New England Biolabs, E7626L, módulo de RT-PCR NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2

El tamaño pequeño de este producto se discontinuó el 15 de diciembre de 2024. El tamaño grande (NEB n.° E7626L) seguirá estando disponible. Categorías relacionadas Productos NEBNext® ARTIC para la secuenciación del SARS-CoV-2, Preparación de bibliotecas de ARN para Illumina Materiales de especificación necesarios pero no suministrados Etanol al 80 % (recién preparado) Agua sin nucleasas Tubos DNA LoBind (Eppendorf® n.º 022431021) Soporte/gradilla magnética (NEB n.º S1515, Alpaqua®, cat. n.º A001322 o equivalente) Termociclador Mezclador vórtex Microcentrífuga Analizador de fragmentos Agilent® Bioanalyzer® o similar y consumibles asociados ADNasa Tubos de tiras para PCR sin ARNasa (USA Scientific®1402-1708) Kit de reactivos SPRIselect® (Beckman Coulter, Inc. n.º B23317) o perlas AMPure® XP (Beckman Coulter, Inc. n.º A63881) Preguntas frecuentes P: ¿Cuál es la diferencia entre NEBNext VarSkip Short v2 ¿Mezclas de cebadores para SARS-CoV-2 y las mezclas originales NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2? R: Las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se han optimizado para mejorar la cobertura de la variante Omicron. En estas mezclas v2, se han reemplazado 10 cebadores, lo que afecta a 7 pares de cebadores. P: ¿Cuál es la diferencia entre las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip v2 Short SARS-CoV-2 y las mezclas NEBNext ARTIC SARS-CoV-2? R: Las mezclas VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 1 y 2 para la amplificación del genoma del SARS-CoV-2 se basan en secuencias hCoV-2019/nCoV-2019 versión 3 (v3) con concentraciones de cebadores equilibradas. Las mezclas NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 1 y 2 para la amplificación del genoma del SARS-CoV-2 se diseñaron para reducir el impacto de las variantes en la eficiencia de la amplificación. Los amplicones NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 tienen ~400 pb, mientras que los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 tienen ~550 pb. P: ¿Dónde puedo encontrar información sobre la secuencia de cebadores de las mezclas NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 y NEBNext ARTIC SARS-CoV-2? R: Las secuencias de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se pueden encontrar aquí: https://github.com/nebiolabs/VarSkip Las secuencias de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 se pueden encontrar aquí: https://github.com/joshquick/artic-ncov2019/blob/master/primer_schemes/nCoV-2019/V3/nCoV-2019.tsv P: ¿Se pueden añadir las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 y NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 a la misma reacción de amplificación dirigida? R: No, las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 y NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 no se pueden añadir a la misma reacción de amplificación. P: ¿Qué esquema de cebadores debo usar: NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Primer Mixes o NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primer Mixes? R: Se recomiendan los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primer Mixes para muestras con variantes conocidas o esperadas del SARS-CoV-2. P: ¿Pueden los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primers cubrir muestras de SARS-CoV-2 no variantes? R: Sí, también se pueden usar para amplificar muestras de SARS-CoV-2 no variantes. P: ¿Qué variantes del SARS-CoV-2 pueden cubrir los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primers? R: Los cebadores VarSkip Short SARS-CoV-2 Short fueron diseñados para ser tolerantes a las variantes. Hemos confirmado que estos cebadores proporcionan una alta cobertura genómica para las siguientes variantes: B.1.351 (Beta) P.1. (Gamma) B1.617.1 (Kappa) B.1.617.2 (Delta) B.1.617.3 BA.1 (Ómicron) BA.2 (Ómicron) P: ¿Cómo analizo los datos de secuenciación de VarSkip Short v2 SARS-CoV-2? R: Los datos de secuenciación de VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se pueden analizar utilizando los mismos métodos de análisis que la secuenciación de amplicones multiplex ARTIC. Todos los archivos de referencia necesarios para modificar los procesos de análisis de secuenciación de ARTIC para el análisis de secuenciación de VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se pueden encontrar en https://github.com/nebiolabs/VarSkip. P: ¿Es necesario que mi muestra de ARN total esté libre de ADN antes de iniciar el flujo de trabajo ARTIC? R: No, el ARN no necesita estar libre de ADN para el flujo de trabajo ARTIC. P: ¿Se puede mejorar la cobertura para las variantes recientes? R: Sí, los cebadores de adición se han diseñado y probado para abordar las áreas de baja cobertura causadas por las variantes KP y JN. Estos cebadores se pueden proporcionar gratuitamente si se solicitan. Por favor, contacte con info@neb.com. Como alternativa, puede utilizar las secuencias a continuación para la síntesis de cebadores personalizados con su proveedor de oligonucleótidos preferido. Estos cebadores de adición deben utilizarse con los cebadores VarSkip Short v2 siguiendo los protocolos que se indican a continuación. Concentración objetivo de la secuencia del cebador de mezcla de adición VSSv2f en 1xPool (µM) 1 varskip-0317-1_1_LEFT_ALT3 ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACG 0.5 1 varskip-0317-1_05_RIGHT_ALT2 GACAATTTCACAAGCACAGGTTGAG 0.5 1 varskip-0317-1_07_LEFT_ALT2 CCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATC 0.5 1 varskip-0317-1_09_RIGHT_ALT2 GTTTACTTTCAGTTATAAATGGCTTAACTTC 0.5 1 varskip-0317-1_11_LEFT_ALT2 GTGGCACTACTGAAATGCTAGC 0.5 1 varskip-0317-1_13_RIGHT_ALT2 TTCATAAGAAAGTGTGCCCATGTAC 0.5 1 varskip-0317-1_15_RIGHT_ALT1 GTCCAAAGACAACGTATACACC 0.5 1 varskip-0317-1_35_LEFT_ALT2 GATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATG 0.5 1 varskip-0317-1_45_RIGHT_ALT2 ATTGATCTCCAGGCGGTGGTTT 0.5 1 49_R_ALT2 GTAATAAGAACACCATTACGGGCAT 0.5 1 varskip-0317-1_53_RIGHT_ALT2 TGAGGATCTGAAAACTTTGTCAGG 0.5 1 55_L_ALT1 CCTACTTATTGTTAATAACGCTAACTAATGTT 0.5 1 varskip-0317-1_57_ALT_IZQUIERDA6 CTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGA 0.5 2 varskip-0317-1_24_ALT_IZQUIERDA2 GCCTTTAATACTTTACTATTCCTTATGTC 0.5 2 varskip-0317-1_28_ALT_DERECHA2 AGGCCAAAGTAACAAGTACAAAAATAGC 0.5 2 varskip-0317-1_32_ALT_DERECHA2 CTGTTATTGCCTGACCAGTACC 0.5 2 varskip-0317-1_34_ALT_DERECHA2 ATCACAGAATTGTACTGTTTTTAACAAAGC 0.5 2 varskip-0317-1_54_ALT_DERECHA2 CTTCAAGGTCCATAAGAAAAGGCT 0.5 2 56L_ALT1 TTATTATGTGGGTTATCTTCAACCTAGG 0.5 2 varskip-0317-1_56_RIGHT_ALT2 CAGCCTGTAAAATCATCTGGTAATTTAT 0.5 Protocolos para el uso de cebadores de adición: Para kits de 96 reacciones: Descongele la mezcla de adición 1 de VSSv2f, la mezcla de adición 2 de VSSv2f, la mezcla de cebadores 1 de VSSv2 y la mezcla de cebadores 2 de VSSv2. Mezcle y centrifugue rápidamente los cuatro tubos. Añada 3 μl de la mezcla de adición 1 de VSSv2f a la mezcla de cebadores 1 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Añada 2,5 μl de la mezcla de adición 2 de VSSv2f a la mezcla de cebadores 2 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Utilice la mezcla de cebadores VarSkip Short v2 1 y 2 enriquecida para el protocolo de RT-PCR. Para kits de 24 reacciones: Descongele la mezcla de adición 1 de VSSv2f, la mezcla de adición 2 de VSSv2f, la mezcla de cebador 1 de VSSv2 y la mezcla de cebador 2 de VSSv2. Mezcle y centrifugue rápidamente los cuatro tubos. Añada 2 μl de la mezcla de adición 1 de VSSv2f a 2 μl de TE 0,1x para diluir a la mitad la mezcla de adición 1 de VSSv2f. Añada 1,5 μl de la mezcla de adición 1 de VSSv2f diluida a la mezcla de cebador 1 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Añada 2 μl de la mezcla de adición 2 de VSSv2f a 2 μl de TE 0,1x para diluir a la mitad. Añada 1,25 μl de la mezcla de adición 2 de VSSv2f diluida a la mezcla de cebadores 2 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Utilice las mezclas de cebadores 1 y 2 de VarSkip Short v2 enriquecidas para el protocolo de RT-PCR.