CST, 16359L, Solución de digitonina

Buffer para estudiar en el área de investigación. Información de uso del producto Para los ensayos CUT&RUN y CUT&Tag, recomendamos añadir 25 µl de solución de digitonina por cada ml de tampón. No todas las líneas celulares presentan la misma sensibilidad a la digitonina, por lo que podría ser necesario ajustar el volumen final de digitonina en el tampón para obtener una permeabilización óptima de su línea celular. La permeabilización celular puede comprobarse combinando un volumen igual de suspensión celular con tinción de azul tripán al 0,4 %. Una permeabilización celular óptima resultará en la tinción de más del 90 % de la población celular. Almacenamiento La solución de digitonina se suministra en agua libre de nucleasas. Conservar a -20 °C. Este producto es estable durante al menos 12 meses. Fondo Al igual que el ensayo de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP), las técnicas de escisión bajo dianas y liberación mediante nucleasa (CUT&RUN) y de escisión bajo dianas y tagmentación (CUT&Tag) son potentes y versátiles que se utilizan para sondear las interacciones proteína-ADN en el contexto natural de la cromatina celular (1-7). CUT&RUN proporciona un ensayo rápido, robusto y de bajo número de células para la detección de interacciones proteína-ADN en la célula. A diferencia del ensayo ChIP, CUT&RUN no presenta reticulación con formaldehído, fragmentación de la cromatina ni inmunoprecipitación, lo que lo convierte en un método mucho más rápido y eficiente para enriquecer las interacciones proteína-ADN e identificar genes diana. CUT&RUN se puede realizar en menos de un día, desde células vivas hasta ADN purificado, y se ha demostrado que funciona con tan solo 500-1000 células por ensayo (1,2). En lugar de fragmentar toda la cromatina celular, como se hace en ChIP, CUT&RUN utiliza una digestión de la cromatina dirigida por anticuerpos, lo que resulta en una señal de fondo mucho menor que la observada en el ensayo ChIP. Como resultado, CUT&RUN requiere solo una décima parte de la profundidad de secuenciación requerida para los ensayos ChIP-seq (1,2). Finalmente, la inclusión de ADN de control simple enriquecido permite una cuantificación y normalización precisas de la unión de la proteína diana, algo que no es posible con el método ChIP. Esto proporciona una normalización efectiva de las señales entre muestras y entre experimentos. CUT&Tag comparte muchas de las ventajas del ensayo CUT&RUN, ya que proporciona un protocolo rápido, robusto y de bajo número de células para la detección de interacciones proteína-ADN en la célula. Además, el ensayo CUT&Tag añade un paso de ligadura del ADN adaptador, realizado por la enzima pAG-Tn5, en el que un ADN adaptador se liga directamente a fragmentos de ADN de la cromatina dirigidos por anticuerpos en la célula. Como resultado, la preparación posterior de la biblioteca de ADN es mucho más rápida y sencilla que la preparación de la biblioteca tras el ensayo CUT&RUN, sin necesidad de reparación de extremos de ADN, colas A ni ligadura del adaptador. CUT&Tag es muy eficaz para analizar modificaciones de histonas, además de mapear la unión de algunos factores de transcripción y cofactores. Nombres alternativos C&R; CnR; CORTAR Y CORRER; CORTAR Y ETIQUETAR; CORTAR Y ETIQUETAR; cortar y correr; CORTAR y CORRER; CORTAR Y CORRER; CORTAR Y ETIQUETAR; cortar y correr; CORTAR y EJECUTAR; CORTARyEtiquetar; modificación de histonas