Thermo Fisher, 551042, matriz de genotipado Axiom™ Strawberry FanaSNP 50k, formato mini-96

Matriz de genotipado Axiom™ Strawberry FanaSNP 50k, formato mini-96. La matriz de genotipado Axiom FanaSNP Strawberry 50K ofrece cobertura genómica completa de SNP polimórficos en especies de fresa octoploide cultivadas y silvestres. Forma parte de nuestra solución de genotipado Axiom Agrigenomics, donde el ADN genómico diana se prepara y procesa en el instrumento multicanal GeneTitan. El proceso automatizado incluye la hibridación del ADN genómico con esta micromatriz de alto rendimiento, seguida de tinción, lavado, obtención de imágenes y la generación de los datos de genotipado para su posterior análisis. La matriz también está disponible en formato 384-HT (n.º de cat. 551042).
La matriz de genotipado Axiom FanaSNP Strawberry 50K fue diseñada por el Programa de Mejoramiento de Fresas de la Universidad de California, Davis, en colaboración con el Programa de Diseño Experto de Affymetrix1.
Contenido del array: Contenido completo: 850.000 SNP específicos de subgenomas de diversas accesiones de fresa octoploide de todo el mundo. En conjunto, 446.644 de las 850.000 sondas marcadoras produjeron grupos de genotipos de SNP polimórficos que superan los controles de calidad y muestran segregación disómica (alopoliploide). El conjunto completo de 446.644 sondas validadas está disponible para uso público.
Diseño de matriz a escala de producción: se probó y validó el conjunto de 49 483 SNP de mayor rendimiento para actividades de producción. Se mantuvieron 5809 SNP de la matriz iStraw 35K para la conectividad con plataformas anteriores.
Vinculado a múltiples genomas de referencia: Posiciones de SNP determinadas mediante alineamiento WGS con el genoma de referencia Camarosav12 y actualizadas con el genoma de referencia UCD Royal Royce (FaRR1)3. Representación global y validación: Variantes descubiertas mediante resecuenciación WGS de 47 individuos de F. x ananassa, 24 de F. chiloensis y 22 de F. virginiana. Las variantes de rendimiento de marcadores específicos de subgenoma se validaron en una muestra genéticamente diversa de 384 accesiones de fresa octoploide.
AplicacionesInvestigación e inferencia en genética molecularDescubrimiento de QTL y asociación en todo el genomaAnálisis de parentesco y paternidadMejoramiento genómico y molecularPredicción y selección genómicaSelección asistida por marcadoresLanzamiento de nuevos cultivaresAcelerar y aumentar la eficiencia del desarrollo de cultivaresIdentificar la presencia de marcadores importantes en el germoplasma de fresa existenteUsar información genética para identificar germoplasma que tendrá un buen rendimiento en regiones de cultivo específicasProtección y verificación de la propiedad intelectualConfirmación de la fuente clonal y la purezaValidación de las relaciones padre-descendenciaProductos necesariosSoftware GeneChip Command ConsoleInstrumento multicanal GeneTitanSoftware Axiom Analysis SuiteHerramienta de exportación de formato largo Axiom (AxLE)ReferenciasHardigan et al. 2020;https://doi.
org/10.
3389/fpls.
2019.
01789Edger y otros, 2019;https://doi.
org/10.
1038/s41588-019-0356-4Hardigan et al 2022;https://doi.
org/10.
1101/2021.
11.
03.
467115;https://fitozoma-siguiente.
jgi.
gama.
gov/info/FxananassaRoyalRoyce_v1_0;https://datadryad.
org/stash/dataset/doi:10.
25338/B8TP7GCantidad: 1 placa
Matriz: Genotipado
Formato: Mini placa de 96 matrices
Número de matrices: 96 matrices
Especie: Fresa
Tamaño de la unidad: 1 plato