New England Biolabs, E7600S, NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina® (Juego de cebadores de índice doble 1)

NEBNext Multiplex Oligos proporciona adaptadores y cebadores para permitir la producción de bibliotecas multiplex Illumina de alto rendimiento. La exclusiva estructura de bucle de horquilla del adaptador NEBNext minimiza la formación de dímeros adaptadores, y los cebadores de PCR de índice NEBNext permiten la incorporación del índice durante la amplificación de la biblioteca. Este kit incluye 8 cebadores de índice i5 y 12 cebadores de índice i7 para indexación dual. Categorías relacionadas NEBNext® Multiplex Oligo (adaptadores y cebadores) Aplicaciones Aplicaciones de USER® y enzimas termolábiles USER II Especificación Materiales necesarios pero no suministrados Para obtener la lista de materiales adicionales necesarios, consulte el manual de su kit de preparación de biblioteca NEBNext. Preguntas frecuentes P: ¿Dónde puedo encontrar las hojas de muestra para estos oligos multiplex? R: Las hojas de muestra específicas del instrumento se pueden descargar de la sección Pautas de uso ubicada en la pestaña "Protocolos, manual y uso". Si está secuenciando en un NovaSeq® 6000 con kits de reactivos v1.0, MiniSeq® con kits de reactivos rápidos, MiSeq®, HiSeq® 2000/2500 (celda de flujo de extremo emparejado), HiSeq 3000/4000 (celda de flujo de lectura única), elija la hoja de muestra etiquetada como "Forward Strand Workflow Sample Sheet". * Si está secuenciando en un iSeq 100, MiniSeq® con kits de reactivos estándar, sistemas NextSeq®, NovaSeq 6000 con kits de reactivos v1.5, HiSeq 2000/2500 (celda de flujo de lectura única), HiSeq 3000/4000 (celda de flujo de extremo emparejado), elija la hoja de muestra etiquetada como "Reverse Complement Workflow Sample Sheet". * * Nuestras hojas de muestra se basan en la Guía general de secuenciación de Illumina actual. Elija la hoja de muestra correcta, según su instrumento Illumina y sus kits de reactivos. Para obtener más información sobre la indexación de Illumina, consulte la versión más reciente de la Guía general de secuenciación de Illumina. P: ¿Los oligonucleótidos NEBNext Multiplex para Illumina (Set 1 de cebadores de doble índice) incluyen reactivos para la preparación de bibliotecas? R: No. Los oligonucleótidos NEBNext Multiplex para Illumina (Set 1 de cebadores de doble índice) solo contienen adaptadores, cebadores de PCR y la enzima USER. Los kits de preparación de bibliotecas se venden por separado. La siguiente es una lista de kits de preparación de bibliotecas compatibles: Kit de preparación de biblioteca de ADN NEBNext Ultra para Illumina (#E7370) Juego de mezcla maestra de preparación de biblioteca de ADN NEBNext para Illumina (#E6040) Juego de reactivos de preparación de biblioteca de ADN NEBNext para Illumina (#E6000) Juego de mezcla maestra de preparación de biblioteca ChIP-seq NEBNext para Illumina (#E6240) Juego de reactivos de preparación de biblioteca ChIP-seq NEBNext para Illumina (#E6200) Kit de preparación de biblioteca de ARN direccional NEBNext Ultra para Illumina (#E7420) Kit de preparación de biblioteca de ARN NEBNext Ultra para Illumina (#E7530) Juego de mezcla maestra de preparación de biblioteca de ARNm NEBNext para Illumina (#E6110) Juego de reactivos de preparación de biblioteca de ARNm NEBNext para Illumina (#E6100) P: ¿Puedo usar oligos multiplex NEBNext para Illumina (Dual Conjunto de cebadores de índice 1) para la preparación de bibliotecas de muestras de ADN y ARN? R: Sí. Los oligonucleótidos multiplex NEBNext para Illumina (conjunto de cebadores de índice dual 1) son compatibles con la preparación de bibliotecas de ADN y ARN. Consulte los capítulos 1 a 5 del manual para ver los protocolos de preparación de bibliotecas de ADN o ChIP, o los capítulos 6 a 9 para ver los protocolos de preparación de bibliotecas de ARN. P: ¿Cuántas bibliotecas puedo preparar con los oligonucleótidos multiplex NEBNext para Illumina (conjunto de cebadores de índice dual 1)? R: Se pueden preparar hasta 96 bibliotecas con cada oligonucleótido multiplex NEBNext para Illumina (conjunto de cebadores de índice dual 1). P: Para agrupar menos de 96 muestras, ¿qué combinación de índices debo usar? R: Consulte el Apéndice A del Capítulo 10 del manual (página 115) para obtener una guía detallada sobre la indexación de bajo nivel. P: ¿Puedo realizar lecturas individuales y obtener ambas secuencias de índice? ¿Puedo ejecutar recetas de lectura única y de extremo emparejado con bibliotecas de doble indexación? R: Sí. Seleccione el flujo de trabajo adecuado según el tipo de celda de flujo (lectura única o extremo emparejado) al iniciar su ejecución para utilizar la química correcta. Si utiliza una celda de flujo de lectura única, se necesita la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (n.° de catálogo FC-121-1003) para secuenciar ambas lecturas de índice. Adaptado del sitio web de Illumina. P: ¿Son compatibles las bibliotecas de doble indexación con la secuenciación de extremo único? R: Sí, los oligos NEBNext para Illumina, incluidos los oligos de doble índice, son compatibles con la secuenciación de lectura única. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener más información sobre los flujos de trabajo de secuenciación de doble indexación en una celda de flujo de lectura única o en una celda de flujo de extremo emparejado. P: ¿La enzima USER de nuestros kits NEBNext tiene la misma concentración que el producto independiente? R: Sí, la concentración de USER en nuestros kits de oligonucleótidos es de 1000 U/ml, que también se vende por separado como NEB n.° M5505. P: ¿Cómo uso la hoja de muestras proporcionada por NEB para mi instrumento específico? R: Al usar LRM, utilice el archivo .tsv que se encuentra en la sección "Instrucciones de uso" de la página del producto. Si no usa LRM: descargue la hoja de muestras de la página del producto correspondiente al kit de índice que esté utilizando desde el sitio web NEB.com. Puede encontrar hojas de muestras en la sección "Protocolos, manuales y uso/Instrucciones de uso" o en la sección "Preguntas frecuentes y solución de problemas/¿Dispone de una hoja de muestras?". Para bibliotecas de doble índice, asegúrese de descargar la versión correcta de la hoja de muestras según https://knowledge.illumina.com/software/general/software-general-reference_material-list/000001800, artículo 1800 de la base de conocimientos de Illumina. Utilice Illumina Experiment Manager para crear una hoja de muestras para su instrumento específico y la configuración de la secuenciación. Cree una hoja de muestra con una sola fila y ábrala en Excel. Copie y pegue las secuencias de índice de la hoja de muestra NEB en este archivo de Excel. Asegúrese de que las columnas estén alineadas con los encabezados. Para cualquier pregunta adicional sobre el uso de IEM o el formato de la hoja de muestra, póngase en contacto con el soporte técnico de Illumina. P: ¿Qué secuencias deben recortarse para las bibliotecas NEBNext secuenciadas en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y se pueden recortar como TruSeq: Adaptador Lectura 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Lectura 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT