New England Biolabs, M0348L, NEBNext® dsDNA Fragmentasa®

Para la mayoría de las aplicaciones, especialmente cuando se necesita una fragmentación ajustable en el tiempo o la preservación de la metilación, recomendamos Categorías relacionadas Fragmentación de ADN y fragmentación de ARN Especificación Condiciones de reacción 1X NEBNext® dsDNA Fragmentase® Reaction Buffer v2 1X NEBNext® dsDNA Fragmentase® Reaction Buffer v2 20 mM Tris-HCl 15 mM MgCl2 50 mM NaCl 0,1 mg/ml BSA 0,15% Triton® X-100 (pH 7,5 a 25 °C) Preguntas frecuentes P: Cuando se cambió la dsDNA Fragmentase (NEB n.º M0348) para incluir Fragmentase Buffer v2, ¿hubo algún cambio en la enzima dsDNA Fragmentase en sí? R: No, la formulación de la enzima dsDNA Fragmentase no ha cambiado, solo el tampón suministrado con la enzima. P: ¿Para qué plataformas de secuenciación se pueden utilizar los fragmentos de ADN producidos con la dsADN Fragmentasa (NEB #M0348)? R: El ADN producido por la dsADN Fragmentasa es adecuado para muchas aplicaciones posteriores, incluida la secuenciación de nueva generación. Dado que los extremos creados por la dsADN Fragmentasa no son romos, será necesaria la reparación de los extremos para algunas aplicaciones. P: ¿Qué tipos de ADN son adecuados para la fragmentación con la dsADN Fragmentasa (NEB #M0348)? R: La dsADN Fragmentasa funciona con dsADN libre de inhibidores enzimáticos y EDTA. Si una muestra de ADN contiene EDTA, se puede añadir el MgCl₂ proporcionado para compensar. Para una fragmentación consistente, la cantidad de EDTA y MgCl₂ entre muestras debe ser constante. P: ¿Qué tipo de extremos crea la dsADN Fragmentasa (NEB #M0348)? R: Si bien la fragmentación es algo aleatoria, la dsADN Fragmentasa suele generar salientes de 1 a 4 bases en el extremo 5'. También se generarán algunos extremos romos y salientes en 3'. P: ¿Se puede inactivar térmicamente la dsADN Fragmentasa (NEB #M0348)? R: Sí, la dsADN Fragmentasa se puede inactivar térmicamente mediante incubación a 65 °C durante 15 minutos en presencia de 50 mM de DTT. Sin embargo, la muestra debe purificarse para la mayoría de las aplicaciones posteriores, incluso después de la desnaturalización térmica. Es importante tener en cuenta que el calentamiento puede dañar el ADN. Detener la reacción con EDTA y luego eliminarlo es más respetuoso con el ADN y, por lo tanto, se recomienda. P: ¿Puedo añadir ligasa a mis muestras después de usar la dsADN Fragmentasa (NEB #M0348) para sellar las muescas? R: Sí, se puede añadir la ligasa de ADN de E. coli (NEB n.° M0205) después de una limpieza. P: ¿El reactivo de fragmentación incluido en los kits de ADN NEBNext Ultra® II FS contiene la NEBNext dsDNA Fragmentase®? R: No, los productos Ultra II FS (Sistema de Fragmentación) contienen una mezcla única de enzimas que fragmentan, reparan los extremos y producen la cola de ADN dA, en un solo tubo. La mezcla de enzimas FS no incluye la fragmentasa.