Qiagen, 180025, Kit todo en uno QIAseq cfDNA (96)

Para 96 ​​reacciones en secuenciadores Illumina®: Minicolumnas QIAamp, tubos, reactivos y tampones para la extracción de ADNc para NGS. Enzimas y tampones para la preparación de bibliotecas de ADNc, placa adaptadora Illumina 96-plex, cebador de amplificación de bibliotecas Illumina y mezcla maestra para PCR.

Características

- Conversión óptima de cfDNA en cada paso desde el plasma a la biblioteca NGS a través de una química de ligadura altamente eficiente
- Pase directamente del eluyente a la preparación de la biblioteca sin cuantificación utilizando un protocolo que admite la gama más amplia de entrada de cfDNA (1–100 ng)
- Generar bibliotecas libres de PCR a partir de 10 ng de cfDNA
- Minimizar el sesgo de PCR mediante el uso de reactivos de amplificación de alta fidelidad
- Reduzca el riesgo de contaminación cruzada con adaptadores basados ​​en placas pre-dispensados ​​para hasta 96 muestras/ejecución NGS

Detalles del producto

Los kits todo en uno QIAseq cfDNA ofrecen una solución optimizada para el análisis de cfDNA con cualquier plataforma NGS de Illumina o Ion Torrent. Los kits permiten una conversión óptima de cfDNA en cada paso, desde el plasma hasta la biblioteca NGS, y permiten la detección precisa incluso de las variantes más raras, lo que le proporciona la máxima confianza en sus resultados.

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Actuación

Diseñado para cfDNA

El protocolo QIAseq cfDNA All-in-One está especialmente optimizado para cfDNA y genera bibliotecas de NGS listas para secuenciador a partir de plasma en menos de 3 h (véase la figura "Diseñado para cualquier investigación de cfDNA basada en NGS"). Combina de forma única la extracción de cfDNA del plasma con la preparación química de la biblioteca, evitando la pérdida de muestras y garantizando una conversión óptima de las mismas en cada paso. Esto da como resultado una cobertura muy uniforme del genoma completo o del exoma completo (véase la figura "Cobertura altamente uniforme").

Tasa de conversión óptima de cfDNA a biblioteca NGS

Las químicas de ligadura de adaptadores de alta eficiencia del kit QIAseq cfDNA All-in-One ofrecen tasas de conversión de cfDNA superiores a las de otros proveedores (véase la figura "Tasa de conversión superior de moléculas de cfDNA a la biblioteca NGS"). Esto permite una detección altamente sensible de mutaciones de fracciones alélicas de hasta el 1 % (véase la figura "Detección fiable de variantes muy raras"), lo que permite identificar incluso las variantes más raras y garantizar la fiabilidad de los hallazgos de cfDNA.

Sesgo mínimo mediante la amplificación de la biblioteca de PCR

Las formulaciones enzimáticas y los tampones optimizados para cfDNA producen concentraciones de biblioteca suficientes y permiten la preparación sin PCR de bibliotecas NGS que son compatibles con los secuenciadores Illumina a partir de solo 10 ng de cfDNA aislado (consulte la figura "Bajas tasas de error y alta precisión en flujos de trabajo con y sin PCR". Si comienza con menos de 10 ng de cfDNA, las bibliotecas se pueden amplificar utilizando la mezcla maestra HiFi PCR, una mezcla maestra de alta fidelidad que minimiza el sesgo de PCR, también incluida en el kit. Para la preparación de la biblioteca para los secuenciadores Ion Torrent, recomendamos la amplificación de la biblioteca utilizando la mezcla maestra HiFi PCR (incluida en el kit) antes de la secuenciación, independientemente de la cantidad de entrada de muestra para enriquecer las moléculas de la biblioteca ligadas al adaptador correctas.

Flexibilidad con el método de extracción de cfDNA sin pérdida de muestras ni reducción en la calidad de los datos

El kit todo en uno QIAseq cfDNA utiliza las minicolumnas QIAamp para la extracción manual de cfDNA. Diseñado para laboratorios de alto rendimiento, el kit de biblioteca QIAseq cfDNA ofrece química de preparación de bibliotecas de cfDNA independiente para soluciones de extracción automatizada. Sin comprometer el rendimiento de la biblioteca ni la calidad de los datos, los laboratorios pueden realizar la transición de la extracción manual a la automatizada de cfDNA o viceversa (véase la figura "Resultados equivalentes con extracción manual y automatizada").

