New England Biolabs, E6446L, NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina® (96 pares de cebadores de índice dual únicos, conjunto de 4)

Para una flexibilidad óptima del flujo de trabajo, NEBNext Categorías relacionadas NEBNext® Oligos multiplex (adaptadores y cebadores),, Preguntas frecuentes sobre la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación P: ¿Los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina están validados en los flujos de trabajo de secuenciación de próxima generación? R: Sí, los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina se validan mediante la creación de bibliotecas de ADN genómico, bibliotecas de chips, así como bibliotecas de ARNm humano, seguidas de la secuenciación de Illumina. P: ¿Cuál es la concentración del adaptador y los cebadores en los kits NEBNext Multiplex Oligos? R: El adaptador es de 15 μM y la mezcla de cebadores es de 10 μM (5 μM cada uno). P: ¿Puedo usar la placa de cebadores de 96 pocillos para realizar mis reacciones de PCR cuando uso los NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina®? R: No, no recomendamos usar la placa de 96 pocillos donde se envasan los cebadores. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos cebador en exceso para garantizar cantidades suficientes. Este exceso de cebador puede provocar la formación de dímeros de cebador durante la PCR. P: ¿Cuántas reacciones de cebador hay en cada pocillo? R: La placa de cebadores fue diseñada para un solo uso. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos cebador en exceso para garantizar cantidades suficientes. Recomendamos encarecidamente no utilizar ningún cebador sobrante para evitar la contaminación cruzada con otros cebadores indexados. P: ¿Está metilado el adaptador NEBNext? R: No, el adaptador NEBNext® en los NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448 no está metilado y, por lo tanto, no es compatible con los protocolos de secuenciación con bisulfito. Se suministra una versión metilada del adaptador NEBNext, junto con los cebadores de índice, en el NEB n.° E7535. P: ¿Puedo realizar ejecuciones de lectura única y obtener ambas secuencias de índice? ¿Puedo ejecutar recetas de lectura única y de extremo emparejado con bibliotecas de doble índice? R: Sí. Seleccione el flujo de trabajo adecuado según el tipo de celda de flujo (lectura única o extremo emparejado) al iniciar su ejecución para utilizar la química correcta. Si utiliza una celda de flujo de lectura única, se necesita la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (n.° de catálogo FC-121-1003) para secuenciar ambas lecturas de índice. Adaptado del sitio web de Illumina. P: ¿Son las bibliotecas de doble índice compatibles con la secuenciación de extremo único? R: Sí, los oligos NEBNext para Illumina, incluidos los oligos de doble índice, son compatibles con la secuenciación de lectura única. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener información sobre los flujos de trabajo de secuenciación con doble índice en una celda de flujo de lectura única o una celda de flujo de extremo emparejado. P: ¿Cuántos índices están disponibles con los oligonucleótidos multiplex NEBNext® para Illumina® (96 pares de cebadores de doble índice únicos) (NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448)? R: Cada kit incluye pares de 96 índices i5 únicos y 96 índices i7 únicos. Cada pocillo de la placa de cebadores contiene un par único de un cebador de índice i5 y un cebador de índice i7, lo que proporciona 96 índices duales únicos. Al usarlos juntos, los cinco conjuntos suman un total de 480 índices para la multiplexación. P: ¿Se pueden utilizar los oligos multiplex NEBNext para Illumina (96 pares de cebadores de índice dual únicos) (NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448) para abordar el "salto de índice" con celdas de flujo con patrón de Illumina? R: Sí. Los 96 pares de cebadores de índice dual únicos se diseñaron para facilitar la secuenciación en celdas de flujo con patrón para los instrumentos Illumina, donde el salto de índice es problemático. La combinación única de 96 índices duales permite la identificación y el filtrado completo de lecturas con índice intercambiado. Referencia: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4703-0 P: ¿Disponen de hojas de muestra para usar con los oligos multiplex NEBNext® para Illumina® (96 pares de cebadores de índice dual únicos, set 4)? R: Sí, puede encontrar una hoja de muestra con las secuencias de índice para NovaSeq®, MiSeq®, HiSeq® 2000 y HiSeq 2500 aquí, y una hoja de muestra con las secuencias de índice para NextSeq®, MiniSeq®, HiSeq 3000 y HiSeq 4000 aquí. P: ¿Qué debo hacer si la hoja de muestra del sitio web NEB.com no es compatible con la versión de software que estoy usando? R: Si la hoja de muestra no es compatible con su versión de software, puede crear una hoja de muestra con Illumina Experiment Manager (IEM) y copiar y pegar las secuencias de índice de nuestra hoja de muestra en la suya. Le recomendamos contactar con Illumina si tiene alguna pregunta sobre cómo usar IEM. P: ¿Qué conjuntos de pares de cebadores de índice dual únicos NEBNext se pueden combinar en una sola ejecución de secuenciación de Illumina? A: NEB #E6440S/L, E6442S/L, E6444S/L, E6446S/L y E6448S/L se pueden combinar. P: ¿Qué secuencias se deben recortar para las bibliotecas NEBNext que se secuencian en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y se pueden recortar como TruSeq: Adaptador Read1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Read2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT P: ¿Qué hago si recibo un error de colisión de índice/colisión de código de barras? R: Si recibió un error de colisión de índice al demultiplexar los oligos multiplex NEBNext, actualice a: Versión de software Bclconvert 4.1.7 o posterior Bcl2fastq Cualquier versión Picard IlluminaBasecallsToSam Cualquier versión Comuníquese con el soporte técnico si tiene más preguntas.