مجموعة أدوات ForenSeq Kintelligence HT من شركة Qiagen، رقم الإصدار V16000190

تتضمن المجموعة جميع الكواشف اللازمة لإعداد مكتبات من عينات أشخاص مجهولي الهوية وبقايا الطعام

سمات

- يستهدف 10230 علامة SNP تم اختيارها خصيصًا لتحديد هوية الأشخاص غير المعروفين وما تبقى
- يتغلب على التحديات المتعلقة بعينات العظام باستخدام محلول تفاعل البوليميراز المتسلسل المحسن
- لوحة فهرسة مزدوجة فريدة (UDI) تسهل عملية نقل محولات الفهرسة يدويًا أو آليًا.
- يتم تسلسل ما يصل إلى 12 عينة بعد الوفاة و36 عينة قبل الوفاة في وقت واحد للوصول إلى أقارب الدرجة الثالثة

تفاصيل المنتج

يُعدّ ForenSeq Kintelligence HT أول نظام تسلسل مُوجّه مُصمّم خصيصًا للأشخاص والرفات المجهولة الهوية، أو لمشاريع تحديد القرابة واسعة النطاق. يستهدف هذا النظام 10230 علامة SNP مُختارة بعناية لتحديد القرابة، وهو مُحسّن للعمل مع عينات صعبة مثل العظام. يُتيح استخدام لوحة الفهرسة المزدوجة الفريدة (UDI) معالجة ما يصل إلى 96 عينة بعد الوفاة (PM) أو قبل الوفاة (AM) قبل الانتقال إلى مرحلة التسلسل.

تتيح تقنية ForenSeq Kintelligence HT مستوىً أعلى من تعدد التحليلات، مما يوازن بين الإنتاجية العالية وتحديد القرابة الدقيقة المطلوبة عادةً للأشخاص والرفات مجهولي الهوية. يمكن الكشف عن قرابة من الدرجة الثالثة على الأقل بحساسية ونوعية 100% عند تسلسل ما يصل إلى 12 عينة بعد الوفاة أو 36 عينة قبل الوفاة لكل تشغيل لجهاز MiSeq FGx. يتم تحليل البيانات في برنامج التحليل الشامل (UAS) باستخدام طريقة تحليل ForenSeq Kintelligence HT المُعدة مسبقًا. استخدم قاعدة بيانات UAS الجديدة المخصصة لتقنية Kintelligence HT، والتي تتميز بتخزين البيانات محليًا، ومقارنة القرابة بين عينات ما بعد الوفاة وعينات ما قبل الوفاة، ونسب الاحتمالية لمقارنة العلاقات.

أداء

الميزة: التفاصيل
تكوين المجموعة: 96 تفاعلًا
عدد المتغيرات الجينية: 10230
متوسط ​​حجم الأمبليكون: أقل من 150 زوجًا قاعديًا
إجمالي وقت تجهيز المكتبة: 10 ساعات
وقت التحضير العملي للمكتبة: أقل من 3 ساعات
مدة التسلسل: 28 ساعة
أنواع العينات المختبرة: الدم، العظام، مسحات الخد، الشعر المزروع، الأسنان، والسائل المنوي
عينات ما قبل الوفاة: عينات ما بعد الوفاة
المدخلات الموصى بها: 1 نانوغرام
سعة تعدد الإرسال: 36 مكتبة لكل تشغيل

- قوة القرابة تتجاوز STRs تحديد العلاقات بشكل موثوق حتى الدرجة الثالثة، حتى مع العينات المتدهورة.
- حل حساس للعينات ذات المدخلات المنخفضة والجودة المنخفضة. تسلسل العينات المخترقة على نظام تم التحقق منه جنائياً للحصول على نتائج يسهل الوصول إليها.
- قاعدة بيانات محلية لتحليل القرابة. اجمع بين مساري عمل مألوفين، وهما ForenSeq و GEDmatch. خوارزميات PRO لاختبار القرابة.

تُعدّ مجموعة ForenSeq Kintelligence HT أول اختبار جنائي يجمع بين التسلسل عالي الإنتاجية للعلامات الجينية المستهدفة (SNP) وقاعدة بيانات محلية لتحليل القرابة، وذلك لتحديد هوية الرفات البشرية على نطاق واسع. يتضمن سير العمل المتكامل تمامًا كيمياء مُحسّنة للعينات شديدة التلف والتلوث، وتقنية تعدد الإرسال عالية المستوى التي تُوازن بين الإنتاجية العالية ودقة تحديد القرابة، بالإضافة إلى برنامج تحليل وقاعدة بيانات للقرابة مُصممة خصيصًا لهذا الغرض، يُمكن استخدامها على قاعدة بيانات محلية للحفاظ على خصوصية العائلات المعنية.

لقد حسّنت ForenSeq Kintelliegnce HT سير العمل لكل من عينات ما بعد الوفاة (PM) وعينات ما قبل الوفاة (AM) مع إمكانيات التسلسل لما يصل إلى 12 مكتبة PM و 36 مكتبة AM مع الحصول على علاقة من الدرجة الثالثة على الأقل.