Principio

Especialmente desarrollado y optimizado para muestras de ADNcf, el kit QIAseq cfDNA All-in-One es una solución única para biopsias líquidas basadas en NGS. Al combinar la extracción de ADNcf y la preparación de la biblioteca, el kit QIAseq cfDNA All-in-One garantiza una conversión óptima de la muestra para maximizar el rendimiento de los datos y la fiabilidad de los resultados. Las tecnologías de extracción QIAGEN, líderes en el mercado, garantizan un aislamiento altamente selectivo del ADNcf del plasma. La alta eficiencia de ligadura de adaptadores garantiza tasas de conversión máximas de la muestra a la biblioteca NGS y permite flujos de trabajo sin PCR desde tan solo 10 ng de ADNcf (secuenciadores Illumina).

Procedimiento

El flujo de trabajo todo en uno de QIAseq cfDNA consta de dos pasos principales: extracción de cfDNA del plasma y preparación de la biblioteca para NGS.

extracción de cfDNA

El kit de extracción de cfDNA QIAseq utiliza las minicolumnas QIAamp para aislar cfDNA de hasta 5 ml de plasma. El protocolo está especialmente optimizado para NGS en cuanto a la sensibilidad requerida para la detección de variantes. Tras los pasos típicos de "lisar, unir, lavar y eluir", el cfDNA se libera primero de las histonas y se une selectivamente a la membrana de sílice. Otros contaminantes, inhibidores y proteínas del plasma se eliminan por lavado. En el paso final, el cfDNA se libera de la membrana y se eluye en un tampón incluido en el kit. Dado que el cfDNA suele tener un tamaño aproximado de 170 pb, no es necesaria la fragmentación previa a la preparación de la biblioteca. El cfDNA de 1 a 100 ng en hasta 43 µl o 56,5 µl de eluyente se puede utilizar directamente para la preparación de bibliotecas con Illumina o Ion Torrent, respectivamente.

Preparación de bibliotecas para secuenciadores Illumina

La preparación de bibliotecas para secuenciadores Illumina sigue un procedimiento sencillo de un solo tubo y dos pasos. En el primer paso, se reparan los extremos del ADNcf y se les añade una cola A en el extremo 3'. Esto permite la ligación de adaptadores de secuenciación específicos de Illumina en el segundo paso. Los adaptadores de secuenciación incluidos en el kit QIAseq cfDNA All-in-One tienen doble código de barras y se suministran en una placa sellada de 96 pocillos. Esto permite la multiplexación de hasta 96 muestras diferentes en una sola secuenciación. Se pueden amplificar cantidades muy limitadas de ADNcf de entrada, inferiores a 10 ng, utilizando la mezcla maestra de PCR de alta fidelidad incluida en el kit.

Preparación de bibliotecas para secuenciadores Ion Torrent

La preparación de bibliotecas para secuenciadores Ion Torrent utiliza una reacción patentada "todo en uno" que combina el pulido de extremos y la ligadura de adaptadores. La reparación de extremos y la ligadura de adaptadores se realizan en un solo paso en un solo tubo. Los adaptadores de secuenciación QIAseq incluidos en el kit se disuelven en tampón dúplex y están listos para usar. Cada pocillo de la placa de un solo uso de 24 plex contiene mezclas equimolares de adaptadores de código de barras universales e individuales. Esto permite multiplexar hasta 24 muestras diferentes en una sola secuenciación. Solo los adaptadores incluidos en el kit son compatibles con la innovadora reacción "todo en uno" de reparación y ligadura de extremos. El kit también contiene reactivos de amplificación de alta fidelidad y cebadores específicos para secuenciadores Ion Torrent que permiten enriquecer las moléculas de ADN libre ligadas a adaptadores.

Aplicaciones

El kit completo QIAseq cfDNA se puede utilizar para cualquier aplicación de cfDNA basada en NGS. Genera bibliotecas NGS a partir de plasma para cualquier aplicación de secuenciación de genoma completo o captura híbrida, por lo que es ideal para la investigación de descubrimiento de biomarcadores, la monitorización de terapias contra el cáncer o las pruebas prenatales no invasivas.