New England Biolabs, E6442S, NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina® (96 pares de cebadores de índice dual únicos, juego 2)

Para una flexibilidad óptima del flujo de trabajo, NEBNext Categorías relacionadas NEBNext® Oligos multiplex (adaptadores y cebadores),, Preguntas frecuentes sobre la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación P: ¿Los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina están validados en los flujos de trabajo de secuenciación de próxima generación? R: Sí, los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina se validan mediante la creación de bibliotecas de ADN genómico, bibliotecas de chips, así como bibliotecas de ARNm humano, seguidas de la secuenciación de Illumina. P: ¿Cuál es la concentración del adaptador y los cebadores en los kits NEBNext Multiplex Oligos? R: El adaptador es de 15 μM y la mezcla de cebadores es de 10 μM (5 μM cada uno). P: ¿Puedo usar la placa de cebadores de 96 pocillos para realizar mis reacciones de PCR cuando uso los NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina®? R: No, no recomendamos usar la placa de 96 pocillos donde se envasan los cebadores. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos cebador en exceso para garantizar cantidades suficientes. Este exceso de cebador puede provocar la formación de dímeros de cebador durante la PCR. P: ¿Cuántas reacciones de cebador hay en cada pocillo? R: La placa de cebadores fue diseñada para un solo uso. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos cebador en exceso para garantizar cantidades suficientes. Recomendamos encarecidamente no utilizar ningún cebador sobrante para evitar la contaminación cruzada con otros cebadores indexados. P: ¿Está metilado el adaptador NEBNext? R: No, el adaptador NEBNext® en los NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448 no está metilado y, por lo tanto, no es compatible con los protocolos de secuenciación con bisulfito. Se suministra una versión metilada del adaptador NEBNext, junto con los cebadores de índice, en el NEB n.° E7535. P: ¿Puedo realizar ejecuciones de lectura única y obtener ambas secuencias de índice? ¿Puedo ejecutar recetas de lectura única y de extremo emparejado con bibliotecas de doble índice? R: Sí. Seleccione el flujo de trabajo adecuado según el tipo de celda de flujo (lectura única o extremo emparejado) al iniciar su ejecución para utilizar la química correcta. Si utiliza una celda de flujo de lectura única, se necesita la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (n.° de catálogo FC-121-1003) para secuenciar ambas lecturas de índice. Adaptado del sitio web de Illumina. P: ¿Son las bibliotecas de doble índice compatibles con la secuenciación de extremo único? R: Sí, los oligos NEBNext para Illumina, incluidos los oligos de doble índice, son compatibles con la secuenciación de lectura única. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener información sobre los flujos de trabajo de secuenciación con doble índice en una celda de flujo de lectura única o una celda de flujo de extremo emparejado. P: ¿Cuántos índices están disponibles con los oligonucleótidos multiplex NEBNext® para Illumina® (96 pares de cebadores de doble índice únicos) (NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448)? R: Cada kit incluye pares de 96 índices i5 únicos y 96 índices i7 únicos. Cada pocillo de la placa de cebadores contiene un par único de un cebador de índice i5 y un cebador de índice i7, lo que proporciona 96 índices duales únicos. Al usarlos juntos, los cinco conjuntos suman un total de 480 índices para la multiplexación. P: ¿Se pueden utilizar los oligos multiplex NEBNext para Illumina (96 pares de cebadores de índice dual únicos) (NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448) para abordar el "salto de índice" en las celdas de flujo con patrón de Illumina? R: Sí. Los 96 pares de cebadores de índice dual únicos se diseñaron para facilitar la secuenciación en celdas de flujo con patrón para los instrumentos Illumina, donde el salto de índice es problemático. La combinación única de 96 índices duales permite la identificación y el filtrado completo de lecturas con índice intercambiado. Referencia: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4703-0 P: ¿Dónde puedo encontrar las hojas de muestra de estos oligos multiplex? R: Las hojas de muestra específicas de cada instrumento se pueden descargar de la sección "Instrucciones de uso", en la pestaña "Protocolos, manual y uso". Si está secuenciando en un NovaSeq 6000 con kits de reactivos v1.0, MiniSeq con kits de reactivos rápidos, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (celda de flujo de extremo emparejado), HiSeq 3000/4000 (celda de flujo de lectura única), elija la hoja de muestra etiquetada como "Forward Strand Workflow Sample Sheet". * Si está secuenciando en un iSeq 100, MiniSeq con kits de reactivos estándar, sistemas NextSeq, NovaSeq 6000 con kits de reactivos v1.5, HiSeq 2000/2500 (celda de flujo de lectura única), HiSeq 3000/4000 (celda de flujo de extremo emparejado), elija la hoja de muestra etiquetada como "Reverse Complement Workflow Sample Sheet". * * Nuestras hojas de muestra se basan en la Guía general de secuenciación de Illumina actual. Elija la hoja de muestra correcta, según su instrumento Illumina y sus kits de reactivos. Para obtener más información sobre la indexación de Illumina, consulte la versión más reciente de la Guía general de secuenciación de Illumina. P: ¿Qué conjuntos de pares de cebadores de doble índice único NEBNext se pueden combinar en una sola secuenciación de Illumina? R: Los NEB n.° E6440S/L, E6442S/L, E6444S/L, E6446S/L y E6448S/L se pueden combinar. P: ¿Cómo utilizo la hoja de muestra proporcionada por NEB para mi instrumento específico? R: Al utilizar LRM, utilice el archivo .tsv que se encuentra en la sección "Instrucciones de uso" de la página del producto. Si no utiliza LRM: descargue la hoja de muestra de la página del producto correspondiente al kit de indexación que esté utilizando en el sitio web NEB.com. Puede encontrar las hojas de muestra en la sección "Protocolos, manuales y uso/Instrucciones de uso" o en la sección "Preguntas frecuentes y solución de problemas/¿Dispone de una hoja de muestra? Para bibliotecas con doble indexación, asegúrese de descargar la versión correcta de la hoja de muestras según https://knowledge.illumina.com/software/general/software-general-reference_material-list/000001800, artículo 1800 de la base de conocimientos de Illumina. Utilice el Administrador de Experimentos de Illumina para crear una hoja de muestras para su instrumento específico y la configuración de su ciclo de secuenciación. Cree una hoja de muestras con una sola fila y ábrala en Excel. Copie y pegue las secuencias de índice de la hoja de muestras de NEB en este archivo de Excel. Asegúrese de que las columnas coincidan con los encabezados. Si tiene alguna pregunta adicional sobre el uso de IEM o el formato de la hoja de muestras, póngase en contacto con el soporte técnico de Illumina. P: ¿Qué secuencias deben recortarse para las bibliotecas NEBNext secuenciadas en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y se pueden recortar como TruSeq: Adaptador Read1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Read2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT P: ¿Qué hago si recibo un error de colisión de índice/colisión de código de barras? R: Si recibió un error de colisión de índice al demultiplexar los oligonucleótidos multiplex NEBNext, actualice a: Versión de software Bclconvert 4.1.7 o posterior Bcl2fastq Cualquier versión Picard IlluminaBasecallsToSam Cualquier versión Comuníquese con el soporte técnico si tiene más preguntas.