BD, 572241, Panel de proteínas adaptativas BD® OMICS-One

Reactividad: Humana (Probada en desarrollo)
Solicitud: Secuenciación de 3' de células individuales (calificada)
Estado regulatorio: RUO
Tampón de almacenamiento: polvo liofilizado que contiene BSA y ≤ 0,25 % de azida sódica.
Descripción: Descripción El panel de proteínas adaptativas BD® OMICS-One consta de 4 tubos individuales, 2 tubos de panel de proteínas de células T (1 prueba/tubo) que contiene 30 especificidades diferentes contra los principales marcadores de células T y 2 tubos de panel de proteínas de células B (1 prueba/tubo) que contiene 30 especificidades diferentes contra los principales marcadores de células B. Diseñado y optimizado para funcionar en el sistema BD Rhapsody™, el panel de proteínas adaptativas está probado para funcionar a la perfección junto con el ensayo de análisis del transcriptoma completo (WTA) BD Rhapsody™, el ensayo de ARNm dirigido, el kit de multiplexación de células individuales BD® (SMK), el ensayo CITE-seq intracelular BD® (IC-AbSeq) y el ensayo multiómico TCR/BCR Next BD Rhapsody™ para humanos. Cada anticuerpo individual se conjugó con un oligonucleótido que contiene una secuencia de código de barras de anticuerpo específica, flanqueada por una cola de poliA en el extremo 3' y un punto de PCR común (sitio de unión del cebador de PCR) en el extremo 5'. Todas las secuencias de código de barras AbSeq se generaron in silico con una similitud mínima de secuencia con los genomas humanos, presentan una estructura secundaria predicha baja y una alta distancia de Hamming dentro del portafolio de anticuerpos-oligos de BD, lo que permite la corrección de errores de secuenciación y un mapeo único. La cola de poliA del oligonucleótido permite que la secuencia de código de barras sea capturada por las perlas de captura celular mejoradas BD Rhapsody™. El punto de PCR 5' permite la generación eficiente de bibliotecas de secuenciación para diversas plataformas de secuenciación. Cada anticuerpo individual existe en una concentración óptima dentro del panel de 59 plexos para permitir una resolución superior del objetivo y la población. El panel de proteínas adaptativas está diseñado con tecnología SMART. La tecnología SMART ayuda a reducir los costes de secuenciación y a aumentar la resolución de los datos al atenuar los anticuerpos dirigidos a marcadores primarios de alta expresión y permitir la reasignación de las lecturas de secuenciación a marcadores con niveles de expresión más bajos. Con la tecnología SMART, se pueden cuantificar los marcadores de baja expresión sin necesidad de una secuenciación más profunda ni incurrir en costes elevados. El Panel de Proteínas Adaptativas atenua cuatro especificidades: CD4, CD44, CD43 y HLA-DR.
Preparación y almacenamiento: Conservar a 2-8 °C y protegido de la luz. No congelar.
