Kit de extracción de gel de ADN Monarch® Spin, T1120L, de New England Biolabs

Categorías relacionadas Extracción de ADN en gel, Aplicaciones de purificación de ácidos nucleicos Preguntas frecuentes sobre purificación de ácidos nucleicos P: ¿Puedo comprar columnas Monarch® y tubos de recolección adicionales para el kit de extracción de ADN en gel MonarchSpin (NEB n.º T1120) y el kit de limpieza de PCR y ADN Monarch Spin (NEB n.º T1130) por separado? R: Sí, las columnas y los tubos de recolección compatibles con la extracción de ADN en gel y la limpieza por PCR (NEB n.º T2037L) también se venden por separado. P: ¿Puedo usar agua para eluir el ADN cuando utilizo los kits Monarch®? R: Sí, se puede usar agua para eluir ADN de las columnas Monarch. Para una máxima eficiencia de elución, asegúrese de que el agua esté libre de nucleasas. Si va a almacenar el ADN a largo plazo, recomendamos usar el tampón Monarch EY (tampón de elución de ADN) suministrado, que contiene 0,1 mM de EDTA. P: ¿Cuál es el volumen mínimo de tampón de elución que se puede usar con las columnas Monarch® Spin S1A (NEB n.° T2037)? R: El rango óptimo de volumen de elución es de 5 a 20 μl de tampón de elución. P: ¿Son las columnas del kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (5 μg) (NEB n.° T1130) las mismas que las del kit Monarch Spin DNA Gel Extraction (NEB n.° T1120)? R: Sí, ambos kits utilizan la misma columna de elución de bajo volumen para permitir una limpieza y concentración robustas de las muestras. Las columnas Monarch Spin S1A y los tubos también se pueden comprar por separado (NEB n.° T2037L). P: ¿Cuál es la composición de cada tampón incluido en el kit Monarch® Spin DNA Gel Extraction (NEB n.° T1120)? R: La composición de los tampones es exclusiva. Sin embargo, podemos compartir lo siguiente: Monarch Buffer BY: tampón de disolución de tiocianato de guanidina Monarch Buffer WZ: tampón de lavado a base de etanol Monarch Buffer EY: tampón de elución Tris 10 mM, EDTA 0,1 mM, pH 8,5 P: ¿Cuál es la capacidad máxima de unión de las Monarch® Spin Columns S1A proporcionadas en el Monarch Spin DNA Gel Extraction Kit (NEB n.º T1120)? R: La matriz proporcionada en cada columna puede unir hasta 5 μg de ADN. La purificación de ADN de un gel de agarosa puede introducir componentes, como carbohidratos, que pueden competir por la unión a la matriz y afectar la recuperación del ADN. P: ¿Puedo escindir un fragmento de un gel y almacenarlo para su purificación con el Monarch® Spin DNA Gel Extraction Kit (NEB n.º T1120) en un momento posterior? R: Sí, el corte se puede almacenar en un tubo de microcentrífuga cerrado a 4 °C durante un máximo de 3 días. Sin embargo, la purificación inmediatamente después de la escisión probablemente proporcionará los mejores resultados. P: ¿Qué tamaño de ADN se puede purificar con las columnas Monarch® Spin S1A (NEB #T2037)? R: Se puede lograr la recuperación de ADN de 50 pb a 25 kb con las columnas Monarch Spin S1A, suministradas tanto en el kit de extracción de gel de ADN Monarch Spin (NEB #T1120) como en el kit de limpieza de PCR y ADN Monarch Spin (5 µg) (NEB #T1130). La eficiencia disminuye con ADN más largo debido a una unión más fuerte a la matriz. La recuperación con ADN más largo se puede aumentar con métodos de elución modificados, como el uso de tampón de elución calentado (50 °C) o la incubación a temperatura ambiente durante 5 minutos después de la adición del tampón de elución. Para obtener instrucciones detalladas, lea las instrucciones proporcionadas en el manual. P: Después de la purificación con el kit de extracción de gel de ADN Monarch® Spin (NEB #T1120), veo una banda adicional tenue que corre por debajo del tamaño esperado en un gel. ¿Qué podría causar esto? R: Los agentes caotrópicos utilizados en la purificación de ADN con sílice pueden inducir la desnaturalización