New England Biolabs, E6609S, NEBNext® Multiplex Oligo para Illumina® (96 cebadores de índice)

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Etanol al 80 % recién preparado Consulte el protocolo específico del kit para usar los oligos multiplex NEBNext para Illumina: Los siguientes kits están diseñados para usarse con los oligos multiplex NEBNext para Illumina: #E7760, kit de preparación de biblioteca de ARN direccional NEBNext Ultra II para Illumina #E7765, preparación de biblioteca de ARN direccional NEBNext Ultra II con perlas de purificación de muestras #E7770, kit de preparación de biblioteca de ARN NEBNext Ultra II para Illumina #E7775, preparación de biblioteca de ARN NEBNext Ultra II con perlas de purificación de muestras #E7805, kit de preparación de biblioteca de ADN FS NEBNext Ultra II para Illumina #E6177, kit de preparación de biblioteca de ADN FS NEBNext Ultra II con perlas de purificación de muestras #E7645, kit de preparación de biblioteca de ADN NEBNext Ultra II para Illumina #E7103, preparación de biblioteca de ADN NEBNext Ultra II con perlas de purificación de muestras #E7595, módulo de ligadura NEBNext Ultra II #E7420, Kit de preparación de biblioteca de ARN direccional NEBNext Ultra para Illumina #E7530, Kit de preparación de biblioteca de ARN NEBNext Ultra para Illumina #E7370, Kit de preparación de biblioteca de ADN NEBNext Ultra para Illumina #E7445, Módulo de ligadura NEBNext Ultra #E6040, Juego de mezcla maestra de preparación de biblioteca de ADN NEBNext para Illumina #E6240, Juego de mezcla maestra de preparación de biblioteca ChIP-Seq NEBNext para Illumina #E6056, Módulo de ligadura rápida NEBNext Preguntas frecuentes P: ¿Los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina están validados en los flujos de trabajo de secuenciación de próxima generación? R: Sí, los adaptadores y cebadores NEBNext para Illumina se validan mediante la creación de bibliotecas de ADN genómico, bibliotecas de chips, así como bibliotecas de ARNm humano, seguidas de la secuenciación de Illumina. P: ¿Son los oligos NEBNext para Illumina compatibles con la secuenciación de lectura única y de extremos emparejados? R: Sí, los oligos NEBNext para Illumina, incluidos los oligos de doble índice, son compatibles con la secuenciación de lectura única y de extremo emparejado. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener información sobre los flujos de trabajo de secuenciación de doble índice en una celda de flujo de lectura única o de extremo emparejado. P: ¿Cuál es la concentración del adaptador y los cebadores en los kits NEBNext Multiplex Oligos? R: El adaptador es de 15 μM y la mezcla de cebadores es de 10 μM (5 μM cada uno). P: ¿Puedo usar la placa de cebadores de 96 pocillos para realizar mis reacciones de PCR cuando utilizo los oligos NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina®? R: No, no recomendamos usar la placa de 96 pocillos en la que se envasan los cebadores. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos un exceso de cebador para garantizar cantidades suficientes. Este exceso de cebador puede provocar la formación de dímeros de cebador durante la PCR. P: ¿Cuántas reacciones de cebador hay en cada pocillo? R: La placa de cebadores fue diseñada para un solo uso. Aunque cada pocillo contiene suficiente cebador para una sola reacción, proporcionamos cebador adicional para garantizar cantidades suficientes. Recomendamos encarecidamente no utilizar cebadores sobrantes para evitar la contaminación cruzada con otros cebadores indexados. P: ¿Disponen de una hoja de muestra con las secuencias índice que se pueda usar en el Administrador de Experimentos de Illumina (IEM)? R: Sí, puede encontrar una hoja de muestra con las secuencias índice aquí. Consulte la Guía del usuario de su instrumento Illumina para obtener instrucciones sobre el uso de la hoja de muestra. P: ¿El adaptador está metilado? R: No, el adaptador del NEB n.° E6609 no está metilado y, por lo tanto, no es compatible con la secuenciación con bisulfito. Para obtener información sobre el adaptador metilado y los cebadores indexados, consulte el NEB n.° E7535. P: ¿La enzima USER de nuestros kits NEBNext tiene la misma concentración que el producto independiente? R: Sí, la concentración de USER en nuestros kits de oligonucleótidos es de 1000 U/ml, que también se vende por separado como NEB n.° M5505. P: ¿Se requiere la enzima USER para la preparación de la biblioteca con el adaptador NEBNext y los cebadores para Illumina? R: Sí. El adaptador NEBNext para Illumina contiene un nucleótido especialmente modificado que USER debe escindir antes de la amplificación por PCR. P: ¿Se puede comprar la enzima USER por separado? R: La enzima USER está disponible como catálogo NEB n.° M5505 y se puede utilizar en los protocolos de oligonucleótidos NEBNext. P: ¿Estos reactivos están disponibles en un formato personalizado, un formato más grande o en formatos de 96 pocillos? R: Sí, podemos adaptarnos a formatos personalizados. Para obtener más información, póngase en contacto con nuestro departamento de OEM en custom@neb.com. P: ¿Cómo uso la hoja de muestras proporcionada por NEB para mi instrumento específico? R: Al utilizar LRM, utilice el archivo .tsv proporcionado en la sección "Instrucciones de uso" de la página del producto. Si no usa LRM: Descargue la hoja de muestra de la página del producto para el kit de índice que está usando desde el sitio web NEB.com. Puede encontrar hojas de muestra en la sección Protocolos, manuales y uso/ Pautas de uso o Preguntas frecuentes y solución de problemas/ ¿Tiene una hoja de muestra? Para bibliotecas de doble indexación, asegúrese de descargar la versión correcta de la hoja de muestra según https://knowledge.illumina.com/software/general/software-general-reference_material-list/000001800, artículo 1800 de la base de conocimientos de Illumina. Use Illumina Experiment Manager para crear una hoja de muestra para su instrumento específico y la configuración de la ejecución de secuenciación. Cree una hoja de muestra con una sola fila y ábrala en Excel. Copie y pegue las secuencias de índice de la hoja de muestra de NEB en este archivo de Excel. Asegúrese de que las columnas se alineen con los encabezados de columna. Comuníquese con el soporte técnico de Illumina si tiene alguna pregunta adicional sobre el uso de IEM o el formato de la hoja de muestra. P: ¿Qué secuencias deben recortarse para las bibliotecas NEBNext que se secuencian en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y se pueden recortar como TruSeq: Adaptador Read1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Read2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT P: ¿Son compatibles el adaptador y los cebadores NEBNext para Illumina con los reactivos NEBNext para la preparación de bibliotecas Illumina? R: Sí, los oligos multiplex NEBNext (adaptadores y cebadores) para Illumina son compatibles con los kits NEBNext para la preparación de bibliotecas de ADN, ARN y ChIP-seq. Consulte la tabla de selección de oligos multiplex NEBNext (www.neb.com/oligos) para ver la gama completa de opciones disponibles. Nota: Los oligos multiplexados (indexadores) no están incluidos en la mayoría de los kits de preparación de bibliotecas NEBNext y deben pedirse por separado. Los adaptadores y cebadores se incluyen en el kit NEBNext Enzymatic Methyl-seq y en los kits de preparación de bibliotecas de ARN pequeño NEBNext, ya que están optimizados para tipos de entrada y cantidades de muestra específicos.