Procedimientos de ensayo recomendados: Procedimientos de ensayo recomendados 1. Retire un tubo de BD® OMICS-One T-Cell Protein Panel y un tubo de BD® OMICS-One B-Cell Protein Panel de las bolsas de aluminio y deje que alcancen la temperatura ambiente durante 5 minutos. 2. Asegúrese de que ambos pellets se encuentren en el fondo de los tubos. De lo contrario, centrifugue brevemente para recoger el contenido en el fondo del tubo. 3. Para cada tubo, agregue 35 µL de agua libre de nucleasas al fondo del tubo y deje que los anticuerpos se reconstituyan durante 5 minutos a temperatura ambiente. 4. Transfiera los anticuerpos reconstituidos a hielo hasta que las células estén listas para la tinción. Nota: Reconstituya los anticuerpos inmediatamente antes de la tinción celular. La incubación prolongada del anticuerpo reconstituido podría aumentar el fondo no específico. 5. Para la prueba drop-in de BD® AbSeq Ab-Oligo de 42 plex o menos, prepare la MasterMix de etiquetado de BD® AbSeq siguiendo el procedimiento de las dos tablas siguientes en un tubo LoBind de 1,5 ml con hielo. Nota: Para pruebas drop-in con más de 42 plex, contacte con el soporte técnico para realizar el cálculo. Para el etiquetado secuencial con etiquetas de muestra o sin etiquetas de muestra, prepare la mezcla maestra de etiquetado BD® AbSeq para drop-ins de la siguiente manera: ____________________________________________________________________________________________ Componente 1 muestra (µL) 1 muestra + 2 muestras + 30 % de exceso (µL) 30 % de exceso (µL) Por BD® AbSeq Ab-Oligo 2,0 2,6 5,2 Total de BD® AbSeq Ab-Oligo 2,0 × N* 2,6 × N 5,2 × N FBS † (número de catálogo 554656) 105 – (2,0 x N) 137 – (2,6 x N) 273 – (5,2 x N) Total 105 137 273 Para el etiquetado conjunto con etiquetas de muestra, prepare la mezcla maestra de etiquetado BD® AbSeq para drop-ins de la siguiente manera: ____________________________________________________________________________________________ Componente 1 muestra (µL) 1 muestra + 2 muestras + 30% de exceso (µL) 30% de exceso (µL) Por BD® AbSeq Ab-Oligo 2,0 2,6 5,2 Total de BD® AbSeq Ab-Oligo 2,0 × N* 2,6 × N 5,2 × N FBS † (número de catálogo 554656) 85 – (2,0 × N) 111 – (2,6 × N) 221 – (5,2 × N) Total 85 111 221 * N = número de anticuerpos de inserción directa. N = 0 si no hay anticuerpos de inserción directa. † FBS = tampón de tinción BD Pharmingen™. 6. Pipetee la mezcla maestra de etiquetado BD® AbSeq para drop-ins. Centrifugue brevemente para recoger el contenido en el fondo y vuelva a colocar en hielo. 7. Para el etiquetado secuencial con o sin etiquetas de muestra, combine los dos tubos con 35 µL de solución reconstituida de panel de proteínas de células T y 35 µL de solución reconstituida de panel de proteínas de células B. Añada 105 µL de la mezcla maestra de etiquetado BD® AbSeq para drop-ins al tubo con 70 µL de solución reconstituida de panel de proteínas de células T y células B para completar un volumen total de 175 µL. Para el coetiquetado con etiquetas de muestra, combine primero los dos tubos con 35 µL de solución reconstituida de panel de proteínas de células T y 35 µL de solución reconstituida de panel de proteínas de células B. A continuación, añada 85 µL de la mezcla maestra de etiquetado BD® AbSeq de gotas y 20 µL de etiqueta de muestra al tubo que contiene 70 µL de la solución reconstituida del panel de proteínas de células T y células B para completar un volumen total de 175 µL. 8. Mezcle con la pipeta la mezcla, centrifugue brevemente para recoger el contenido en el fondo del tubo y vuelva a colocar en hielo. 