Thermo Fisher، A35865، Oncomine™ Breast cfDNA Research Assay v2

اختبار Oncomine™ Breast cfDNA Research Assay v2: يُعد اختبار Oncomine Breast cfDNA Assay v2 جزءًا من حل متكامل للكشف عن الحمض النووي المشتق من أورام الثدي (ctDNA) في الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA). يوفر هذا الاختبار الكواشف اللازمة لبناء المكتبات، بالإضافة إلى مجموعة واحدة من بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) لتحضير مكتبات التضخيم من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) المستخلص من جزء البلازما في أنبوب واحد من الدم الكامل (10 مل). توفر الخزعات السائلة العديد من المزايا مقارنةً بخزعات الأورام الصلبة التقليدية.
• أقل توغلاً، مما يسمح بأخذها في أوقات متعددة لمراقبة تطور السرطان
• تكلفة أقل
• وقت استجابة أسرع من العينة إلى النتائج
• تمثيل أفضل لعدم تجانس الورم: يُمكّن اختبار Oncomine Breast cfDNA v2 من تحليل ما يلي:
• الجينات الساخنة: AKT1، EGFR، ERBB2، ERBB3، ESR1، FBXW7، KRAS، PIK3CA، SF3B1، TP53 (حوالي 152 جينًا ساخنًا)
• جينات عدد النسخ (CNVs): CCND1، ERBB2، FGFR1
• جينات كاملة الطول: TP53 (تغطية 80% تقريبًا). تم تحديد هذه الجينات على أنها تتعرض لطفرات متكررة في سرطان الثدي. وباستخدام تقنية تسلسل العلامات، يمكن تحقيق حدود كشف منخفضة لأنواع مختلفة من الطفرات*.
• بالنسبة للطفرات النقطية المفردة/الحذف والإدخال القصير، يمكن تحقيق حد كشف يبلغ 0.1% مع حساسية تبلغ حوالي 80% وخصوصية تزيد عن 99%.
• يمكن تحقيق حد كشف يبلغ 0.5% للكشف عن طفرات TP53
بالنسبة لأهداف ERBB2 وFGFR1 CNV، يمكن الكشف عن تضخيم يصل إلى ضعفين، وبالنسبة لهدف CCND1 CNV، يمكن الكشف عن تضخيم يصل إلى أربعة أضعاف، بحساسية تزيد عن 90% وخصوصية تزيد عن 99%. يمكن إنجاز سير العمل بالكامل (الشكل أدناه)، بدءًا من عزل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) باستخدام مجموعة MagMAX لعزل الحمض النووي الخالي من الخلايا (رقم المنتج A29319) وصولًا إلى تحليل العينات، في غضون يومين فقط باستخدام نظام التسلسل Ion S5 XL. يوجد الحمض النووي الخالي من الخلايا (ctDNA) بتراكيز منخفضة للغاية في بلازما الدم الكامل. ونظرًا لانخفاض انتشاره، تُستخدم تقنية التسلسل بالعلامات في هذا التحليل. تربط هذه التقنية علامات جزيئية فريدة بالبادئات الخاصة بالجين (الشكل أدناه). بعد التضخيم، تُصنف الجزيئات الموسومة بناءً على العلامات المُضخمة. تُعتبر المجموعات التي تحتوي على نفس الطفرة بنسبة 80% أو أكثر إيجابية. وباستخدام تقنية الوسم، تُزال المجموعات التي تحتوي على أخطاء عشوائية ناتجة عن عملية بناء المكتبة/التسلسل. على عكس التقنيات الأخرى ذات حدود الكشف التي تتراوح بين 1-5%، يتميز اختبار Oncomine Breast cfDNA Assay v2 بحد كشف مرن يبلغ 0.1% للطفرات النقطية المفردة (SNVs) أو نسخة طافرة واحدة في خلفية من 1000 نسخة من النوع البري. ولتحقيق حد كشف 0.1%، يلزم 20 نانوغرام من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) كمدخل. يمكن استخدام كميات أقل من الحمض النووي الخالي من الخلايا، ولكن ستكون نسبة حد الكشف أعلى اعتمادًا على كمية المدخل (انظر الشكل أدناه). المزايا:
• تصميم محسّن للأمبليكون لـ cfDNA القصير يضمن أعلى معدل التقاط ممكن
• يسمح تصميم الفحص المستهدف الأمثل بإجراء تسلسل الجيل التالي عالي التعدد (NGS)، مما يقلل من تكاليف التسلسل لكل عينة
• سير عمل فعال في يومين فقط: يمكن تحليل الطفرات النقطية المفردة (SNVs) والحذف والإدخال القصير باستخدام برنامج Torrent Suite الإصدار 5.2 أو أحدث. ولتحليل الطفرات النقطية المفردة والحذف والإدخال القصير وتغيرات عدد النسخ (CNVs)، يلزم استخدام برنامج Ion Reporter الإصدار 5.6 (متوفر على السحابة أو الخادم). تتميز تقنية تسلسل العلامات بالبساطة والسرعة وقابلية التوسع. يُمكّن اختبار Oncomine Breast cfDNA Assay v2 من إجراء دراسات جينية للسرطان باستخدام 1 نانوغرام فقط من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) لإنشاء مكتبات مستهدفة. يستخدم اختبار cfDNA Assay معدات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) القياسية وتفاعلي PCR بسيطين، أحدهما لربط العلامات الجزيئية الفريدة والآخر لتضخيم المكتبة، وذلك لاختيار الأهداف المتعددة باستخدام تفاعل PCR عالي التعدد. بالإضافة إلى ذلك، يتوافق اختبار Oncomine Breast cfDNA Assay v2 مع عينات FFPE لإجراء دراسات التوافق المحتملة. يستغرق إنشاء المكتبات المستهدفة 3.5 ساعات فقط. تُحقق قابلية التوسع والمرونة باستخدام مجموعات الباركود التسلسلي للعلامات من 1 إلى 24 (رقم المنتج A31830) أو من 25 إلى 48 (رقم المنتج A31847) لتحليل عينات متعددة الباركود على رقائق Ion S5. *تم تحديد حساسية ونوعية كل نوع من أنواع المتغيرات باستخدام مجموعة من العينات الإيجابية المُصنّعة وcfDNA المعزول من متبرعين أصحاء. للاستخدام مع (التطبيق): التسلسل
عدد التفاعلات: 8
خط الإنتاج: أونكوماين™
نوع المنتج: اختبار بحث الحمض النووي الخالي من الخلايا في الثدي الإصدار الثاني
الكمية: 8 تفاعلات
شروط الشحن: ثلج جاف
حجم الوحدة: كل وحدة