New England Biolabs, N0558S, Escalera de ADN de rango ultrabajo TriDye™

Categorías relacionadas Marcadores y escaleras de ADN Aplicaciones Análisis de ADN Especificación Bases Fragmento Masa (ng) pb 1 49 700 2 46 650 3 28 400 4 63 300 5 28 200 6 11 150 7 14 100 8 21 75 9 70 50 10 10 35 11 16 25 12 19 15 13 125 10 Rango de tamaño efectivo 10 pb a 700 pb Tampón de almacenamiento 10 mM Tris-HCl 10 mM EDTA 10 % Glicerol 0,006 % Xileno cianol 0,006 % Azul de bromofenol 0,06 % Naranja G pH 8 a 25 °C Preguntas frecuentes P: ¿Qué cantidad de la muestra de ADN de rango ultrabajo TriDye™ debe ¿Qué escalera debo cargar? R: Recomendamos cargar 5 ˜µl (0,5 µg) de TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder por línea de gel en geles de poliacrilamida. Recomendamos cargar 10 µl (1 µg) de TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder por línea de gel en geles de agarosa. P: ¿Por qué solo veo 12 bandas en la escalera de ADN ultrabaja? R: En geles de agarosa, los fragmentos de ADN de 700 pb y 650 pb pueden correr como una sola banda. Correrán por separado en geles de poliacrilamida. P: ¿Debo usar tampón TBE o TAE para mis geles de agarosa? R: Recomendamos usar tampón TBE en los geles de agarosa y tampones de electroforesis, ya que el tampón TBE permite una mejor resolución de los fragmentos de ADN más pequeños. Los fragmentos por debajo de 15 pb podrían no separarse eficientemente al usar tampón TAE. P: ¿Puedo usar la escalera de ADN de rango ultrabajo TriDye™ con colorantes GelRed® o SYBR®? R: Recomendamos usar GelRed®, GelGreen®, SYBR® Safe, SYBR® Gold y SYBR® Green I únicamente como tinciones post-electroforesis. Usarlos como colorantes prefabricados en los geles podría interferir con la migración de los fragmentos de ADN más pequeños y producir un patrón de bandas anormal. Podría ser necesario optimizar el proceso para una correcta visualización de todos los fragmentos de ADN. La intensidad de algunas bandas puede variar. P: ¿Qué geles de poliacrilamida puedo usar? R: La escalera de ADN de rango ultrabajo TriDye™ se puede separar completamente en geles de poliacrilamida nativos de 4-20% TBE, 10% TBE y 20% TBE. Esta escalera no es apta para su uso en condiciones desnaturalizantes. P: ¿Por qué algunas bandas de la escalera de ADN son más tenues en la parte inferior del gel? R: La mayoría de las tinciones se desarrollan en dirección opuesta a la del ADN migratorio. Como resultado, la base del gel podría tener una menor concentración de tinción, lo que podría resultar en una tinción no uniforme de las bandas inferiores. La cantidad de gel que terminará con una menor concentración de tinción depende en gran medida de las condiciones de migración (porcentaje de gel, voltaje, tampón, tiempo de ejecución, etc.). Este efecto se puede contrarrestar añadiendo un poco de tinción al tampón de ejecución. Al utilizar la escalera de ADN para la electroforesis en gel de agarosa, recomendamos usar bromuro de etidio a 0,5 µg/ml tanto en el gel como en el tampón de migración para una correcta visualización de los fragmentos de ADN más pequeños. No recomendamos el colado de geles con un grosor superior a 5 mm, ya que los fragmentos de ADN más pequeños podrían difundirse con mayor facilidad y ser más difíciles de teñir eficazmente en geles más gruesos. Si se utilizan peines anchos (10 mm), recomendamos cargar 15 µl (1,5 µg) de TriDye™ Ultra Low Range DNA Ladder por línea de gel para una visualización eficiente de los fragmentos de ADN más pequeños. Para una visualización óptima de todas las bandas, recomendamos exponer el gel a la luz UV sin bandeja de colado siempre que sea posible. Incluso las bandejas transparentes a la luz UV pueden oscurecer los fragmentos de ADN bajo la exposición a la luz UV. P: ¿Por qué el fragmento de 10 pb es más tenue que los demás fragmentos? R: Aunque la masa de ADN por banda es mayor para el fragmento de 10 pb que para los demás fragmentos, aparecerá más tenue en el gel debido a que los fragmentos de ADN muy pequeños no se unen a los agentes intercalantes tan bien como otros, se difunden mucho más por la matriz del gel y los agentes intercalantes cargados (bromuro de etidio u otros) se desplazan en dirección opuesta en el gel.