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La trombina se produce a partir de la escisión proteolítica de la protrombina inactiva en el hígado. El gen de la protrombina está mapeado en el cromosoma humano 11p11.2. Está compuesto por los dominios catalíticos A y B, el dominio de reconocimiento y los bucles de inserción. Los residuos del sitio activo comprenden la tétrada catalítica (histidina 57, aspartato 102, serina 195 y serina 214).
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