New England Biolabs, N0550L, Quick-Load® Purple 1 kb Plus DNA Ladder

Categorías relacionadas Escaleras de ADN púrpura de carga rápida, marcadores y escaleras de ADN Aplicaciones Análisis de ADN Especificación Bases Fragmento Masa (ng) pb 1 40 10,002 2 40 8,001 3 48 6,001 4 40 5,001 5 32 4,001 6 120 3,001 7 40 2,017 8 57 1,517 9 45 1,200 10 122 1,000 11 34 900 12 31 800 13 27 700 14 23 600 15 124 500/517 16 49 400 17 37 300 18 32 200 19 61 100 Rango de tamaño efectivo 100 pb a 10,002 pb Tampón de almacenamiento 2.5% Ficoll®-400 10 mM EDTA 3.3 mM Tris-HCl 0.001% Colorante 2 0.02% Colorante 1 pH 8 a 25 °C Preguntas frecuentes P: ¿Por qué hay bandas adicionales visibles en geles de poliacrilamida? R: Para proporcionar mayor intensidad para las bandas más pequeñas y las bandas de referencia, se han clonado múltiples fragmentos del mismo tamaño en los plásmidos utilizados para muchas de las escaleras de ADN. Estos fragmentos, idénticos en tamaño, son indistinguibles en geles de agarosa, pero, en geles de acrilamida, incluso pequeñas diferencias en la secuencia de ADN pueden llevar a tasas de migración notablemente diferentes. Los fragmentos del mismo tamaño no siempre corren igual en acrilamida. En la escalera de ADN de 100 pb, los fragmentos de 500 y 517 pb, que se presentan como un doblete cercano en agarosa, se separan con mucha claridad en acrilamida, con la banda de 517 pb aproximadamente a medio camino entre los fragmentos de 500 y 600 pb. Esta migración "anómala" es una característica inherente a la electroforesis en gel de acrilamida y no indica ningún error en el tamaño indicado de los fragmentos de ADN en nuestra escalera. En la escalera de ADN de 50 pb y la escalera de bajo peso molecular, dos o más de las bandas que componen la banda de referencia de 200 pb tienden a presentarse de forma diferente, lo que resulta en una o más bandas adicionales detectables alrededor del rango de 200 pb. Al igual que con la escalera de ADN de 100 pb, esto se atribuye más a las limitaciones de la tecnología del gel de acrilamida que a un problema con la composición de la escalera. Como se define en la mayoría de los manuales de laboratorio de biología molecular (Manual de Clonación Molecular de Cold Springs Harbor de Maniatis, 2.ª edición) y como reconocen los fabricantes de geles de acrilamida, las aplicaciones que requieren una medición precisa del tamaño de los fragmentos de ADN deben realizarse con geles de agarosa siempre que sea posible. P: ¿Puedo usar Midori Green con las escaleras de ADN de NEB? R: Las escaleras de ADN de NEB, incluida la escalera de ADN Quick-Load Purple 1 kb Plus (NEB n.° N0550), son compatibles con el colorante Midori Green sin que se observen interferencias. Siga estrictamente las recomendaciones del fabricante del colorante. Debido a la baja intensidad del colorante, es posible que deba cargar entre 1 y 2 µg de la escalera de ADN para lograr una buena visualización en condiciones estándar de iluminación UV. P: ¿Puedo usar los colorantes SYBR® o GelRed® con las escaleras de ADN de NEB? R: Dado que los colorantes de alta afinidad para la unión a ácidos nucleicos pueden afectar la migración del ADN durante la electroforesis, se recomienda encarecidamente la tinción posterior de los geles con los colorantes SYBR y GelRed. La tinción post-electroforesis ofrece una sensibilidad superior y elimina la posibilidad de interferencia del colorante con la migración del ADN. Si bien los geles de agarosa se pueden prefabricar con estos colorantes, la migración o resolución de algunas escalas de ADN puede verse afectada. Por lo tanto, algunas escalas de ADN pueden requerir optimización/dilución al procesarse en geles prefabricados con estos colorantes. Para obtener resultados óptimos, siga atentamente las recomendaciones y protocolos del fabricante del colorante, especialmente en lo que respecta a las cantidades de carga. Recomendamos utilizar nuestra escala de ADN Plus de 1 kb para tinciones seguras (NEB n.° N0559) al utilizar SYBR o GelRed como colorantes prefabricados, ya que esta escala de ADN se optimizó específicamente para esta aplicación. Además, evite utilizar colorantes de carga que contengan SDS, ya que este podría causar un patrón de bandas anormal en los geles prefabricados. Recomendamos utilizar el colorante de carga de gel púrpura (6X), sin SDS (NEB n.° B7025) para esta aplicación. P: ¿Por qué mi escalera de ADN flota fuera de los pocillos? ¿Por qué no se ven bandas en la línea de gel de mi escalera de ADN? R: Si la escalera de ADN lista para cargar o el colorante de carga 6X que viene con la escalera se ha congelado en algún momento, el Ficoll formará un gradiente de densidad en el vial al descongelarse. Cualquier volumen pipeteado desde la parte superior del vial contendrá solo una pequeña cantidad de agente densificador y flotará fuera de los pocillos. Para evitar esto, mezcle bien al recibirlo y antes de usarlo. P: ¿Cuáles son las diferencias entre las cuatro versiones de las escaleras de ADN de 1 kb Plus (anteriormente llamada escalera de ADN de 2 logs), de 100 pb y de 1 kb que vende NEB? R: Estas escaleras vienen en cuatro formatos. Elija entre la escalera convencional, la versión Quick-Load® que utiliza colorante púrpura no fluorescente (NEB n.° B7024) o azul de bromofenol como colorante de adhesión, o TriDye™, que contiene tres colorantes que sirven como colorante visual. Ayuda a monitorizar el progreso de la migración durante la electroforesis en gel de agarosa. Las versiones de carga rápida también incluyen un vial de colorante de carga gratuito.