Qiagen, 180450, Kit de liberación de ARN trenzado QIAseq UDI (24)

Para reacciones de preparación de bibliotecas de secuenciación de ARN-seq de 24 cadenas: tampones y reactivos para fragmentación, transcripción inversa, síntesis de segunda cadena + reparación de extremos + adición de A, ligadura de adaptadores, enriquecimiento de PCR CleanStart y QIAseq Beads; para limpiezas de bibliotecas para usar con instrumentos Illumina; incluye una placa de 96 pocillos que contiene 24 adaptadores con diferentes códigos de barras (sello de aluminio perforable que permite el uso de partes definidas de la placa)
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Características

- Bibliotecas de secuenciación de ARN de alta calidad y en cadena para el análisis del transcriptoma
- Solo se requieren entre 100 y 5000 ng de ARN total o entre 1 y 100 ng de ARN enriquecido con poli-A+
- Incluye perlas QIAseq y placas adaptadoras de muestra
- Compatible con muestras frescas y FFPE
- Incluye acceso al Portal de análisis de ARN-seq para muestras humanas, de ratón y de rata

Detalles del producto

Los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq ofrecen un método superior para generar bibliotecas de ARN-seq compatibles con Illumina a partir de muestras enriquecidas con ARN total o ARNm. Para aplicaciones como la expresión génica, la detección de genes de fusión o mutaciones, los kits QIAseq de ARN monocatenario Select incluyen un protocolo optimizado de enriquecimiento de ARNm con todos los reactivos y componentes necesarios para crear bibliotecas de ARN-seq de alta calidad. Los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq utilizan un protocolo único que no requiere actinomicina D para conservar la especificidad de la cadena ni dUTP para asegurar la construcción de bibliotecas monocatenarias, lo que garantiza una detección altamente sensible de moléculas de ARN de baja expresión con mayor complejidad y cobertura de transcripción. Los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq utilizan la mezcla maestra CleanStart HiFi PCR para garantizar la amplificación de alta fidelidad de las bibliotecas y protegerlas de la contaminación por PCR. La mezcla maestra CleanStart HiFi PCR se incluye en cada kit o puede utilizarse por separado con otros métodos de preparación de bibliotecas.

Analice datos de secuenciación de ARN hebra con facilidad utilizando el portal de análisis de secuenciación de ARN integrado en GeneGlobe: una solución de análisis de datos intuitiva basada en la web creada para biólogos e incluida en los kits de biblioteca de ARN hebra QIAseq.

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Para la eliminación de ARNr y ARNm de globina en un solo paso en solo 20 minutos, utilice los kits QIAseq FastSelect –rRNA HMR.

Actuación

Experimento QIAseq 1: Experimento QIAseq 2
Lecturas mapeadas en pares: 91,86%
Lecturas mapeadas en pares rotos: 4,84%
Lecturas no mapeadas: 3,29%
Total: 100

Experimento QIAseq 1: Experimento QIAseq 2
Lecturas mapeadas de forma única: 92,02%
Lecturas asignadas a múltiples loci: 4,51 %
Lecturas asignadas a demasiados loci: 0,05 %
Lecturas mapeadas: Demasiado cortas: 3,38%
Lecturas mapeadas: Otras: 0,04%
Total: 100

Los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq ofrecen un método superior para generar bibliotecas de ARN-seq de alta calidad, compatibles con secuenciadores Illumina, en tan solo 4-5 horas (véanse las figuras "Preparación de bibliotecas de ARN monocatenario en 1 día" y "Perfiles de transcripción reproducibles con diferentes cantidades de ARN de entrada"). En comparación con los kits de otros proveedores, los kits QIAseq garantizan una alta complejidad de la biblioteca con bajas tasas de duplicación, así como un alto rendimiento de las bibliotecas (véase la figura "Alta complejidad de la biblioteca y bajas tasas de duplicación"). Al utilizar el protocolo de enriquecimiento de ARNm QIAseq, altamente optimizado, más del 96 % de las lecturas se asignan a regiones codificantes de proteínas, lo que indica la alta eficiencia y especificidad de los pasos de enriquecimiento de ARNm y construcción de la biblioteca con QIAseq (véase la figura "Distribución del biotipo de ARN: Alta eficiencia del protocolo de enriquecimiento de ARNm"). Se generan datos de secuenciación de ARN de alta calidad, incluso a partir de muestras FFPE altamente degradadas (consulte la figura "Datos de secuenciación de ARN de ARN altamente degradado").

Mapeo de alta calidad con diferentes canales de análisis de datos

Los kits de biblioteca de ARN trenzado QIAseq garantizan altas tasas de lecturas mapeadas de forma única, lo que le permite optimizar la cantidad de lecturas que puede usar para su análisis de datos NGS posterior y ayuda a ahorrar tiempo y costos (consulte las tablas a continuación).

