Thermo Fisher، A31149، Oncomine™ Lung cfDNA Assay

اختبار Oncomine™ Lung cfDNA هو جزء من حل بحثي متكامل للكشف عن الحمض النووي المشتق من أورام الرئة (ctDNA) في الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA). يوفر هذا الاختبار الكواشف اللازمة لبناء المكتبات الجينية ومجموعة واحدة من بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) لتحضير مكتبات التضخيم من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) المستخلص من بلازما الدم الكامل في أنبوب واحد. يُمكّن هذا الاختبار الباحثين من تحليل الطفرات النقطية المفردة والحذف والإدخال القصير التي تكثر حدوثها في سرطان الرئة ذي الخلايا غير الصغيرة (NSCLC). يغطي الاختبار أحد عشر جينًا وأكثر من 150 موقعًا جينيًا ساخنًا (الجينات: ALK، BRAF، EGFR، ERBB2، KRAS، MAP2K1، MET، NRAS، PIK3CA، ROS1، وTP53). بفضل تقنية التسلسل الخاصة، يمكن الوصول إلى حد كشف (LOD) يصل إلى 0.1%. ملاحظة: يمكن العثور على ملفات BED الخاصة بالأهداف والنقاط الساخنة ودليل المستخدم لتحليل متغيرات cfDNA باستخدام برنامج Torrent Suite 5.2 أدناه ضمن "المستندات".
• تصميم مضخم محسّن للحمض النووي الخالي من الخلايا القصير (حوالي 170 زوجًا قاعديًا)
• الكشف عن كل من المتغيرات أحادية النوكليوتيد (SNVs) والحذف والإدخال القصير بدقة تصل إلى 0.1% من حد الكشف
• يسمح تصميم الفحص المستهدف الأمثل بإجراء تسلسل الجيل التالي عالي التعدد (NGS)، مما يقلل من تكاليف التسلسل
• حساسية ونوعية عاليتان للغاية، مما يتيح مستويات منخفضة للغاية من الكشف مع الحد الأدنى من النتائج الإيجابية الخاطئة
• سير عمل فعال، من أنبوب دم واحد إلى الحصول على النتائج في غضون يومين فقط. لماذا يهتم أخصائيو علم الأمراض والأورام بالبحوث السريرية للسرطان باستخدام الخزعة السائلة؟ توفر الخزعات السائلة العديد من المزايا مقارنة بعينات الأورام الصلبة التقليدية:
• أقل توغلاً في الحصول عليها، مما يتيح أخذ عينات من محتوى الورم عدة مرات
• تكلفة أقل مقارنة بعينات الأنسجة التقليدية
• وقت استجابة أسرع من العينة إلى النتائج
• يساعد في رصد المزيد من عدم تجانس الورم
قد يُسهم ذلك في تحسين معايير الرعاية الصحية مستقبلاً. يمكن إنجاز سير العمل الكامل (الموضح في الشكل أدناه)، بدءًا من عزل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) باستخدام مجموعة MagMAX™ لعزل الحمض النووي الخالي من الخلايا، وصولاً إلى تحليل العينات، في غضون يومين فقط باستخدام نظام Ion Chef™ ونظام التسلسل Ion S5™ XL. على عكس التقنيات الأخرى ذات حدود الكشف المنخفضة (1-5%)، يتميز اختبار Oncomine Lung cfDNA Assay بحدود كشف مرنة تصل إلى 0.1% أو نسخة طافرة واحدة في خلفية من 1000 نسخة من النوع البري. لتحقيق حد كشف 0.1%، يلزم 20 نانوغرام من الحمض النووي الخالي من الخلايا كمدخل. يمكن استخدام كميات أقل من الحمض النووي الخالي من الخلايا، ولكن سيكون حد الكشف الناتج أعلى اعتمادًا على الكمية المدخلة. البساطة والسرعة وقابلية التوسع: يُمكّن اختبار Oncomine Lung cfDNA Assay من إجراء دراسات جينية للسرطان باستخدام 1 نانوغرام فقط من الحمض النووي الخالي من الخلايا كمدخل لبناء مكتبة مستهدفة. يستخدم فحص الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) معدات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) القياسية وتفاعلين بسيطين، أحدهما للتسلسل والآخر لتضخيم المكتبة لاختيار الهدف عالي التعددية القائم على تفاعل البوليميراز المتسلسل، مما يقلل الحاجة إلى استثمارات رأسمالية كبيرة. بالإضافة إلى ذلك، يتوافق فحص Oncomine Lung cfDNA مع عينات FFPE لإجراء دراسات التوافق المحتملة. يستغرق الوصول إلى المكتبات المستهدفة عادةً 3.5 ساعات فقط. يتم تحقيق قابلية التوسع والمرونة باستخدام مجموعة رموز التسلسل الشريطية 1-24. للاستخدام مع (التطبيق): التسلسل.
للاستخدام مع (الأجهزة): نظام Ion GeneStudio S5، نظام Ion PGM™، نظام Ion S5™ XL
المكتبات: مكتبة التسلسل المستهدف
عدد التفاعلات: 8
خط الإنتاج: أونكوماين™
نوع المنتج: فحص الحمض النووي الخالي من الخلايا
الكمية: 8 تفاعلات
نوع العينة: الحمض النووي الخالي من الخلايا
شروط الشحن: ثلج جاف
خطوة سير العمل: بناء المكتبة باستخدام اللوحة
نوع التسلسل: تسلسل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)
حجم الوحدة: كل وحدة