9. Centrifugue las células a 400 × g durante 5 minutos. Si se utiliza el bloque Fc, continúe con el paso 10. Si no se utiliza el bloque Fc, vaya al paso 11. 10. (Opcional) Para las muestras que contienen linfocitos mieloides y B, BD Biosciences recomienda bloquear las señales de falsos positivos mediadas por el receptor Fc no específico con el bloque Fc BD humano (n.º de cat. 564220). a. Para realizar el bloqueo, pipetee el Fc Block MasterMix en un tubo LoBind nuevo de 1,5 mL en hielo: _________________________________________________________________________________ Componente 1 muestra (µL)* 1 muestra + 20 % de exceso (µL) FBS† (número de catálogo 554656) 20,0 24,0 Fc Block‡ (número de catálogo 564220) 5,0 6,0 Total 25,0 30,0 * Suficiente para hasta 1 millón de células. Para bloquear más células, ajuste el volumen. † FBS = tampón de tinción BD Pharmingen™. ‡ Fc Block = BD Pharmingen™ Human BD Fc Block. b. Pipetee y mezcle el Fc Block MasterMix y centrifugue brevemente. Coloque en hielo. c. Retire el sobrenadante de las células sin alterar el sedimento. d. Resuspenda las células en 25 µL de Fc Block MasterMix. e. Incube las células a temperatura ambiente (15 °C a 25 °C) durante 10 minutos. f. Añada 175 µL de BD® AbSeq labeling MasterMix del paso 8 a la suspensión celular. Pipetee y mezcle y proceda al paso 12. 11. Retire el sobrenadante de las células sin alterar el pellet. Añada 25 µL de tampón de tinción (FBS) a los 175 µL de BD® AbSeq labeling MasterMix del paso 8 para completar un volumen total de 200 µL. Resuspenda el pellet celular en un volumen total de 200 µL. Pipetee y mezcle. 12. Transfiera las células con BD® AbSeq labeling MasterMix a un nuevo tubo Falcon de poliestireno de 5 mL. 13. Teñir las células en hielo durante 30 minutos. 14. Añada 3-4 mL de tampón de tinción (FBS) a las células marcadas y mezcle con la pipeta. 15. Centrifugue a 400 × g durante 5 minutos. 16. Destape el tubo e inviértalo para decantar el sobrenadante en residuos biopeligrosos. Mantenga el tubo invertido y seque suavemente con una toallita sin pelusa para eliminar el sobrenadante residual del borde del tubo. 17. Repita los pasos 14-16 dos veces más para un total de tres lavados. 18. Resuspenda el sedimento celular lavado final en 620 µL de tampón de muestra frío del reactivo de cartucho mejorado BD Rhapsody™ V3 (n.