New England Biolabs, E3406S, NEBNext® LV Unique Dual Index Primers Set 4

El juego de cebadores de índice dual únicos NEBNext LV 4 incluye 96 pares únicos de cebadores de índice i5 e i7 optimizados para flujos de trabajo NEBNext de bajo volumen (LV), incluidos NEBNext EM-seq™ v2, E5hmC-seq™ y el kit de preparación de bibliotecas de ARN pequeño de bajo sesgo NEBNext, con Illumina Categorías relacionadas Oligonucleótidos multiplex NEBNext® (adaptadores y cebadores), Preguntas frecuentes sobre la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación P: ¿Cuál es la diferencia entre los cebadores NEBNext® para epigenética y los cebadores de índice dual únicos NEBNext LV? R: Los nombres "cebadores NEBNext para epigenética" y "cebadores de índice dual únicos NEBNext LV" se refieren a la misma familia de productos de cebadores UDI de bajo volumen. Todos los nuevos productos de esta familia compartirán la estructura de nombre "NEBNext LV Unique Dual Index", mientras que los productos restantes con la estructura de nombre "Primers for Epigenetics" (NEB #E3392 y #E3404) cambiarán de nombre a principios de 2025. Cuando se cambie el nombre, los productos conservarán su número de producto original (NEB #) Para facilitar la referencia, consulte la siguiente tabla de conversión: NEB #: Nombre original: Nombre final: E3400 N/A NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 1 E3402 N/A NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2 E3390 N/A NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2A E3392 NEBNext Primers for Epigenetics (Unique Dual Index Set 2B) NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2B E3404 NEBNext Primers for Epigenetics (Unique Dual Index Set 3) NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 3 E3406 N/A NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 4 E3408 N/A NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 5 P: ¿Hay hojas de muestra disponibles para usar con los NEBNext® LV Unique Dual Index Primers Sets 1-5? R: Hay hojas de muestra disponibles y se pueden encontrar en la sección Instrucciones de uso de la página de producto de cada set de cebadores. P: ¿Son las bibliotecas que se han indexado dualmente utilizando los NEBNext® LV Unique Dual Index Primers compatibles con la secuenciación de un solo extremo? R: Sí, las bibliotecas generadas con los NEBNext LV Unique Dual Index Primers son compatibles con la secuenciación de una sola lectura. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener detalles sobre los flujos de trabajo de secuenciación de doble índice en una celda de flujo de una sola lectura o una celda de flujo de dos extremos. P: ¿Cuántos pares de cebadores hay disponibles en los sets de pares de cebadores de índice dual único NEBNext® LV 1-5? R: Los cebadores de índice dual único NEBNext LV (UDI) están disponibles en dos formatos/tamaños de placa: una placa completa de 96 pocillos y una placa de 96 pocillos con 24 pocillos llenos. En total, hay 480 pares de cebadores únicos disponibles. Los siguientes conjuntos están disponibles como 96 reacciones en una placa de 96 pocillos: Conjunto 1 (NEB #E3400) Conjunto 2 (NEB #E3402) Conjunto 3 (NEB #E3404) Conjunto 4 (NEB #E3406) Conjunto 5 (NEB #E3408) Los siguientes conjuntos están disponibles como 24 reacciones en una placa de 96 pocillos: Conjunto 2A (NEB #E3390) Conjunto 2B (NEB #E3392) Nota: Los conjuntos 2A y 2B son subconjuntos del conjunto 2 y, por lo tanto, no se recomienda su uso con el conjunto 2; los conjuntos 2A y 2B pueden combinarse para un total de 48 UDI. P: ¿Se pueden utilizar los cebadores de doble índice único NEBNext® LV para abordar el "salto de índice" con celdas de flujo con patrón Illumina®? R: Sí. Los pares de cebadores de índice dual único (UDI) se diseñaron para facilitar la secuenciación en celdas de flujo con patrones para los instrumentos Illumina, donde el salto de índice es problemático. Las combinaciones únicas de índices duales permiten la identificación y el filtrado completo de lecturas con índices intercambiados. P: ¿Son los cebadores de índice dual único NEBNext® LV iguales a los oligonucleótidos multiplex NEBNext para Illumina®? R: No. El volumen de los cebadores de índice dual único NEBNext LV se ha optimizado para su uso con los kits de preparación de bibliotecas más recientes, como el kit NEBNext Enzymatic 5hmC-seq (NEB n.