Thermo Fisher, 551186, Axiom™ Multispecies Shrimp and Tilapia Genotyping Array (Axiom™ TilShrv1), formato mini-96

Matriz de Genotipado Multiespecie de Camarón y Tilapia Axiom™ (Axiom™ TilShrv1), formato mini-96. La Matriz de Genotipado Multiespecie de Camarón y Tilapia Axiom (Axiom TilShrv1) fue diseñada en colaboración con João Campos y Jose Fernando Garcia de Trigene, Brasil, con el apoyo financiero de PIPE-FAPESP. La matriz contiene 60.886 SNP de tilapia y 6.453 SNP de camarón. También está disponible en formato 384HT.
Contenido de tilapia
• Contiene 60.886 SNP de tilapia
• Doce cepas diferentes de tilapia del Nilo, desde muestras silvestres africanas hasta cepas cultivadas de GIFT, Chitralada, Stirling y otras obtenidas de diferentes orígenes en Brasil y América del Norte, que representan la mayor parte de la variabilidad de la tilapia del Nilo en el mundo.
• Se identificaron un total de 16 millones de variantes después de mapear lecturas de 158 muestras al genoma de referencia de la tilapia del Nilo (GCF001858045.
2 O. niloticus UMD-NMBU)
• Después del filtrado, se investigaron más de 2 millones de SNP bialélicos para su inclusión en la matriz.
• Se seleccionaron SNP altamente polimórficos sin polimorfismos adyacentes
• El conjunto final de SNP tuvo una distancia promedio de 14 kbp en los 22 grupos de ligamiento y una alta frecuencia de alelos, y solo unos pocos tuvieron >5 % de SNP con una frecuencia de alelos menor a 0.
05 Aplicaciones para la matriz de tilapia
• Estudios de asociación del genoma completo
• Mejoramiento molecular: mapeo de asociaciones y selección genómica
• Genética de poblaciones: distinguir entre el origen de los peces
• Distinguir entre diferentes cepas de tilapia del NiloContenido de camarones
• Contiene 6.453 SNP de camarón
• Marcadores seleccionados dentro del genoma de L. vannamei a partir de un conjunto de datos de más de 350.000 variantes putativas (1,2)
• Marcadores espaciados uniformemente Aplicaciones para la matriz de camarones
Selección y evaluación genómica para la identificación de familias en el camarón blanco del Pacífico (Litopenaeus vannamei). Referencias: 1. Du ZQ, Ciobanu DC, Onteru SK, Gorbach D, Mileham AJ, Jaramillo G, Rothschild MF. Un mapa de ligamiento de SNP basado en genes para el camarón blanco del Pacífico, Litopenaeus vannamei. Anim Genet. Junio ​​de 2010;41(3):286-94.
2. Jones DB, Jerry DR, Khatkar MS, Raadsma HW, Steen HV, Prochaska J, Forêt S, Zenger KR. Un mapa comparativo integrado de ligamiento basado en genes y ordenamiento de locus por desequilibrio de ligamiento para el camarón blanco del Pacífico, Litopenaeus vannamei. Sci Rep. 4 de septiembre de 2017; 7 (1): 10360.
Productos necesarios: Software de consola de comandos GeneChip, instrumento multicanal GeneTitan, software Axiom Analysis Suite, herramienta de exportación de formato largo Axiom (AxLE), cantidad: 96 matrices.
Condición de envío: Temperatura ambiente
Matriz: Genotipado
Formato: Mini placa de 96 matrices
Número de matrices: 96 matrices
Especies: Multiespecie: Camarón y Tilapia
Tamaño de la unidad: 96 matrices