New England Biolabs, E3325L, Kit de preparación de biblioteca de ADN NEBNext ULTRAEXPRESS®

El kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress es la última generación de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext, con un flujo de trabajo rápido y optimizado. En menos de 2 horas, el protocolo permite la creación de bibliotecas de alto rendimiento y alta calidad, a partir de un amplio rango de cantidades de entrada, a la vez que genera menos residuos plásticos. Además, con la simplicidad a la vanguardia, el kit cuenta con un protocolo único para todas las cantidades de entrada, lo que hace que NEBNext UltraExpress DNA Library Prep sea ideal para todos los rendimientos. Categorías relacionadas Preparación de bibliotecas para Illumina,, Preparación de bibliotecas de ADN para Illumina,, Preguntas frecuentes sobre la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación P: ¿Qué tipos de muestras puedo usar con el kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress®? R: El kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress es compatible con ADN genómico humano de alta calidad, ADN libre de células (cfDNA) y ADN de otras especies (p. ej., microbiano, vegetal, etc.). No recomendamos este kit para su uso con ADN FFPE. Para ADN FFPE, considere el kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraShear FFPE (NEB n.° E6655). P: ¿Es posible utilizar la fragmentación enzimática antes del kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress®? R: Se pueden utilizar muestras fragmentadas enzimáticamente como entrada para este kit; sin embargo, esto requerirá una optimización adicional por parte del usuario final. P: ¿Cuál es el protocolo recomendado para el corte mecánico antes del kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress®? R: Se ha comprobado la compatibilidad del kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress con el instrumento Covaris ML230 y los siguientes consumibles y programas: 8 tiras AFA-TUBE™ TPX con tapas (programa de 175 pb). Consulte las instrucciones del fabricante para otros protocolos de corte si utiliza un instrumento o modelo diferente. P: ¿Cuál es la diferencia entre el kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress® y el kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext® Ultra™ II? ¿Cómo elijo el kit adecuado? R: El kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress se ha optimizado para un procesamiento optimizado de la preparación de bibliotecas, con una concentración de adaptador y una condición de ciclado de PCR para todas las muestras dentro del rango de entrada de 10 a 200 ng. El kit de preparación de bibliotecas de ADN NEBNext Ultra II ofrece condiciones más personalizadas según la cantidad de ADN de entrada, más pasos y limpiezas, un flujo de trabajo más largo y una recomendación de rango de entrada más amplia (500 pg – 1 µg). Ambos kits producen altos rendimientos de bibliotecas de alta calidad, pero recomendamos elegir NEBNext UltraExpress DNA para todas sus muestras estándar dentro del rango de cantidad de entrada indicado, donde la velocidad es primordial. Recomendamos elegir NEBNext Ultra II DNA para muestras más complejas y valiosas (por ejemplo, ricas en GC, de baja calidad o con bajo aporte). P: ¿Los kits de preparación de bibliotecas NEBNext UltraExpress® incluyen microesferas? R: No, recomendamos usar el kit de reactivos SPRIselect® (Beckman Coulter, Inc. n.° B23317) o las microesferas AMPure® XP (Beckman Coulter, Inc. n.° A63881). P: ¿Qué debo hacer si veo dímero adaptador en mis bibliotecas NEBNext UltraExpress®? R: El paso de limpieza por fases posterior a la PCR está diseñado específicamente para reducir el dímero adaptador; siga las instrucciones de este paso tal como están escritas antes de intentar cualquier recomendación adicional. Si aún observa pequeñas cantidades de dímero adaptador en las muestras, recomendamos una limpieza con microesferas SPRI 0.9X después de agrupar las bibliotecas o una mayor optimización de la cantidad de adaptador. P: ¿Cuál es la mejor manera de cuantificar mis bibliotecas de ADN NEBNext UltraExpress®? R: Las bibliotecas se pueden cargar en TapeStation utilizando HSD1000 ScreenTape o un instrumento de análisis de fragmentos similar para la cuantificación de bibliotecas. Sin embargo, para ADN de alta entrada utilizando el número de ciclos de PCR recomendado, se producirá un segundo pico más allá del marcador superior, resultante de la amplificación en la fase de amplificación no lineal durante los ciclos de PCR tardíos. Si bien las moléculas generadas durante la fase de amplificación no lineal son secuenciables para generar datos de alta calidad, su diferente velocidad de migración en ScreenTape provoca una cuantificación inexacta de la concentración de la biblioteca. En este caso, recomendamos medir la concentración de la biblioteca en NanoDrop o Lunatic utilizando 400 pb o el tamaño de biblioteca esperado para convertir los valores de concentración a nanomolares. Para obtener más información, consulte el manual del producto. P: ¿Se puede utilizar este kit con adaptadores y cebadores de otros proveedores? R: Sí, debería ser posible utilizar adaptadores y cebadores de otros proveedores con este kit NEBNext®. El adaptador debe ser un adaptador con saliente T y el rendimiento final de la biblioteca puede ser ligeramente inferior al que se obtiene con los adaptadores NEBNext para Illumina®. P: ¿Qué hago si veo un precipitado en el tampón de reacción Ultra II End Prep? R: Es frecuente ver un precipitado blanco en el tampón de reparación Ultra II End Repair. Si esto ocurre, deje que la mezcla alcance la temperatura ambiente y pipetee el tampón varias veces para disolver el precipitado. A continuación, agite rápidamente con un vórtex para mezclar.