إنتاجية عالية، سير عمل مناسب للغرض:

مبدأ

الفئة: عدد المتغيرات الجينية المفردة
عدد المتغيرات الجينية المرتبطة بالأصل: 56
عدد المتغيرات الجينية المحددة للهوية: 94
تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة للقرابة: 9867
النمط الظاهري SNPs*: 22
X-SNPs: 106
Y-SNPs: 85

يُتيح تصميم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) والبادئات القوي إجراء تحليل متعدد للنيوكليوتيدات المفردة (SNP)، مما يُعزز دقة تحديد القرابة. كما يُحسّن متوسط ​​حجم المُضخّم الصغير (أقل من 150 زوجًا قاعديًا) كفاءة التضخيم ويُسهّل استخلاص وتحليل الحمض النووي المتدهور. بالإضافة إلى ذلك، تتضمن مجموعة ForenSeq Kintelligence HT Kit ستة وتسعين مُهايئًا فريدًا للفهرسة المزدوجة (UDI)، والتي تُضيف تسلسلات تعريفية فريدة إلى طرفي المكتبة لتحقيق أفضل استخلاص للبيانات.

يقوم برنامج ForenSeq Kintelligence HT باستعلام 10230 من المتغيرات الجينية المفردة المختارة بعناية لزيادة قوة القرابة إلى أقصى حد.

*يتداخل اثنان من المتغيرات الجينية (SNPs) مع فئتي الأصل والنمط الظاهري ويتم احتسابهما في فئة النمط الظاهري فقط.

تستخدم مجموعة ForenSeq Kintelligence HT نفس المتغيرات الجينية أحادية النوكليوتيد (SNPs) الموجودة في مجموعة ForenSeq Kintelligence الأصلية، بما في ذلك 9867 متغيرًا جينيًا أحادي النوكليوتيد خاصًا بالقرابة، بالإضافة إلى جميع المتغيرات الجينية أحادية النوكليوتيد الخاصة بالأصل الجغرافي الحيوي والهوية والنمط الظاهري التي تم التحقق من صحتها لتوليد معلومات استقصائية. كما تتضمن المجموعة متغيرات جينية أحادية النوكليوتيد خاصة بالكروموسوم Y ومتغيرات جينية أحادية النوكليوتيد خاصة بالكروموسوم X للمساعدة في تحديد السلالة والجنس البيولوجي، على التوالي.

تتداخل هذه المتغيرات النوكليوتيدية المفردة (SNPs) مع المؤشرات ذات الصلة في شريحة Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip ومصفوفة Infinium Global Screening Array، ويتم التحقق منها بالرجوع إلى قاعدة بيانات تجميع الجينوم (gnomAD) الإصدار 3.0 وقاعدة بيانات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (dbSNP) الإصدار 151 لضمان أداء قوي عبر مختلف المجموعات السكانية العالمية. ومن الجدير بالذكر أن برنامج ForenSeq Kintelligence HT يستبعد المتغيرات النوكليوتيدية المفردة ذات الارتباطات الطبية المعروفة أو ذات الترددات المنخفضة للأليلات الثانوية، وذلك للحد من مخاوف الخصوصية وحماية البيانات الصحية الجينية.

يتحمل نظام المحلول المنظم المُحسَّن مجموعة من المثبطات الشائعة في عينات الطب الشرعي، مثل الكالسيوم والنيلي وحمض الهيوميك، مما يُنتج معدل استدعاء يزيد عن 98%. يوفر تصميم التحليل مستوى عالٍ من سلامة العملية وجودة البيانات، مما يُمكّنك من الوثوق بتحليل حتى أصعب عينات الطب الشرعي.

إجراء

تتوافق مدخلات جهاز ForenSeq Kintelligence HT مع طرق استخلاص الحمض النووي الشائعة في مختبرات الطب الشرعي. يعتمد تحضير المكتبات على نفس الأساس الكيميائي الذي تقوم عليه مجموعة أدوات تحضير مكتبات ForenSeq. تُمكّن كواشف ForenSeq Kintelligence HT من تحضير ما يصل إلى 96 مكتبة مُفهرسة ثنائية، خاصة بالإنسان، في غضون 10 ساعات، مع أقل من 3 ساعات من العمل اليدوي. يُوصى بتجميع المكتبات للتسلسل باستخدام عينات من الساعة 12 مساءً أو 36 صباحًا.

يُستكمل التسلسل خلال 28 ساعة، والتحليل خلال ساعة واحدة، بما في ذلك تحميل البيانات إلى قاعدة بيانات UAS المحلية لتحليل القرابة والاحتمالية. يوفر نظام NGS المتكامل نتائج دقيقة. بالإضافة إلى توفير تحضير مُبسط للمكتبة يشمل التطبيع، تُتيح تقنية ForenSeq مرونة عالية في اختيار مصادر العينات، مثل مسحات الخد، والدم، والعظام، والأسنان. تتضمن مجموعة التفاعلات الـ 96 مزيجًا رئيسيًا للتضخيم، وخرزات تنقية، وبروتوكولات واضحة تتضمن ست نقاط توقف آمنة.

التطبيقات

تُعدّ مجموعة ForenSeq Kintelligence HT Kit أول اختبار جنائي يجمع بين التسلسل عالي الإنتاجية للعلامات الجينية المستهدفة وتحليل القرابة المحلية لتحديد هوية الرفات البشرية في حالات الكوارث الجماعية أو مشاريع تحديد القرابة واسعة النطاق. تتضمن آلية العمل المتكاملة تمامًا كيمياء مُحسّنة للعينات شديدة التلف والتلوث، وبرنامج تحليل مُصمّم خصيصًا لهذا الغرض مع قاعدة بيانات محلية للقرابة. وتُوازن توصيات تعدد إرسال المكتبات بين الإنتاجية ومتطلبات درجة القرابة.