Thermo Fisher، A31182، Oncomine™ Colon cfDNA Assay

اختبار Oncomine™ Colon cfDNA هو جزء من حل متكامل للكشف عن الحمض النووي المشتق من أورام القولون (أو غيرها من أورام الجهاز الهضمي) في الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA). يوفر هذا الاختبار الكواشف اللازمة لبناء المكتبات الجينية ومجموعة واحدة من بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) لتحضير مكتبات التضخيم من الحمض النووي الخالي من الخلايا المستخلص من بلازما الدم الكامل في أنبوب واحد. يُمكّن هذا الاختبار من تحليل الطفرات النقطية المفردة والحذف والإدخال القصير التي تكثر حدوثها في سرطانات القولون والجهاز الهضمي. يغطي الاختبار أربعة عشر جينًا تحتوي على أكثر من 240 موقعًا ساخنًا (الجينات: AKT1، BRAF، CTNNB1، EGFR، ERBB2، FBXW7، GNAS، KRAS، MAP2K1، NRAS، PIK3CA، MAD4، TP53، APC). باستخدام تقنية تسلسل العلامات، يمكن الوصول إلى حد كشف (LOD) يصل إلى 0.1%. ملاحظة: يمكن العثور على ملفات BED الخاصة بالأهداف والنقاط الساخنة ودليل المستخدم لتحليل متغيرات الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) باستخدام برنامج Torrent Suite 5.2 أدناه ضمن قسم "المستندات".
• تصميم مضخم قصير مُحسَّن للحمض النووي الخالي من الخلايا المجزأ (بطول 170 زوجًا قاعديًا تقريبًا)
• الكشف عن كل من المتغيرات النوكليوتيدية المفردة (SNVs) وعمليات الإدخال والحذف في النقاط الساخنة بدقة تصل إلى 0.1% من حد الكشف
• حساسية ونوعية عاليتان للغاية، مما يتيح مستويات منخفضة للغاية من الكشف مع الحد الأدنى من النتائج الإيجابية الخاطئة
• يمكن تشغيل 6 عينات على شريحة Ion 530™، مما يقلل من تكاليف التسلسل الإجمالية
• سير عمل فعال، من أنبوب دم واحد إلى النتائج في غضون يومين فقط. توفر الخزعات السائلة العديد من المزايا مقارنة بخزعات الأورام الصلبة التقليدية:
• تعتبر الخزعات السائلة أقل توغلاً، مما يسمح بأخذ العينات في نقاط زمنية متعددة لمراقبة تطور الحالة.
• تكلفة أقل مقارنة بخزعات الأنسجة التقليدية
• وقت استجابة أسرع من العينة إلى النتائج
• رصد المزيد من التباين الورمي: يمكن إنجاز سير العمل الكامل (الشكل أدناه)، بدءًا من عزل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) باستخدام مجموعة MagMAX™ لعزل الحمض النووي الخالي من الخلايا، وصولًا إلى تحليل العينات، في غضون يومين فقط باستخدام نظام التسلسل Ion S5™ XL. يوجد الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) بتراكيز منخفضة للغاية في بلازما الدم الكامل. ونظرًا لانخفاض انتشاره، تُستخدم تقنية تسلسل العلامات في هذا التحليل. تربط هذه التقنية علامة جزيئية فريدة بالبادئات الخاصة بالجين. ثم تُجمع المنتجات المُضخمة في مجموعات تحتوي على نفس العلامات. تُحدد المجموعات التي تحتوي على نفس الطفرة باستخدام إعدادات مُحسّنة لبرنامج تحديد الطفرات لتطبيق الخزعة السائلة في علم الأورام. أما المجموعات التي تحتوي على أخطاء عشوائية، والتي عادةً ما تنتج عن عملية بناء المكتبة/التسلسل، فتُحدد وتُزال من عملية تحديد الطفرات. على عكس التقنيات الأخرى ذات حدود الكشف التي تتراوح بين 1-5%، يتميز اختبار Oncomine Colon cfDNA Assay بحدود كشف مرنة تصل إلى 0.1% أو نسخة واحدة طافرة في خلفية من 1000 نسخة من النوع البري. ولتحقيق حد كشف 0.1%، يلزم 20 نانوغرام من الحمض النووي cfDNA المُدخل. يمكن استخدام كميات أقل من الحمض النووي cfDNA (تصل إلى 1 نانوغرام)، ولكن سيكون حد الكشف أعلى اعتمادًا على الكمية المُدخلة. يتميز اختبار Oncomine Colon cfDNA Assay بالبساطة والسرعة وقابلية التوسع في تقنية تسلسل العلامات، مما يُمكّن من إجراء دراسات جينية للسرطان باستخدام 1 نانوغرام فقط من الحمض النووي cfDNA المُدخل لبناء مكتبة مُستهدفة. يستخدم اختبار cfDNA معدات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) القياسية وتفاعلي PCR بسيطين، أحدهما لربط العلامات الجزيئية الفريدة والآخر لتضخيم المكتبة، لاختيار الهدف عالي التعدد القائم على تفاعل البوليميراز المتسلسل دون الحاجة إلى استثمار رأسمالي كبير. بالإضافة إلى ذلك، يتوافق اختبار Oncomine Colon cfDNA Assay مع عينات FFPE لإجراء دراسات التوافق المُحتملة. يستغرق الوصول إلى المكتبات المستهدفة 3.5 ساعات فقط. تُحقق قابلية التوسع والمرونة باستخدام مجموعة رموز التسلسل الشريطية 1-24 (رقم المنتج A31830) أو مجموعة رموز التسلسل الشريطية Taq 25-48 (رقم المنتج A31847) لتحليل عينات متعددة الرموز الشريطية على رقائق Ion S5. تعرّف على المزيد حول فحوصات Oncomine cfDNA > للاستخدام مع (التطبيق): التسلسل
للاستخدام مع (المعدات): نظام Ion PGM™
المكتبات: مكتبة التسلسل المستهدف
عدد التفاعلات: 8
خط الإنتاج: أونكوماين™
نوع المنتج: فحص الحمض النووي الخالي من الخلايا
الكمية: 8 تفاعلات
نوع العينة: الحمض النووي الخالي من الخلايا
شروط الشحن: ثلج جاف
خطوة سير العمل: بناء المكتبة
نوع التسلسل: تسلسل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)
حجم الوحدة: كل وحدة