Kit de limpieza de ADN y PCR Monarch® Spin de New England Biolabs, T1130L (5 μg)

Categorías relacionadas PCR y limpieza de ADN,, Aplicaciones de purificación de ácidos nucleicos Preguntas frecuentes sobre purificación de ácidos nucleicos P: ¿Puedo comprar columnas Monarch® y tubos de recolección adicionales para el kit de extracción de gel de ADN MonarchSpin (NEB n.º T1120) y el kit de limpieza de PCR y ADN Monarch Spin (NEB n.º T1130) por separado? R: Sí, las columnas y los tubos de recolección que son compatibles con la extracción de gel de ADN y la limpieza de PCR (NEB n.º T2037L) también se venden por separado. P: ¿Puedo usar agua para eluir el ADN cuando utilizo los kits Monarch®? R: Sí, se puede usar agua para eluir ADN de las columnas Monarch. Para una máxima eficiencia de elución, asegúrese de que el agua esté libre de nucleasas. Si va a almacenar el ADN a largo plazo, recomendamos usar el tampón Monarch EY (tampón de elución de ADN) suministrado, que contiene 0,1 mM de EDTA. P: ¿Cuál es el volumen mínimo de tampón de elución que se puede usar con las columnas Monarch® Spin Columns S1A (NEB n.° T2037)? R: El rango óptimo de volumen de elución es de 5 a 20 μl de tampón de elución. P: ¿Cuál es la composición de cada tampón incluido en el kit Monarch® PCR & DNA Cleanup (5 μg) (NEB n.° T1130)? R: La composición de los tampones es exclusiva. Sin embargo, podemos compartir la siguiente información: Tampón Monarch BZ: tampón de unión a base de guanidina e isopropanol. Tampón Monarch WZ: tampón de lavado a base de etanol. Tampón Monarch EY: tampón de elución de Tris 10 mM, EDTA 0,1 mM, pH 8,5. P: ¿Cuál es la capacidad máxima de unión de las columnas Monarch® Spin Columns S1A incluidas en el kit Monarch Spin PCR & DNA Cleanup (5 μg) (NEB n.° T1130)? R: La matriz suministrada en cada columna puede unir hasta 5 μg de ADN. La purificación de ADN mediante PCR u otra reacción enzimática introduce componentes como detergentes, colorantes, proteínas y nucleótidos, que pueden competir por la unión a la membrana y afectar la recuperación del ADN. P: ¿Qué factores afectan la relación (A260/230) al utilizar el kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (NEB n.° T1130)? R: La guanidina y el etanol, ambos introducidos durante la preparación, pueden reducir la relación A260/A230. Seguir el protocolo garantizará la eliminación de estos componentes. Además, aunque es poco probable, pueden eluirse algunas partículas, lo que también puede afectar la relación. En este caso, una centrifugación adicional de 15 segundos del ADN eluido antes de la evaluación por espectrometría (Nanodrop®) debería ser útil. Retirar la muestra de ADN de la parte superior de la muestra puede ayudar a evitar la transferencia de partículas. P: ¿Qué tamaño de cebadores se pueden eliminar eficazmente de una reacción de PCR con el kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (NEB n.° T1130)? R: Los cebadores de hasta 45 nucleótidos se eliminan con mayor eficacia utilizando las condiciones estándar recomendadas en el kit. También se pueden eliminar cebadores más largos, pero cualquier estructura secundaria o complementariedad con otras especies de ADN en la mezcla puede aumentar la unión inicial a la matriz y resultar en la recuperación de trazas. P: ¿Se puede utilizar el kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (5 μg) (NEB n.° T1130) para purificar ARN? R: El ARN se une a la columna Monarch Spin S1A, pero los tampones y el protocolo no se han optimizado para garantizar una recuperación fiable y sin ARNasa. Por lo tanto, no recomendamos utilizar este kit para purificar ARN. NEB ofrece tres kits diseñados específicamente para la limpieza y concentración de muestras de ARN (NEB n.