Qiagen, 1027411, ARNi FlexiPlate, 0,1 nmol

Conjunto de ARNi personalizado en formato de placa de 96 pocillos, 0,1 nmol

Características

- Máxima flexibilidad para seleccionar ARNi, escalas y diseño de placas.
- Las opciones económicas permiten la detección de más genes objetivo
- Acceso rápido y sencillo a través de GeneGlobe
- El diseño de ARNi de vanguardia minimiza el riesgo de efectos no deseados
- La entrega rápida permite realizar pruebas sin demora

Detalles del producto

FlexiPlate siRNA ofrece un cribado de ARNi altamente flexible y está disponible en escalas de 0,1 nmol, 0,25 nmol y 1 nmol en placas de 96 pocillos, y en escalas de 0,1 nmol y 0,25 nmol en placas de 384 pocillos para una selección de genes diana. Para una máxima flexibilidad, se pueden seleccionar los siRNA y especificar el diseño de la placa en el portal web GeneGlobe. También se encuentran disponibles listas de siRNA preseleccionados para numerosas familias de genes. Los siRNA se han diseñado utilizando HP OnGuard siRNA Design, que incorpora tecnología de redes neuronales, análisis de homología patentado y funciones avanzadas, como análisis de la región 3' UTR/semilla, asimetría, evitación de SNP y evitación de motivos de interferón.

Nota: QIAGEN no proporciona ARNi FlexiPlate en grupos.

Actuación

Característica: Descripción
Tecnología de red neuronal: el diseño de ARNi utiliza la red neuronal BioPredsi, que se basa en un conjunto de datos de ARNi extremadamente grande.
El mayor proyecto de validación de ARNip del mundo: El proceso de diseño se reforzó y mejoró gracias a los datos de este proyecto, en el que científicos de QIAGEN demostraron la eficacia de miles de ARNip. Se ha demostrado que un gran número de ARNip genómicos farmacológicos proporcionan una reducción de al menos el 70 % durante este proyecto.
Análisis de homología: el análisis utiliza una herramienta propia y una base de datos de secuencias actualizada y no redundante.
Análisis GeneChip de Affymetrix: el análisis de todo el genoma permitió el desarrollo de mejoras en el diseño de ARNi que minimizan los efectos fuera del objetivo.
Secuencias objetivo de ARNi actualizadas: los datos actuales de las bases de datos del NCBI garantizan un diseño preciso.
Asimetría: Los ARNip están diseñados con estabilidades desiguales de los pares de bases en los extremos 5'. Esto permite que la hebra antisentido, cuya unión en su extremo 5' es menos firme, entre en el RISC, mientras que la hebra sentido se degrada. La asimetría produce ARNip altamente funcionales y reduce el riesgo de efectos no deseados causados ​​por la entrada de la hebra incorrecta en el RISC.
Análisis de la región semilla/UTR 3': el análisis utiliza búsquedas multiparamétricas inteligentemente ponderadas para coincidencias de la región semilla de la cadena antisentido de ARNi con la región no traducida 3' de objetivos de ARNm no deseados (consulte el texto para obtener más explicaciones).
Evitación de SNP: La base de datos RefSNP se utiliza para excluir ARNip que abarcan polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). Esto aumenta la potencia del ARNip, ya que un ARNip que abarca un SNP varía en su eficacia.
Evitación de motivos de interferón: los ARNi se examinan en busca de múltiples motivos de secuencia que se sabe que dan lugar a una respuesta de interferón. Los ARNi con dichos motivos son rechazados.

Diseño de ARNi de vanguardia

Los avances en el proceso de diseño de ARNip garantizan que el innovador y sofisticado sistema HP OnGuard siRNA Design de QIAGEN proporcione ARNip potentes y específicos. Los ARNip se diseñan mediante tecnología de redes neuronales basada en un conjunto extremadamente amplio de datos procedentes de experimentos de ARNi. Posteriormente, se verifica la homología del diseño de ARNip con todas las demás secuencias del genoma mediante una base de datos de secuencias actualizada y sin redundancia, y una herramienta de análisis de homología propia. HP OnGuard siRNA Design incorpora numerosas funciones únicas y avanzadas (véase la tabla).

Análisis de la región 3' UTR/semilla

Varios estudios han demostrado que los efectos fuera del objetivo pueden deberse a coincidencias entre la región semilla de la cadena antisentido del ARNi y la región 3' no traducida de dianas de ARNm no deseadas (véase la tabla). La región semilla comprende 6 nucleótidos en las posiciones 2-7 de la cadena antisentido del ARNi del dúplex de ARNi. Coincidencias como estas pueden contribuir a la regulación negativa de dianas no deseadas debido a que el ARNi imita la acción de un miARN. El ARNi diseñado en QIAGEN se analiza para determinar la complementariedad entre la región 3' UTR y la región semilla utilizando un conjunto patentado de secuencias 3' UTR derivadas de las bases de datos RefSeq de humanos, ratas y ratones. Cada ARNi se alinea con estas secuencias para comprobar si existe homología que pueda contribuir a efectos fuera del objetivo similares a los de los miARN.

Las coincidencias de 6 de los 6 nucleótidos de la región semilla del ARNip con una secuencia 3' UTR diana no relacionada son comunes, y no es necesario ni práctico eliminar los ARNip que presentan dichas coincidencias. Con menos frecuencia, se observan coincidencias de la región semilla junto con 10 o más bases de homología adicional en una secuencia de ARNip. Estas homologías tienen mayor potencial de producir efectos fuera de la diana, y, siempre que sea posible, estos ARNip se rechazan en favor de otros con homología menos significativa con genes diana no deseados.

Para algunas dianas, no es posible seleccionar ARNip que no presenten homologías de este tipo. En estos casos, GeneGlobe proporciona los identificadores de EntrezGene de los genes no relacionados que podrían ser dianas no deseadas del ARNip. La observación de este tipo de homología no implica necesariamente que estos genes se vean afectados por el ARNip. Sin embargo, pueden considerarse posibles dianas no deseadas para análisis de seguimiento, si se justifica.

Principio

FlexiPlate siRNA permite diseñar experimentos de cribado de ARNi que se ajusten a requisitos específicos. Se pueden seleccionar siRNA para cualquier gen humano o murino, así como los controles positivos y negativos necesarios. Gracias a su intuitiva interfaz web, los siRNA y los controles se pueden colocar en cualquier pocillo de una placa de 96 o 384 pocillos, o bien, se puede seleccionar la disposición de la placa entre una gama de patrones predefinidos. Los siRNA se suministran en escalas de 0,1 nmol, 0,25 nmol o 1 nmol, lo que permite un cribado económico con cantidades bajas o altas de siRNA, según sea necesario. Las escalas de 0,1 nmol, 0,25 nmol y 1 nmol están disponibles en placas de 96 pocillos. Las escalas de 0,1 nmol y 0,25 nmol están disponibles en placas de 384 pocillos.

Procedimiento

El portal web GeneGlobe facilita la búsqueda de ARNip para genes de interés y la organización de las placas para experimentos de cribado. Se pueden cargar listas de nombres de genes, ID de genes Entrez, ID de RefSeq, nombres de ARNip o números de catálogo, lo que agiliza y simplifica el proceso de solicitud de placas. Solicite placas inmediatamente o guárdelas para modificarlas y solicitarlas posteriormente. Descargue fácilmente las placas para sus registros.

Aplicaciones

- Análisis de vías
- Experimentos de seguimiento de detección

FlexiPlate siRNA permite aplicaciones de ARNi, entre ellas: