 أليلاً من الكروموسوم Y. تم الكشف عن حوالي 15 أليلاً جسمياً فريداً (50% من أليلات Au-STR الفريدة) و26 أليلاً من الكروموسوم Y عند نسبة مساهمة ثانوية 5%. وعند نسبة مساهمة ثانوية 1%، أمكن الكشف عن أكثر من 10 مواقع Y-STR. يُمكّن برنامج ForenSeq MainstAY من تحديد المساهمين الثانويين بكفاءة في الخليط حتى عند مستويات المساهمة المنخفضة.

تم تقييم قدرة برنامج ForenSeq MainstAY على تحديد الأنماط الجينية والأنماط الفردية لعينات الحمض النووي المتدهورة باستخدام حمض نووي جينومي متدهور جزئيًا يحاكي عينات الطب الشرعي المعرضة لضغوط بيئية وكيميائية. تم تحضير مكتبات من 1 نانوغرام من دم متدهور من 30 عينة، بالإضافة إلى عينة تحكم إيجابية للتضخيم وعينة تحكم سلبية، في ثلاث نسخ، ثم تم تسلسلها باستخدام مجموعة Miseq FGx Reagent Micro Kit. استُخدم مؤشر التدهور (DI) لتقييم جودة مكتبات العينات. صُنفت العينات ذات مؤشر تدهور من 1 إلى 4 على أنها غير متدهورة، والعينات ذات مؤشر تدهور من 4 إلى 10 على أنها متدهورة بشكل متوسط، والعينات ذات مؤشر تدهور أكبر من 10 على أنها متدهورة بشدة. تراوح مؤشر التدهور للعينات المختبرة باستخدام MainstAY من 1 إلى 56، ما يغطي العينات المتدهورة بشكل طفيف ومتوسط ​​وشديد. تم تحديد جميع أنماط التكرارات الترادفية القصيرة (STRs) بدقة في العينات غير المتدهورة. أظهرت العينات ذات التدهور المتوسط ​​معدل استدعاء يزيد عن 85% لتسلسلات STR المُحددة بدقة، بينما أظهرت العينات ذات التدهور الشديد معدل استدعاء يزيد عن 71%، مما يدل على الحد الأدنى من فقدان تسلسلات STR القابلة للتضخيم. وأظهرت العينة ذات أعلى مؤشر تدهور (DI) وهو 56 استعادة 60% من الأليلات (40 من 74). يُمكّن برنامج ForenSeq MainstAY من الكشف عن عدد كبير من الأليلات حتى من العينات ذات التدهور الشديد (انظر الشكل "الحمض النووي الجينومي المستخلص من عينات الدم المتدهورة").

مبدأ

تعتمد آلية عمل ForenSeq MainstAY على تقنية ForenSeq المألوفة التي تُشكّل أساس مجموعة أدوات تحضير مكتبات Verogen. يُضخّم هذا التحليل الحساس، القائم على تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، 53 علامة بكفاءة عالية باستخدام مؤشرات مزدوجة فريدة (UDIs) مُدمجة، مما يُنتج مُضخّمات قصيرة تزيد من احتمالية الكشف عن الأليلات من الحمض النووي المُتدهور. يدعم حجم إدخال مستخلص الحمض النووي البالغ 8 ميكرولتر مرونةً في التعامل مع العينات ذات التركيز المنخفض وتخفيف العينات المُثبّطة.

يتضمن هذا الحل المتكامل عنصر تحكم إيجابي للتضخيم، مما يسهل عملية الشراء والمعايرة. تُمكّن هذه المجموعة من تسلسل وتحليل ما يصل إلى 96 عينة باستخدام مجموعة MiSeq FGx Reagent Micro Kit، وذلك بفضل خاصية القراءة المزدوجة الطويلة لنظام التسلسل MiSeq FGx، مما يزيد من إنتاجية العينات ويقلل من تكلفة كل عينة. كما يُتيح استخدام كمية قليلة من الحمض النووي الجينومي (1 نانوغرام) استخلاصًا موثوقًا وقابلًا للتكرار لملفات تعريف كاملة من عينات عالية الجودة أحادية المصدر، وصولًا إلى عينات ذات كمية قليلة تصل إلى 62.5 بيكوغرام وعينات صعبة التحليل.

إجراء

تُمكّن مجموعة ForenSeq MainstAY من إتمام سير العمل بالكامل في أقل من 30 ساعة عند استخدامها مع نظام التسلسل MiSeq FGx، ومجموعة كواشف MiSeq FGx، ووحدة تحليل MainstAY في برنامج التحليل الشامل (UAS). توفر وحدة تحليل MainstAY استكشافًا مُوجّهًا، وتصورًا غنيًا مع عرض المشاريع والعينات، ومراجعات دقيقة لنتائج أليلات STR مع إمكانيات تصفية وفرز شاملة. كما تُنشئ تقارير سهلة القراءة يمكن تصديرها بصيغ متعددة. يُوفر سير العمل المتكامل هذا نقطة انطلاق فعّالة من حيث التكلفة للمختبرات التي تُفكّر في استخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS) في التطبيقات الجنائية.

تتضمن آلية العمل خمس نقاط توقف آمنة ولوحة محولات مُجهزة مسبقًا، مما يزيد من كفاءة وسهولة تحضير المكتبة. تتوافق آلية العمل مع مجموعة متنوعة من مصادر الحمض النووي الجنائي الشائعة، مثل الحمض النووي الجينومي المستخلص، والمستخلصات الخام، وشرائح التخزين المثقوبة، مثل FTA.

التطبيقات

- تحليل مركز وفعال لقضايا القضايا الكبيرة

- بيانات أفضل، وتكلفة مماثلة

- متكامل ومدعوم بالكامل

استقصِ في آنٍ واحد أكبر مجموعة من المواقع الجينية الموصوفة بدقة، بما في ذلك 27 علامة STR صبغية جسدية و25 علامة Y-STR، لما يصل إلى 96 عينة. أنشئ ملفات تعريف متوازنة متوافقة مع جميع قواعد بيانات STR الحالية باستخدام 100 بيكوغرام فقط. حلّل البيانات بكفاءة باستخدام وحدة تحليل تفاعلية بسيطة، واختر من بين مجموعة من خيارات التصدير الجاهزة للتحميل والمتوافقة مع متطلبات قواعد البيانات الإقليمية.

احصل على بيانات عالية الدقة لمواقع STR الأساسية في نظام CODIS ومجموعة المعايير الأوروبية (ESS) في عملية تضخيم وتسلسل واحدة بتكلفة مماثلة لتحليل CE التقليدي. أطلق العنان لقوة تقنية التسلسل من الجيل التالي مهما كانت متطلبات الإنتاجية لديك، مع خيارين من أحجام مجموعات التسلسل.

تعتمد آلية العمل الشاملة على عملية ForenSeq المُثبتة، مما يُتيح إجراء مجموعة متنوعة من تحليلات الحمض النووي على منصة واحدة مُثبتة. تتكامل مجموعة ForenSeq MainstAY بسلاسة مع أنظمة الطائرات بدون طيار لتقييم البيانات بسرعة وإنشاء التقارير بنقرة واحدة.