New England Biolabs, E7780S, NEBNext® Multiplex Oligos para Illumina® (Juego de cebadores de doble índice 2)

Los oligos multiplex NEBNext proporcionan adaptadores y cebadores para permitir la producción de bibliotecas multiplex de Illumina de alto rendimiento. La exclusiva estructura en horquilla del adaptador NEBNext minimiza la formación de dímeros adaptadores, y los cebadores de PCR de índice NEBNext permiten la incorporación del índice durante la amplificación de la biblioteca. Este kit incluye 8 cebadores de índice i5 y 12 cebadores de índice i7 para indexación dual. Categorías relacionadas : Preguntas frecuentes sobre oligos multiplex NEBNext® (adaptadores y cebadores). P: ¿Dónde puedo encontrar las hojas de muestra de estos oligos multiplex? R: Las hojas de muestra específicas para cada instrumento se pueden descargar de la sección "Instrucciones de uso", en la pestaña "Protocolos, manual y uso". Si está secuenciando en un NovaSeq® 6000 con kits de reactivos v1.0, MiniSeq® con kits de reactivos rápidos, MiSeq®, HiSeq® 2000/2500 (celda de flujo de extremo emparejado), HiSeq 3000/4000 (celda de flujo de lectura única), elija la hoja de muestra etiquetada como "Forward Strand Workflow Sample Sheet". * Si está secuenciando en un iSeq 100, MiniSeq® con kits de reactivos estándar, sistemas NextSeq®, NovaSeq 6000 con kits de reactivos v1.5, HiSeq 2000/2500 (celda de flujo de lectura única), HiSeq 3000/4000 (celda de flujo de extremo emparejado), elija la hoja de muestra etiquetada como "Forward Strand Workflow Sample Sheet". * * Nuestras hojas de muestra se basan en la Guía general de secuenciación de Illumina actual. Elija la hoja de muestra correcta, según su instrumento Illumina y sus kits de reactivos. Para obtener más información sobre la indexación de Illumina, consulte la versión más reciente de la Guía general de secuenciación de Illumina. P: ¿Se suministran los oligonucleótidos NEBNext® Multiplex para Illumina® (juego de cebadores de doble índice 2) con los reactivos de preparación de bibliotecas? R: No. Los oligonucleótidos NEBNext® Multiplex para Illumina (juego de cebadores de doble índice 2) solo incluyen adaptadores, cebadores de PCR y la enzima USER®. Los kits de preparación de bibliotecas NEBNext se venden por separado. P: ¿Puedo usar los oligonucleótidos NEBNext® Multiplex para Illumina® (juego de cebadores de doble índice 2) para la preparación de bibliotecas a partir de muestras de ADN y ARN? R: Sí. Los oligonucleótidos NEBNext® Multiplex para Illumina (juego de cebadores de doble índice 2) son compatibles con la preparación de bibliotecas de ADN y ARN. Consulte los capítulos correspondientes del manual para conocer los protocolos de preparación de bibliotecas de ADN, ChIP o ARN. P: ¿Cuántas bibliotecas puedo preparar con NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (Dual Index Primers Set 2)? R: Se pueden preparar hasta 96 bibliotecas con cada kit NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Set 2). P: Para agrupar menos de 96 muestras, ¿qué combinación de índices debo usar? R: Consulte el Apéndice A en el Capítulo 10 del manual (página 115) para obtener una guía detallada sobre la indexación de bajo nivel. P: ¿Es necesario añadir cebadores de secuenciación personalizados al crear bibliotecas de secuenciación con NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (Dual Index Primers Set 2) en los instrumentos de secuenciación de Illumina? R: No. Las bibliotecas creadas con NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Set 2) son totalmente compatibles con los protocolos de secuenciación de Illumina para bibliotecas TruSeq® HT. Para sistemas HiSeq®, HiScan®SQ o GAIIx® en celdas de flujo de lectura única, la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (catálogo Illumina n.° FC-121-1003) deberá solicitarse por separado si se utilizan ambos índices. Esta caja adicional no es necesaria con el sistema MiSeq® ni en celdas de flujo de extremo emparejado para HiSeq, HiScanSQ y GAIIx. Consulte el sitio web de Illumina para obtener información completa. P: ¿Puedo realizar ejecuciones de lectura única y obtener ambas secuencias de índice? ¿Puedo ejecutar recetas de lectura única y de extremo emparejado con bibliotecas de doble índice? R: Sí. Seleccione el flujo de trabajo adecuado según el tipo de celda de flujo (lectura única o extremo emparejado) al iniciar su ejecución para utilizar la química correcta. Si se utiliza una celda de flujo de lectura única, se necesita la caja de cebadores de secuenciación de doble índice TruSeq de lectura única (caja de un solo uso) (n.° de catálogo FC-121-1003) para secuenciar ambas lecturas de índice. Adaptado del sitio web de Illumina. P: ¿La enzima USER® de los kits NEBNext Oligos tiene la misma concentración que el producto independiente? R: Sí, la concentración de USER en los kits NEBNext Oligo es de 1000 U/ml, que también se vende por separado como NEB n.° M5505. P: ¿Cómo uso la hoja de muestra proporcionada por NEB para mi instrumento específico? R: Al utilizar LRM, utilice el archivo .tsv proporcionado en la sección "Instrucciones de uso" de la página del producto. Si no utiliza LRM: Descargue la hoja de muestra de la página del producto del kit de índice que esté utilizando desde el sitio web NEB.com. Puede encontrar las hojas de muestra en la sección "Protocolos, manuales y uso/Instrucciones de uso" o en la sección "Preguntas frecuentes y solución de problemas/¿Dispone de una hoja de muestra? Para bibliotecas de doble indexación, asegúrese de que se haya descargado la versión correcta de la hoja de muestra según https://knowledge.illumina.com/software/general/software-general-reference_material-list/000001800, artículo 1800 de la base de conocimientos de Illumina. Utilice Illumina Experiment Manager para crear una hoja de muestra para su instrumento específico y la configuración de la ejecución de secuenciación. Cree una hoja de muestra con una sola fila y ábrala en Excel. Copie y pegue las secuencias de índice de la hoja de muestra de NEB en este archivo de Excel. Asegúrese de que las columnas se alineen con los encabezados de columna. Póngase en contacto con el soporte técnico de Illumina si tiene alguna pregunta adicional sobre el uso de IEM o el formato de la hoja de muestra. P: ¿Son compatibles las bibliotecas de doble indexación con la secuenciación de un solo extremo? R: Sí, los oligos NEBNext para Illumina, incluidos los oligos de doble índice, son compatibles con la secuenciación de una sola lectura. Consulte la Guía general de secuenciación indexada de Illumina (versión actual) para obtener detalles sobre los flujos de trabajo de secuenciación de doble indexación en una celda de flujo de una sola lectura o una celda de flujo de dos extremos. P: ¿Qué secuencias deben recortarse para las bibliotecas NEBNext secuenciadas en un instrumento Illumina? R: Las bibliotecas NEBNext para Illumina se parecen a las bibliotecas TruSeq y pueden recortarse como TruSeq: Adaptador Lectura 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA Adaptador Lectura 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT