Thermo Fisher, 550961, Matriz de genotipado de corales y algas Axiom™ (formato 384HT)

Matriz de Genotipado de Corales y Algas Axiom™ (formato 384HT). La matriz de genotipado de corales y algas Axiom (Axiom AcropSNP) se diseñó en colaboración con la Dra. Iliana Baums y el laboratorio Baums de la Universidad Estatal de Pensilvania. Esta matriz se diseñó para coanalizar el hospedador coralino (Acropora) y las algas simbiontes (Symbiodiniaceae) basándose en los loci de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) seleccionados para resolver genotipos multilocus del hospedador (genetas) y las simbiontes (cepas). También se seleccionaron SNP para distinguir poblaciones hospedadoras y determinar la ascendencia de los híbridos coralinos en los acropóridos del Caribe. Un subconjunto de loci de SNP puede utilizarse para genotipificar los acropóridos del Pacífico.
El conjunto consta de 53.589 SNP del coral huésped y 4.021 SNP de algas simbiontes. Este conjunto también está disponible en formato mini-96.
El laboratorio Baums ha combinado herramientas analíticas para producir genotipos multilocus de hospedadores basados ​​en estos marcadores SNP en un flujo de trabajo denominado Herramientas Estándar para el Genotipado de Acropóridos (STAG). El flujo de trabajo y la base de datos de STAG se integran en un entorno Galaxy personalizado, que permite la identificación consistente de cepas de genes hospedadores y simbiontes, y puede servir como modelo para el desarrollo de futuras matrices para otros géneros de coral.
Referencias1. Kitchen SA, Ratan A, Bedoya-Reina OC, et al. Variantes genómicas entre corales Acropora amenazados. G3 (Betesda). 2019;9(5):1633-1646.
2. Kitchen SA, Von Kuster G, Kuntz KLV, et al. STAGdb: una matriz de genotipado de 30.000 SNP y portal científico para corales Acropora y sus simbiontes dinoflagelados. Sci Rep. 2020;10(1):12488.
Productos necesarios: Software de consola de comandos GeneChip, instrumento multicanal GeneTitan, software Axiom Analysis Suite, cantidad: 384 muestras
Condición de envío: Temperatura ambiente
Tipo: Matriz de genotipado de corales y algas
Matriz: Genotipado
Formato: Placa de matriz HT 384
Número de matrices: 384 matrices
Especies: Acropora y simbiontes de algas
Tamaño de la unidad: 384 muestras