Qiagen, 1027417, ARNip FlexiTube (5 nmol)

5 nmol de ARNi suministrado en tubos

Características

- El ARNi rentable permite el análisis de más genes
- Soluciones óptimas para cada gen
- El diseño innovador minimiza el riesgo de efectos fuera del objetivo.
- Fácil de buscar y pedir siRNA en GeneGlobe

Detalles del producto

Hay dos productos FlexiTube disponibles: FlexiTube siRNA y FlexiTube GeneSolution. FlexiTube siRNA es una solución rentable para el análisis de ARNi de pequeñas cantidades de genes. Los siRNA se suministran en cantidades de 5 o 20 nmol para genes humanos, murinos o de rata, o en cantidades económicas de 1 nmol para genes humanos y murinos.

FlexiTube GeneSolution es un paquete específico para cada gen que incluye 4 ARNip preseleccionados (1 nmol) para un gen diana. FlexiTube GeneSolution permite a los investigadores utilizar múltiples ARNip para cada diana, lo que garantiza resultados fiables. FlexiTube siRNA y FlexiTube GeneSolution están diseñados con el innovador diseño de ARNip HP OnGuard y están disponibles en el portal web GeneGlobe de QIAGEN.

Actuación

Característica: Descripción
Tecnología de red neuronal: el diseño de ARNi utiliza la red neuronal BioPredsi, que se basa en un conjunto de datos de ARNi extremadamente grande.
El mayor proyecto de validación de ARNip del mundo: El proceso de diseño se reforzó y mejoró con los datos de este proyecto, en el que científicos de QIAGEN demostraron la eficacia de miles de ARNip. Se ha demostrado que un gran número de ARNip genómicos farmacológicos proporcionan al menos un 70 % de reducción durante este proyecto.
Análisis de homología: el análisis utiliza una herramienta propia y una base de datos de secuencias actualizada y no redundante.
Análisis GeneChip de Affymetrix: el análisis de todo el genoma permitió el desarrollo de mejoras en el diseño de ARNi que minimizan los efectos fuera del objetivo.
Secuencias objetivo de ARNi actualizadas: los datos actuales de las bases de datos del NCBI garantizan un diseño preciso.
Asimetría: Los ARNip están diseñados con estabilidades desiguales de los pares de bases en los extremos 5'. Esto permite que la hebra antisentido, cuya unión en su extremo 5' es menos firme, entre en el RISC, mientras que la hebra sentido se degrada. La asimetría produce ARNip altamente funcionales y reduce el riesgo de efectos no deseados causados ​​por la entrada de la hebra incorrecta en el RISC.
Análisis de la región semilla/UTR 3': el análisis utiliza búsquedas multiparamétricas inteligentemente ponderadas para coincidencias de la región semilla de la cadena antisentido de ARNi con la región no traducida 3' de objetivos de ARNm no deseados (consulte el texto para obtener más explicaciones).
Evitación de SNP: La base de datos RefSNP se utiliza para excluir ARNip que abarcan polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). Esto aumenta la potencia del ARNip, ya que un ARNip que abarca un SNP varía en su eficacia.
Evitación de motivos de interferón: los ARNi se examinan en busca de múltiples motivos de secuencia que se sabe que dan lugar a una respuesta de interferón. Los ARNi con dichos motivos son rechazados.

Garantía de rendimiento

El siRNA FlexiTube incluye una oferta de reemplazo única. Si solicita varios siRNA FlexiTube para el mismo gen diana y al menos dos de ellos no consiguen una inhibición del gen diana superior al 70 %, QIAGEN le proporcionará dos siRNA adicionales sin coste alguno, por única vez. Se le solicitará información que demuestre que el siRNA no logró inhibir el gen diana en al menos un 70 % a nivel de ARNm en condiciones de transfección adecuadas. Esta información debe incluir datos de eficiencia de transfección, datos de silenciamiento cuantitativo y datos que demuestren una inhibición del gen diana superior al 70 % en un control positivo. Esta oferta es válida hasta 6 meses después de la fecha de entrega.

Miles de ARNi verificados experimentalmente

Miles de nuestros ARNip humanos se han verificado experimentalmente mediante análisis de RT-PCR en tiempo real y han demostrado proporcionar al menos un 70 % de silenciamiento. Para estos ARNip verificados, GeneGlobe proporciona detalles experimentales e información sobre el nivel de silenciamiento alcanzado. Estos ARNip verificados experimentalmente son el resultado del mayor proyecto de validación de ARNip del mundo, llevado a cabo por científicos de QIAGEN. Para obtener más información sobre este proyecto, consulte la publicación Krueger, U. et al. (2007) Insights into Effective RNAi Gained from Large-Scale siRNA Validation Screening. Oligonucleotides 17, 237.

Diseño de ARNi de vanguardia

Los avances en el proceso de diseño de ARNip garantizan que el innovador y sofisticado sistema HP OnGuard siRNA Design de QIAGEN proporcione ARNip potentes y específicos. Los ARNip se diseñan mediante tecnología de redes neuronales basada en un conjunto extremadamente amplio de datos procedentes de experimentos de ARNi. Posteriormente, se verifica la homología del diseño de ARNip con todas las demás secuencias del genoma mediante una base de datos de secuencias actualizada y sin redundancia, y una herramienta de análisis de homología propia. HP OnGuard siRNA Design incorpora numerosas funciones únicas y avanzadas (véase la tabla).

