New England Biolabs, B7024S, colorante de carga de gel de ADN

El colorante de carga de gel púrpura (6X) es el principal colorante de carga de gel de NEB para bandas definidas y apretadas. Categorías relacionadas Buffers de carga de gel,, Escaleras de ADN púrpura de carga rápida,, Buffers Especificación Componentes del tampón 1X 2.5% Ficoll®-400 10 mM EDTA 3.3 mM Tris-HCl 0.08% SDS 0.02% Colorante 1 0.001% Colorante 2 pH 8 a 25 °C Preguntas frecuentes P: ¿El colorante de carga de gel púrpura tiene alguna ventaja sobre el colorante de carga azul tradicional? R: Sí. El colorante de carga púrpura no produce sombra bajo la luz UV; por lo tanto, las bandas de gel en las fotos no se oscurecen por la sombra UV a diferencia de cuando se usa un colorante azul de bromofenol tradicional. P: ¿Cuántas bandas de color debería ver en el gel? R: El color púrpura se separa en dos colores durante la electroforesis en gel. La prominente banda roja/rosa migra de forma similar al azul de bromofenol (aproximadamente 400 pb en un gel de agarosa al 1%). El colorante azul, mucho más claro, migra aproximadamente a 4000 pb en un gel de agarosa. P: No puedo ver el colorante azul cuando lo corro en un gel. ¿Por qué no? R: El colorante azul es muy tenue y no debe usarse como indicador principal. El colorante rojo es el indicador principal y migra de forma similar al azul de bromofenol. P: ¿Por qué hay SDS en el colorante? R: La presencia de SDS suele dar lugar a bandas más definidas, ya que se sabe que algunas enzimas de restricción permanecen unidas al ADN tras la escisión. P: ¿Puedo usar el colorante de carga de gel morado con el kit de extracción de gel QIAquick? R: Sí. Tenga en cuenta que el colorante de carga de gel morado contiene un colorante rojo que creará un color naranja similar a una indicación de que el pH ha cambiado. Esto solo debería ser motivo de preocupación si la banda de ADN que está extrayendo migra donde migra el tinte (aproximadamente 300 pb en un gel de agarosa al 1,2%). NEB no ha observado ningún efecto negativo al agregar acetato en los volúmenes recomendados si no está seguro. P: ¿Se puede almacenar el tinte de carga de gel, púrpura 6X (B7024) a bajas temperaturas? R: La temperatura de almacenamiento recomendada para el tinte de carga de gel, púrpura 6X, es temperatura ambiente (25 °C). Comúnmente, el SDS puede precipitar de la solución cuando el tinte se almacena a bajas temperaturas. Este ligero precipitado se puede disipar dejando reposar el vial a temperatura ambiente durante una hora o calentándolo suavemente durante 10 minutos. Mezcle el vial varias veces antes de usarlo para que la solución vuelva a la homogeneidad. P: ¿Cómo se envasan los tintes de carga 6x? R: Los tintes de carga se envasan en viales de 4 x 1 ml para un total de 4 ml. P: ¿Es el colorante de carga de gel, púrpura (6X) o el colorante de carga de gel, púrpura (6X), sin SDS, compatible con otros colorantes de unión al ADN como SYBR® y GelRed™ durante la electroforesis en gel? R: Dado que los colorantes de alta afinidad para la unión de ácidos nucleicos pueden afectar la migración del ADN durante la electroforesis, se recomienda encarecidamente la tinción posterior de los geles con colorantes SYBR o GelRed. Sin embargo, estos colorantes también pueden utilizarse como colorantes prefabricados (en el gel de agarosa). Dado que el colorante de carga de gel, púrpura (6X), tiene una mayor concentración en SDS, se pueden observar interferencias al utilizar SYBR o GelRed como colorantes prefabricados. Al utilizar estos colorantes como colorantes prefabricados, NEB recomienda utilizar nuestro colorante de carga de gel, púrpura, sin SDS (6X) (NEB n.° B7025S). Por favor, siga las recomendaciones a continuación para ambos colorantes púrpura cuando use colorantes SYBR como colorantes prefabricados: Reduzca la cantidad de ADN de muestra cargado a 250 a 500 ng, y use solo 0,5X de colorantes SYBR en geles prefabricados. Estos colorantes son mucho más sensibles que el EtBr. Las bandas reventadas o manchadas pueden deberse a una sobrecarga. Si usa el colorante de carga de gel, púrpura (6X) B7024S, use TBE en lugar del tampón TAE, ya que la interferencia de SDS aumenta cuando se usa el tampón TAE (en el gel y como tampón de ejecución). Use los colorantes SYBR como lo recomienda el fabricante: agregue primero el colorante SYBR al tampón TBE, luego agregue la mezcla de colorante SYBR/TBE a la solución de agarosa fundida. Es preferible esperar unos minutos para agregar los colorantes SYBR a la agarosa fundida. Agregarlo a una solución de agarosa enfriada (por encima de la temperatura de gelificación, 45 °C) produce mejores resultados. Utilice siempre un gel de agarosa recién preparado para una sola ejecución. Repetir el análisis del gel dará resultados deficientes. Siga las recomendaciones a continuación para ambos colorantes púrpura al utilizar colorantes GelRed como colorantes prefabricados: Reduzca la cantidad de ADN de muestra cargado a 60-125 ng y utilice solo 0,5 veces el colorante GelRed en los geles prefabricados. Este colorante es mucho más sensible que el EtBr. Las bandas quemadas o manchadas pueden deberse a una sobrecarga. Es preferible esperar unos minutos para añadir el colorante GelRed a la agarosa fundida. Añadirlo a una solución de agarosa fría (por encima de la temperatura de gelificación, 45 °C) produce mejores resultados. Utilice siempre un gel de agarosa recién preparado para una sola ejecución. Repetir el análisis del gel dará resultados deficientes. SYBR® es una marca registrada de Life Technologies Corporation. GelRed™ es una marca registrada de Biotium.