° T2030, T2040 y T2050). P: ¿Tienen alguna recomendación para la purificación de ADN monocatenario (ssDNA) con el kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (NEB #T1130)? R: El kit Monarch Spin PCR & DNA Cleanup (5 μg) se puede utilizar para purificar ssDNA de reacciones enzimáticas, así como para la limpieza general y la eliminación de posibles inhibidores de la PCR. El ssDNA se une con menor fuerza que el dsDNA, y la fuerza de la unión se verá afectada por la longitud, la secuencia y la formación de cualquier estructura secundaria. Para ssDNA < 200 nt, recomendamos utilizar el protocolo de limpieza de oligonucleótidos incluido en el kit, optimizado para recuperar ADN más corto. Si bien el kit Monarch Spin PCR & DNA Cleanup (5 μg) funciona bien con ssDNA, es difícil predecir su eficiencia de recuperación. Por lo tanto, recomendamos realizar una prueba de recuperación con el ADN de interés antes de utilizar la muestra completa. P: ¿Son las columnas del kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (5 μg) (NEB n.° T1130) las mismas que las del kit Monarch Spin DNA Gel Extraction (NEB n.° T1120)? R: Sí, ambos kits utilizan la misma columna de elución de bajo volumen para garantizar una limpieza y concentración óptimas de las muestras. Las columnas Monarch Spin S1A y los tubos también se pueden adquirir por separado (NEB n.° T2037L). P: ¿Qué tamaño de ADN se puede purificar con las columnas Monarch® Spin S1A (NEB n.° T2037)? R: La recuperación de ADN de 50 pb a 25 kb se puede lograr con las columnas Monarch Spin S1A, incluidas tanto en el kit Monarch Spin DNA Gel Extraction (NEB n.° T1120) como en el kit Monarch Spin PCR & DNA Cleanup (5 µg) (NEB n.° T1130). La eficiencia disminuye con ADN más largo debido a una unión más estrecha a la matriz. La recuperación de ADN ≥ 15 kb se puede mejorar modificando el método de elución, utilizando un tampón de elución calentado (50 °C) y ampliando los tiempos de incubación. Para una recuperación óptima de fragmentos grandes de ADN, siga las instrucciones del manual. P: ¿Son compatibles las columnas Monarch® Spin Columns S1A (NEB n.° T2037) con los colectores de vacío? R: Hemos comprobado la compatibilidad de las columnas Monarch de los siguientes kits Monarch para su uso con colectores de vacío de sobremesa comunes: Kit de extracción de gel de ADN (NEB n.° T1020 y T1120), Kit de limpieza de PCR y ADN (NEB n.° T1030 y T1130) y Kits de limpieza de ARN (NEB n.° T2030). Consulte los protocolos que utilizan colectores de vacío que se proporcionan en el manual. Los colectores de vacío se pueden utilizar con otras columnas Monarch, pero pueden requerir optimización o tiempo adicional para que el líquido fluya completamente. P: ¿Puedo usar el kit Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup (NEB #T1130) para purificar oligonucleótidos y otros fragmentos de ADN? R: Sí. Una simple modificación del protocolo, añadiendo etanol a la muestra antes de la unión, aumenta la eficiencia de unión del ADN pequeño a la matriz, lo que permite que los oligonucleótidos y el dsADN corto se unan a la columna. Consulte el protocolo de limpieza de oligonucleótidos. P: ¿Son compatibles los componentes de la versión anterior del kit Monarch® PCR & DNA Cleanup (NEB #T1030) con la nueva versión? ¿Puedo usar los tampones #T1030 en las nuevas columnas Monarch Spin S1A (NEB #T2037) o viceversa? R: Sí, aunque la nueva versión del kit Monarch Spin PCR & DNA Cleanup (NEB #T1130) se ha desarrollado con mejoras de rendimiento, los tampones del kit de la versión anterior son compatibles. El uso del kit con otros tampones Monarch de versiones anteriores seguirá generando ADN purificado de alta calidad, adecuado para diversas aplicaciones posteriores. Sin embargo, puede haber variaciones de hasta un 20% en el rendimiento en algunos casos cuando no se utilizan los tampones compatibles suministrados dentro de un kit. P: ¿Son las nuevas columnas de centrifugación Monarch® mejoradas (NEB n.º T2037) compatibles con el sistema QIAcube®? R: Las nuevas columnas de centrifugación Monarch y los tubos de recolección están diseñados para garantizar una purificación de ácidos nucleicos de alta calidad. Presentan un bajo volumen de elución, no retienen el tampón y reducen el uso de plástico. Sin embargo, estas nuevas columnas no son compatibles con el sistema QIAcube. P: Veo algunos residuos de sílice en mi columna Monarch. ¿Es esto un problema? R: No, esto no es un problema. La presencia de algunos residuos o partículas de sílice en la columna de purificación de ácidos nucleicos no afecta la unión ni la pureza de los ácidos nucleicos. Nuestras columnas están diseñadas para retener fibras de sílice, lo que ayuda a garantizar que no terminen en el eluido final.