del ADN, y estas formas monocatenarias de ADN tendrán una movilidad más rápida en un gel. Si están presentes, recomendamos usar sal y calor para renaturalizar la muestra. Añadir NaCl a 10 mM y calentar la muestra a 95 °C durante un minuto, seguido de un enfriamiento lento a temperatura ambiente, debería promover la rehibridación de las cadenas desnaturalizadas. Como alternativa, si la muestra se va a utilizar en una reacción enzimática, se puede añadir el ADN purificado a la reacción sin la enzima, calentar a 95 °C durante un minuto, enfriar a la temperatura de reacción y añadir la enzima. P: ¿Son las columnas de centrifugación Monarch® S1A (NEB n.° T2037) compatibles con los colectores de vacío? R: Hemos probado la compatibilidad de las columnas Monarch de los siguientes kits Monarch para su uso con colectores de vacío de sobremesa comunes: Kit de extracción de gel de ADN (NEB n.° T1020 y T1120), Kit de limpieza de PCR y ADN (NEB n.° T1030 y T1130) y Kits de limpieza de ARN (NEB n.° T2030). Consulte los protocolos que utilizan colectores de vacío que se proporcionan en el manual. Los colectores de vacío se pueden utilizar con otras columnas Monarch, pero pueden requerir optimización o tiempo adicional para que el líquido fluya completamente. P: ¿Son compatibles los componentes de la versión anterior del kit de extracción de gel de ADN Monarch® (NEB n.° T1020) con la nueva versión? ¿Puedo usar los tampones n.° T1020 en las nuevas columnas Monarch Spin S1A o viceversa? R: Sí, aunque esta nueva versión del kit de extracción de gel de ADN Monarch Spin (NEB n.° T1120) se ha desarrollado con mejoras de rendimiento, los tampones del kit de la versión anterior son compatibles. El uso del kit con otros tampones Monarch de versiones anteriores seguirá generando ADN purificado de alta calidad, adecuado para diversas aplicaciones posteriores. Sin embargo, en algunos casos, puede haber una variación de hasta un 20 % en el rendimiento si no se utilizan los tampones compatibles incluidos en el kit. P: ¿Son las nuevas columnas de centrifugación Monarch® mejoradas (NEB n.° T2037) compatibles con el sistema QIAcube®? R: Las nuevas columnas de centrifugación y tubos de recolección Monarch están diseñados para garantizar una purificación de ácidos nucleicos de alta calidad. Presentan un bajo volumen de elución, no retienen el tampón y reducen el uso de plástico. Sin embargo, estas nuevas columnas no son compatibles con el sistema QIAcube. P: ¿Puedo usar los kits de limpieza de ARN Monarch Spin para limpiar mi reacción de transcripción in vitro (IVT)? R: Sí, el kit de limpieza de ARN Monarch Spin (50 µg) (NEB n.° T2040) es adecuado para limpiar reacciones de transcripción in vitro donde no se espera que el rendimiento supere los 50 µg. Si se espera que el rendimiento de ARN de una transcripción in vitro supere los 50 µg, recomendamos dividir la reacción entre varias columnas Monarch Spin RNA Cleanup (50 µg) o limpiarla con el kit Monarch Spin RNA Cleanup (500 µg) (NEB n.° T2050), debido a la mayor capacidad de unión del ARN. P: Veo residuos de sílice en mi columna Monarch. ¿Es un problema? R: No, no es un problema. La presencia de residuos o partículas de sílice en la columna de purificación de ácidos nucleicos no afecta la unión ni la pureza de los ácidos nucleicos. Nuestras columnas están diseñadas para retener fibras de sílice, lo que ayuda a garantizar que no terminen en el eluido final. P: ¿Puedo usar el kit de extracción de gel de ADN Monarch Spin (NEB n.° T1120) para cantidades bajas de ADN? R: Sí. El kit de extracción de gel de ADN Monarch Spin (NEB n.° T1120) se puede usar con cantidades de ADN tan bajas como 10 ng. En la sección de protocolos se encuentra disponible un protocolo optimizado para la extracción en gel con bajo consumo. Este método es eficaz para cantidades de ADN de entre 10 ng y 500 ng.