° E3350) y el kit NEBNext Enzymatic Methyl-seq V2 (NEB n.° E8015). Los cebadores de índice dual único NEBNext LV no incluyen adaptador, y este se suministra en kits de preparación de bibliotecas compatibles. Los índices duales únicos i5 e i7 asociados a pocillos individuales para el NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 3 (NEB n.° E3404S) son los mismos que los del formato de placa de 96 pocillos de NEBNext Multiplex Oligos para Illumina (96 pares de cebadores de índice dual únicos Set 3) (NEB n.° E6444). Los índices del NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2B (NEB n.° E3392S) son un subconjunto de NEBNext Multiplex Oligos para Illumina (96 pares de cebadores de índice dual únicos Set 2) (NEB n.° E6442). P: ¿Están validados los NEBNext® LV Unique Dual Index Primers para los flujos de trabajo EM-seq™ v2 o E5hmC-seq™? R: Sí. Los cebadores de índice LV (bajo volumen) se someten a pruebas exhaustivas para garantizar un rendimiento óptimo con los kits de preparación de bibliotecas que los requieren. Esto incluye EM-seq v2 y E5hmC-seq. P: ¿Cuál es la concentración de los cebadores índice en los cebadores de doble índice únicos NEBNext® LV? R: Los cebadores de doble índice únicos NEBNext LV se proporcionan a una concentración de 10 µM. P: ¿Cuántas reacciones de cebador hay en cada pocillo de los cebadores de doble índice únicos NEBNext® LV? R: Las placas de cebadores de doble índice únicos NEBNext LV se diseñaron para un solo uso. Aunque hay suficiente cebador en cada pocillo para una sola reacción, se proporciona un exceso de cebador para garantizar cantidades suficientes. Recomendamos encarecidamente no utilizar ningún cebador sobrante para evitar la contaminación cruzada con otros cebadores indexados. P: ¿Puedo usar la placa de cebadores de 96 pocillos que se suministra con los cebadores de doble índice únicos NEBNext LV para realizar mis reacciones de PCR? R: No, no recomendamos usar la placa de 96 pocillos en la que se envasan los cebadores. Aunque hay suficiente cebador en cada pocillo para una sola reacción, proporcionamos un exceso de cebador para garantizar cantidades suficientes. Este exceso de cebador puede provocar la formación de dímeros de cebador durante la PCR. P: ¿Es necesario añadir cebadores de secuenciación personalizados al secuenciar bibliotecas creadas con cebadores de doble índice únicos NEBNext® LV en instrumentos de secuenciación Illumina®? R: No. Las bibliotecas creadas con cebadores de doble índice únicos NEBNext® LV son totalmente compatibles con los protocolos de secuenciación de Illumina para bibliotecas TruSeq® HT. Para sistemas HiSeq®, HiScan®SQ o GAIIx en celdas de flujo de lectura única, la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (catálogo Illumina n.° FC-121-1003) deberá solicitarse por separado si se utilizan ambos índices. Esta caja adicional no es necesaria con el sistema MiSeq® ni en celdas de flujo de extremo emparejado para HiSeq, HiScanSQ y GAIIx. Consulte el sitio web de Illumina para obtener información completa. P: ¿Puedo realizar secuencias de lectura única y obtener ambas secuencias de índice? ¿Puedo ejecutar recetas de lectura única y de extremo emparejado con bibliotecas de doble indexado? R: Sí. Seleccione el flujo de trabajo adecuado según el tipo de celda de flujo (lectura única o extremo emparejado) al iniciar su ejecución para utilizar la química correcta. Si utiliza una celda de flujo de lectura única, se necesita la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (n.° de catálogo FC-121-1003) para secuenciar ambas lecturas de índice. Adaptado del sitio web de Illumina. P: ¿Qué secuencias deben recortarse para las bibliotecas NEBNext secuenciadas en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y se pueden recortar como TruSeq: Adaptador Lectura 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Lectura 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT P: ¿Qué hago si recibo un error de colisión de índice/colisión de código de barras? R: Si recibió un error de colisión de índice al demultiplexar los oligos multiplex NEBNext, actualice a: Versión de software Bclconvert 4.1.7 o posterior Bcl2fastq Cualquier versión Picard IlluminaBasecallsToSam Cualquier versión Comuníquese con el soporte técnico si tiene más preguntas.