Kit de depleción de globina y ARNr NEBNext® (humano/ratón/rata) con microesferas de purificación de muestras de ARN, E7755L, de New England Biolabs

El ARNm y ARNr de globina son muy abundantes en muestras de sangre, y su eliminación eficiente y específica es deseable para revelar la importancia biológica de las transcripciones menos abundantes. Categorías relacionadas Depleción de ARN y enriquecimiento de ARNm Especificación Materiales necesarios pero no suministrados Gradilla/soporte magnético como la gradilla de separación magnética NEBNext (NEB n.º S1515) Etanol al 80 % (recién preparado) Termociclador Tubos de PCR de pared delgada de 200 μl Bioanalyzer®, TapeStation® (Agilent Technologies, Inc.) o un analizador de fragmentos similar y consumibles Preguntas frecuentes P: ¿Para qué especies puedo usar el kit de depleción de ARNm y ARNr de globina NEBNext®? ¿Funcionará para otras especies? R: El kit depleciona el ARNm y el ARNr de globina del ARN total humano, de ratón y de rata. Puede funcionar en otras especies en el grado en que las secuencias de ARNr y ARNm de globina sean similares a las de humano, ratón y rata. P: ¿Qué ARNm y ARNr de globina se deplecionan con el kit de depleción de ARNm y ARNr de globina NEBNext® (humano/ratón/rata)? R: El kit depleciona el ARNm de globina adulta, fetal y embrionaria (HBA 1/2, HBB, HBD, HBM, HBG1/2, HBE, HBQ1 y HBZ). También se deplecionan el ARNr citoplasmático (5S, 5.8S, 18S, 28S, ITS y ETS) y mitocondrial (12S y 16S). P: ¿Puedo usar el kit de depleción de ARNm y ARNr de globina NEBNext® (humano/ratón/rata) con ARN degradado o fragmentado? R: Sí, este kit se puede usar con ARN degradado o fragmentado. P: ¿Cuál es la cantidad total de ARN que debo usar? A: El kit ha sido optimizado para una entrada de ARN total de 10-1000 ng (100 ng mínimo para ARN fragmentado o degradado). Para RNA-seq, recomendamos usar entradas superiores a 100 ng para aumentar la complejidad de la biblioteca y reducir la tasa de duplicación. P: ¿Por qué el ARN debe estar libre de ADN? R: El ADN contaminante puede causar una cuantificación inexacta del ARN e impedir la eliminación adecuada del ARNm y ARNr de globina. P: ¿Cuál es el rendimiento de ARN esperado recuperado después del agotamiento del ARNm y ARNr de globina? R: El porcentaje de ARN aislado después del agotamiento de globina y ARNr variará entre las diferentes muestras de ARN. Normalmente, se recupera entre el 1% y el 3% del ARN de entrada. P: ¿Cuál es el porcentaje de ARNm y ARNr de globina que queda después del agotamiento? R: El porcentaje de ARNm y ARNr de globina que queda después del agotamiento varía según la especie. Normalmente, queda menos del 1% de ARNm de globina y entre el 1% (humano) y el 5% (ratón/rata) de ARNr. P: ¿Cómo puedo determinar si la depleción de ARNm y ARNr de globina fue eficiente? R: Para evaluar la eficiencia de la depleción, diseñe cebadores RT qPCR para el ARNm y ARNr de globina de la especie de muestra, y cebadores para un gen constitutivo. Compare el contenido de ARNm y ARNr de globina antes y después de la depleción. P: Solo me interesa el ARN codificante. ¿Puedo usar el NEBNext® Globin mRNA & rRNA Depletion Kit (humano/ratón/rata) para eliminar el ARNm de globina del ARNm previamente enriquecido? R: Sí. El kit se puede usar después del enriquecimiento de ARNm de poli (A) (p. ej., usando el módulo de aislamiento magnético de ARNm de poli (A) NEBNext, NEB n.º E7490), de modo que el ARN deplecionado final contenga solo ARNm de interés y no ARN no codificante. P: ¿El kit de depleción de ARNm y ARNr de globina NEBNext® (humano/ratón/rata) es adecuado para la determinación de la huella o el perfil ribosómico? R: El protocolo incluido en este kit no ha sido validado para la determinación de la huella o el perfil ribosómico. P: ¿Se puede utilizar el ARN enriquecido resultante del kit de depleción NEBNext en secuenciaciones de lectura larga? R: Sí, pero tenga en cuenta que el ARN se fragmenta ligeramente durante el proceso de depleción. Esto puede reducir la longitud de lectura.