New England Biolabs, E6448L, NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina® (96 pares de cebadores de índice dual únicos, conjunto de 5)

Para una flexibilidad óptima del flujo de trabajo, los oligonucleótidos NEBNext Multiplex están disponibles por separado de los kits de preparación de bibliotecas, proporcionando adaptadores y cebadores para la producción de bibliotecas multiplex de alto rendimiento de Illumina. El adaptador NEBNext tiene una estructura única de bucle de horquilla que minimiza la formación de dímeros adaptadores, mientras que los cebadores de PCR de índice NEBNext permiten la incorporación del índice (código de barras) durante la amplificación de la biblioteca. Este quinto conjunto de índices únicos-duales (UDI) incluye 96 pares únicos premezclados de cebadores de índice (i5 e i7), envasados ​​en una placa de 96 pocillos de un solo uso con un sello de aluminio perforable. Categorías relacionadas : Preguntas frecuentes sobre la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación. P: ¿Se validan los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina en los flujos de trabajo de secuenciación de próxima generación? R: Sí, los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina se validan mediante la creación de bibliotecas de ADN genómico, bibliotecas de chips y bibliotecas de ARNm humano, seguidas de la secuenciación de Illumina. P: ¿Cuál es la concentración del adaptador y los cebadores en los kits NEBNext Multiplex Oligos? R: El adaptador es de 15 μM y la mezcla de cebadores es de 10 μM (5 μM cada uno). P: ¿Puedo usar la placa de cebadores de 96 pocillos para realizar mis reacciones de PCR al usar los NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina®? R: No, no recomendamos usar la placa de 96 pocillos que contiene los cebadores. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos un exceso de cebador para asegurar una cantidad suficiente. Este exceso de cebador puede provocar la formación de dímeros de cebador durante la PCR. P: ¿Cuántas reacciones de adaptador hay en cada pocillo? R: Se proporciona una cantidad suficiente de adaptador para al menos una reacción con la entrada máxima de 1 μg de ARN. P: ¿Está metilado el adaptador NEBNext? R: No, el adaptador NEBNext® en los NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448 no está metilado y, por lo tanto, no es compatible con los protocolos de secuenciación con bisulfito. Se suministra una versión metilada del adaptador NEBNext, junto con los cebadores de índice, en el NEB n.° E7535. P: ¿Puedo realizar ejecuciones de lectura única y obtener ambas secuencias de índice? ¿Puedo ejecutar recetas de lectura única y de extremo emparejado con bibliotecas de doble índice? R: Sí. Seleccione el flujo de trabajo adecuado según el tipo de celda de flujo (lectura única o extremo emparejado) al iniciar su ejecución para utilizar la química correcta. Si utiliza una celda de flujo de lectura única, se necesita la caja de cebadores de secuenciación de índice dual TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (n.° de catálogo FC-121-1003) para secuenciar ambas lecturas de índice. Adaptado del sitio web de Illumina. P: ¿Son compatibles las bibliotecas de doble índice con la secuenciación de extremo único? R: Sí, los oligos NEBNext para Illumina, incluidos los oligos de doble índice, son compatibles con la secuenciación de lectura única. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener información sobre los flujos de trabajo de secuenciación de doble índice en una celda de flujo de lectura única o en una celda de flujo de extremo emparejado. P: ¿Cuántos índices están disponibles con los oligos multiplex NEBNext® para Illumina® (96 pares de cebadores de doble índice únicos) (NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448)? R: Cada kit incluye pares de 96 índices i5 únicos y 96 índices i7 únicos. Cada pocillo de la placa de cebadores contiene un par único de un cebador de índice i5 y un cebador de índice i7, lo que proporciona 96 índices duales únicos. Al usarlos juntos, los cinco conjuntos suman un total de 480 índices para la multiplexación. P: ¿Se pueden utilizar los oligonucleótidos multiplex NEBNext para Illumina (96 pares de cebadores de índice dual únicos) (NEB n.° E6440, E6442, E6444, E6446 y E6448) para abordar el "salto de índice" en las celdas de flujo con patrón de Illumina? R: Sí. Los 96 pares de cebadores de índice dual únicos se diseñaron para facilitar la secuenciación en celdas de flujo con patrón para los instrumentos Illumina, donde el salto de índice es problemático. La combinación única de 96 índices duales permite la identificación y el filtrado completo de lecturas con índice intercambiado. Referencia: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4703-0 P: ¿Qué debo hacer si la hoja de muestra del sitio web NEB.com no es compatible con la versión de software que estoy utilizando? R: Si la hoja de muestra no es correcta para su versión de software, puede crear una con Illumina Experiment Manager (IEM) y copiar y pegar las secuencias de índice de nuestra hoja de muestra en la suya. Si tiene alguna pregunta sobre el uso de IEM, le recomendamos contactar con Illumina. P: ¿Qué conjuntos de pares de cebadores de doble índice único NEBNext se pueden combinar en una sola secuenciación de Illumina? R: Los NEB n.° E6440S/L, E6442S/L, E6444S/L, E6446S/L y E6448S/L se pueden combinar. P: ¿Qué secuencias deben recortarse para las bibliotecas NEBNext secuenciadas en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y se pueden recortar como TruSeq: Adaptador Read1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Read2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT P: ¿Qué hago si recibo un error de colisión de índice/colisión de código de barras? R: Si recibió un error de colisión de índice al demultiplexar los oligonucleótidos multiplex NEBNext, actualice a: Versión de software Bclconvert 4.1.7 o posterior Bcl2fastq Cualquier versión Picard IlluminaBasecallsToSam Cualquier versión Comuníquese con el soporte técnico si tiene más preguntas.