Análisis de la región 3' UTR/semilla

Varios estudios han demostrado que los efectos fuera del objetivo pueden deberse a coincidencias entre la región semilla de la cadena antisentido del ARNi y la región 3' no traducida de dianas de ARNm no deseadas (véase la tabla). La región semilla comprende 6 nucleótidos en las posiciones 2-7 de la cadena antisentido del ARNi del dúplex de ARNi. Coincidencias como estas pueden contribuir a la regulación negativa de dianas no deseadas debido a que el ARNi imita la acción de un miARN. El ARNi diseñado en QIAGEN se analiza para determinar la complementariedad entre la región 3' UTR y la región semilla utilizando un conjunto patentado de secuencias 3' UTR derivadas de las bases de datos RefSeq de humanos, ratas y ratones. Cada ARNi se alinea con estas secuencias para comprobar si existe homología que pueda contribuir a efectos fuera del objetivo similares a los de los miARN.

Las coincidencias de 6 de los 6 nucleótidos de la región semilla del ARNip con una secuencia 3' UTR diana no relacionada son comunes, y no es necesario ni práctico eliminar los ARNip que presentan dichas coincidencias. Con menos frecuencia, se observan coincidencias de la región semilla junto con 10 o más bases de homología adicional en una secuencia de ARNip. Estas homologías tienen mayor potencial de producir efectos fuera de la diana, y, siempre que sea posible, estos ARNip se rechazan en favor de otros con homología menos significativa con genes diana no deseados.

Para algunas dianas, no es posible seleccionar ARNip que no presenten homologías de este tipo. En estos casos, GeneGlobe proporciona los identificadores de EntrezGene de los genes no relacionados que podrían ser dianas no deseadas del ARNip. La observación de este tipo de homología no implica necesariamente que estos genes se vean afectados por el ARNip. Sin embargo, pueden considerarse posibles dianas no deseadas para análisis de seguimiento, si se justifica.

Principio

FlexiTube siRNA permite ordenar pequeñas cantidades de siRNA en cantidades rentables de 1 nmol (el pedido mínimo es de 4 siRNA) o en cantidades de 5 nmol y 20 nmol. Los siRNA se proporcionan liofilizados en tubos.

FlexiTube GeneSolution para soluciones óptimas específicas para cada gen

Para una solución de RNAi optimizada para su gen objetivo, simplemente ingrese los detalles de los genes humanos o murinos de interés en el portal web GeneGlobe. Los resultados de la búsqueda mostrarán FlexiTube GeneSolution, que son los 4 siRNA recomendados para cada gen proporcionados en cantidades de 1 nmol. Las pautas publicadas recomiendan experimentos de redundancia para garantizar la precisión en el informe de los resultados de los experimentos de RNAi (Echeverri, CJ et al. (2006) Minimizing the risk of reporting false positives in large-scale RNAi screens. Nat. Methods. 3, 777; Echeverri, CJ y Perrimon, N. (2006) High-throughput RNAi screening in cultured cells: a user's guide. Nature Reviews Genetics 7, 373). Los experimentos de redundancia utilizan varios siRNA distintos que se dirigen a diferentes áreas del mismo ARNm para descartar efectos fuera del objetivo. Un fenotipo fuera de objetivo se induce mediante el patrón específico de transcripciones silenciadas cruzadamente de un ARNip. Dado que este se deriva directamente de la secuencia del ARNip, es muy improbable que varios ARNip con diferentes secuencias compartan los mismos efectos fuera de objetivo derivados de la secuencia. Confirmar un fenotipo con varios ARNip distintos es una forma fácil y convincente de demostrar la especificidad del ARNip. FlexiPlate GeneSolutions permite realizar experimentos redundantes para genes humanos y murinos. QIAGEN recomienda ARNip para cada gen, de modo que la solución óptima para sus experimentos esté a su alcance.

Se proporciona información completa sobre la secuencia de ARNi

Todos los ARNip se proporcionan con la información de su secuencia sin coste adicional. La divulgación completa de la secuencia proporciona información para el análisis de resultados experimentales y la verificación del silenciamiento. Las secuencias de ARNip pueden incluirse en publicaciones de investigación, si es necesario.

Opciones de modificación

Los ARNi FlexiTube en cantidades de 20 nmol están disponibles con etiquetas, incluidos Alexa Fluor, fluoresceína, rodamina, colorantes Cy3 y Cy5, u opciones de modificación como enlaces amino, enlaces tio y modificaciones de fosfato.

Procedimiento

Recomendamos el reactivo de transfección HiPerFect para la transfección de ARNi de bajo rendimiento y el reactivo HiPerFect HTS para la transfección de ARNi de alto rendimiento.

Aplicaciones

FlexiTube siRNA y FlexiTube GeneSolution son ideales para la genómica funcional o el análisis de vías con pequeñas cantidades de objetivos genéticos.