° de cat. 667052) y proceda a la captura de células individuales con los pasos de lavado en el cartucho descritos en los siguientes subpasos. Consulte el Protocolo de Captura de Células Individuales y Síntesis de ADNc del Sistema de Análisis de Células Individuales BD Rhapsody™ HT (Doc ID 23-24252) o el Protocolo de Captura de Células Individuales y Síntesis de ADNc del Sistema BD Rhapsody™ HT Xpress (Doc ID 23-24253) para obtener más información. Nota: Realice el lavado en el cartucho después de la sedimentación celular (incubación de 8 minutos) de la siguiente manera: a. En la sección del protocolo "Carga de células en el Cartucho de 8 Carriles BD Rhapsody™", después de la carga celular, incube el cartucho en oscuridad a temperatura ambiente durante 8 minutos. b. Coloque el cartucho en BD Rhapsody™ HT Xpress y realice las siguientes operaciones: _____________________________________________________________ Material a cargar Volumen (µL) 1 carril Modo Pipeta Aire 380 Cebado/Lavado Frío Buffer de Muestra 380 Cebado/Lavado Aire 380 Cebado/Lavado Frío Buffer de Muestra 380 Cebado/Lavado c. (Opcional) Realice el paso del escáner: Escaneo de Carga Celular, si utiliza el Protocolo de Captura de Células Únicas y Síntesis de ADNc del Sistema de Análisis de Células BD Rhapsody™ HT (Doc ID 23-24252). No es necesario un retraso de 8 minutos antes del escaneo. Advertencia: Todas las muestras y materiales biológicos se consideran biopeligrosos. Manéjelos como si fueran capaces de transmitir infecciones y deséchelos utilizando las precauciones adecuadas de acuerdo con las regulaciones federales, estatales y locales. Nunca pipetee con la boca. Use ropa, gafas y guantes de protección adecuados. Lista de las 30 especificidades AbSeq humanas incluidas en el panel de células T BD® OMICS-One: ________________________________________________________________________________ Especificidad Clon Oligo ID Código de barras BD® AbSeq Secuencia CD103 Ber-ACT8 AHS0001 AAATAGTATCGAGCGTAGTTAAGTTGCGTAGCCGTT CD137 4B4-1 AHS0003 TGACAAGCAACGAGCGATACGAAAGGCGAAATTAGT CD45RA HI100 AHS0009 AAGCGATTGCGAAGGGTTAGTCAGTACGTTATGTTG CD69 FN50 AHS0010 CAATAACGGGTCATAGTAAGTCGCGAGTAAGAGGGC CD278 DX29 AHS0012 ATAGTCCGCCGTAATCGTTGTGTCGCTGAAAGGGTT CD134 (OX40) ACT35 AHS0013 GGTGTTGGTAAGACGGACGGAGTAGATATTCGAGGT CD279 (PD-1) EH12.1 AHS0014 ATGGTAGTATCACGACGTAGTAGGGTAATTGGCAGT CD366 (TIM-3) 7D3 AHS0016 TAGGTAGTAGTCCCGTATATCCGATCCGTGTTGTTT CD223 (Lag3) T47-530 AHS0018 CGGCATGAATTAGGCGAGACTTAGTATACGAGCTGG CD95 (Fas) DX2 AHS0023 GGCCCGTTAGAGTTGGTATCCGTATGAAGGTTAGCT CD25 2A3 AHS0026 AGTTGTATGGGTTAGCCGAGAGTAGTGCGTATGATT CD127 HIL-7R-M21 AHS0028 AGTTATTAGGCTCCGTAGGTATGTTTAGGTTATCGCG CD183 1C6/CXCR3 AHS0031 AAAGTGTTGGCGTTATGTGTTCGTTAGCGGTGTGGG CD4 SK3 AHS0032 TCGGTGTTATGAGTAGGTCGTCGTGCGGTTTGATGT CD196 (CCR6) 11A9 AHS0034 ACGTGTTATGGTGTTGTTCGAATTGTGGTAGTCAGT CD45RO UCHL1 AHS0036 TGAGAGGTTATTGGGCGTATGACTTCGGTGATTGTG CD194 (CCR4) 1G1 AHS0038 AATATTAGTGGGTCCTCGCGTTGGCCGGTTGTTAGT CD62L DREG-56 AHS0049 ATGGTAAATATGGGCGAATGCGGGTTGTGCTAAAGT CD272 J168-540 AHS0052 GTAGGTTGATAGTCGGCGATAGTGCGGTTGAAAGCT CD154 TRAP1 AHS0077 TAAGAGGTAAGTGCATTCGGGTATAGGCGTGATTTG CD357 (GITR) V27-580 AHS0104 TCTGTGTGTCGGGTTGAATCGTAGTGAGTTAGCGTG CD28 L293 AHS0138 TTGTTGAGGATACGATGAAGCGGTTTAAGGGTGTGG TCRgd 11F2 AHS0142 CTCGTGGGTTAGGCTTGATCGTAGTTATGTATGGTT CD44 L178 AHS0167 GTGATTGATTAGGACAGTTCGTTGCTTAGTAGTGGG TCR Va24-Ja18 6B11 AHS0175 TTCTGGTTCGGTTGAGCTACTAATTTCGTTGGATGG CD161 (KLRB1) HP-3G10 AHS0205 TTTAGGACGATTAGTTGTGCGGCATAGGAGGTGTTC CD8 SK1 AHS0228 AGGACATAGAGTAGGACGAGGTAGGCTTAAATTGCT CD3 UCHT1 AHS0231 AGCTAGGTGTTATCGGCAAGTTGTACGGTGAAGTCG CD197 (CCR7) 2-L1-A AHS0273 AATGTGTGATCGGCAAAGGGTTCTCGGGTTAATATG TIGIT tgMab-2 AHS0411 AGAGGGTTTAGTCAAGGTCGTGCGTATAGTTCAGGT Lista de las 30 especificidades AbSeq humanas incluidas en el panel de células B BD® OMICS-One: ________________________________________________________________________________ Especificidad Clon Oligo ID BD® AbSeq Código de barras Secuencia CD20 2H7 AHS0008 TTGCTTGTTGCGCGTTAGAGAGTATGTCGGGAGATG CD275 2D3/B7-H2 AHS0011 GTTTATATGTACGACGCCCGGTTGACGAGTGGAAGT CD38 HIT2 AHS0022 GTCAACGATGGGTAGCGGTAGAAATAACGGAACTGG CD95 DX2 AHS0023 GGCCCGTTAGAGTTGGTATCCGTATGAAGGTTAGCT CD27 M-T271 AHS0025 TGTCCGGTTTAGCGAATTGGGTTGAGTCACGTAGGT CD19 SJ25C1 AHS0030 TAGTAATGTGTTCGTAGCCGGTAATAATCTTCGTGG HLA-DR G46-6 AHS0035 TGTTGGTTATTCGTTAGGCATCCGTTTGGGCGTGG CD185 (CXCR5) RF8B2 AHS0039 AGGAAGGTCGATTGTATAACGCGGCATTGTAACGGC CD24 ML5 AHS0042 ACTTTGGGTTGAGCGCATGATTATTCGTGACACTTT CD80 L307.4 AHS0046 GAGGGTAACGGGTGTCCAAATATCGGCTGTGTAAGT CD5 UCHT2 AHS0047 ACGAAGCGAGCGAAGAACCTATGCGATTGAGTAAGT CD10 HI10a AHS0051 CCTGTTTGATGCGTACGGAGATTTAGCGGATTTATG IgD IA6-2 AHS0058 TGAGGGATGTATAGCGAGAATTGCGACCGTAGACTT IgG G18-145 AHS0059 AGGTAGGTTATCGTAGGGTAGACTTAGCGGGCATTG CD184 (CXCR4) 12G5 AHS0060 CAGTGTTTAGAGCGGGTTGCATATGTCGTTTAGAGG CD34 581 AHS0061 TGGGTGTATTACGGTTAGTTTATGCGCGAAGGTGTT CD21 B-ly4 AHS0074 GTATTCGCGTATTGTCAGTCGGTAGGGTTATGGTCT CD9 M-L13 AHS0082 GGGTTGTAAGTCGTCGGAAGTGTGAAGCGTATAGTG CD126 M5 AHS0096 AATGGTGAATCGCCCTAGCAAGTGGTATCGGAATCG CD30 BERH8 AHS0114 CCAGTGTAGATTGAGCCGTCGATTTAGTTAGCAGTG CD40 5C3 AHS0117 GGTGTAATTGGGCTAGAACGTATATGCGGTAAGGCG CD138 MI15 AHS0121 TAAGCTGCCGGTATTGGAAACGTATCGATCTATTGG CD79B CB3-1 AHS0153 CATCATGAGTAGTTGCTTCGGCGAGTAGGTTTAATT CD22 HIB22 AHS0195 TGGTTCGTGACTGTATAGGCTTAGCTTAGGCAATTT IgM G20-127 AHS0198 TTTGGAGGGTAGCTAGTTGCAGTTCGTGGTCGTTTC CD43 1G10 AHS0200 ATGGCGGATGGATTTGTCGGTGATATTGCTCTCGTT CD268 (BAFF-R) 11C1 AHS0206 TGTGAATGAGTTAAGCGTCGCGGATATGTAGAGCCT CD23 EBVCS-5 AHS0210 TTTGATGTGGGCGGGTTGTATTACGGTTTCGAGTCT CD73 AD2 AHS0216 AAAGTAGGGTCGATCAAGGGAGTTAACGGTAGCGCT CD1d CD1d42 AHS0219 GTTAGGATTATTGACGTACCGAGTTAGGAGTGATTG Tanto los paneles de proteínas de células T como de células B contienen el mismo anticuerpo CD95.
Avisos del producto: Este reactivo se proporciona liofilizado en un formato pretitulado. Visite https://www.bdbiosciences.com/en-us/resources/protocols/single-cell-multiomics para obtener protocolos adicionales de BD Rhapsody™. Consulte https://www.bdbiosciences.com/en-us/resources/protocols/single-cell-multiomics para obtener protocolos técnicos. Visite https://abseq-ref-gen.genomics.bd.com/ para acceder a los archivos de referencia de AbSeq en formato FASTA para análisis bioinformáticos. Precaución: La azida sódica produce ácido hidrazoico altamente tóxico en condiciones ácidas. Diluya los compuestos de azida en agua corriente antes de desecharlos para evitar la acumulación de depósitos potencialmente explosivos en las tuberías. Siga las directrices estatales y locales al desechar residuos peligrosos. La fuente de todas las proteínas séricas proviene de mataderos inspeccionados por el USDA ubicados en Estados Unidos. Para consultar las patentes estadounidenses aplicables, consulte bd.com/patents. Consulte http://regdocs.bd.com para acceder a las fichas de datos de seguridad (FDS).