Límite inferior de detección (LoD) superior

Los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq muestran una alta sensibilidad para la detección de transcripciones de baja abundancia. Incluso cantidades mínimas de moléculas de ARN generan suficientes lecturas de NGS, lo que garantiza una identificación precisa de las transcripciones de genes de baja expresión.

Alta complejidad de biblioteca con bajas tasas de duplicación

Una enzimología altamente optimizada con protocolos optimizados da como resultado bibliotecas de ARN-seq de alta complejidad y mínima duplicación. Esto garantiza que los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq proporcionen la máxima cantidad de datos de cada muestra, incluso al comenzar con bajas cantidades de ARN.

La nueva fórmula CleanStart PCR elimina activamente los contaminantes

El paso de enriquecimiento por PCR CleanStart utiliza una ADN polimerasa de alta fidelidad para garantizar una amplificación precisa de su biblioteca de ARN-seq, al mismo tiempo que proporciona un método integrado para eliminar la contaminación por PCR.

Principio

Los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq permiten la construcción rápida, eficiente y precisa de bibliotecas NGS, no solo a partir de ARNm de alta calidad, sino también de ARN total fragmentado de baja calidad de diversos orígenes. Tras un paso opcional de fragmentación del ARN, el paso de transcripción inversa genera la primera cadena de ADNc. La especificidad de la cadena está garantizada gracias a las combinaciones optimizadas de enzima RT y tampón que ofrecen los kits de bibliotecas de ARN monocatenario QIAseq, lo que elimina la necesidad de utilizar reactivos tóxicos como la actinomicina D. En el paso de síntesis de la segunda cadena, una combinación especial de enzimas con formulaciones de tampón cuidadosamente adaptadas permite la degradación del ARN, la generación de una segunda cadena de ADNc y la generación de extremos romos de ADN, así como la adición de bases A, necesarias para la ligadura eficiente de los adaptadores compatibles con Illumina. El paso especial de ligadura específica de la cadena del protocolo del kit de ARN monocatenario QIAseq garantiza la especificidad de la cadena sin necesidad de reactivos adicionales ni de pasos de protocolo laboriosos y prolongados. Las placas adaptadoras incluidas con tecnología de doble índice permiten secuenciar múltiples muestras (hasta 96). La mezcla de PCR CleanStart amplifica eficazmente la biblioteca de ARN-seq generada, independientemente de las secuencias de GC o AT altas, y también degenera el material contaminante, como las bibliotecas de NGS generadas previamente. Las perlas paramagnéticas QIAseq incluidas en los kits permiten una limpieza rápida y eficiente de la reacción entre los pasos del protocolo. Se pueden generar bibliotecas de ARN-seq de alta calidad en tan solo 4-5 horas.

Procedimiento

Fragmentación del ARN y transcripción inversa

La fragmentación del ARN con el tampón de transcripción inversa garantiza la generación de bibliotecas de ARN con tamaños de inserto óptimos. El tamaño de los fragmentos se puede adaptar mediante tiempos de incubación más cortos o más largos. El protocolo también permite el uso de ARN de entrada ya fragmentado, así como ARN FFPE de baja calidad y altamente degradado. En la etapa de transcripción inversa, las formulaciones optimizadas de la enzima RT y del tampón garantizan la especificidad de la cadena durante la generación del ADNc. No se requieren reactivos tóxicos como la actinomicina D, que afecta negativamente la eficiencia de la transcripción inversa.

Síntesis de segunda cadena / reparación de extremos / adición de A

La mezcla enzimática y la formulación del tampón están optimizadas para completar la síntesis de la segunda cadena, la reparación de los extremos y la adición de A en un tiempo muy breve. Primero, se degradan las moléculas de ARN. A continuación, se utilizan moléculas de ADNc como moldes para generar una segunda cadena de ADNc. A continuación, se genera ADN bicatenario romo. Finalmente, se añade un nucleótido A al extremo 5' del ADNc. La modificación de dexonucleótidos, necesaria con el método dUTP, no es necesaria, lo que garantiza una eficiencia óptima en la generación de ADNc.

Ligadura de adaptador compatible con Illumina

La ligadura específica de cadena de adaptadores compatibles con Illumina permite la generación rápida y eficiente de bibliotecas de secuenciación de ARN con ADNc preparado en el paso previo de preparación de la biblioteca. La información del origen de la cadena del ARN inicial se puede conservar sin reactivos adicionales, nucleótidos modificados ni pasos de protocolo. Las placas adaptadoras incluidas, listas para usar, permiten la secuenciación de hasta 96 muestras diferentes mediante la combinación de un código de barras único de 8 nucleótidos (i5 e i7).

Enriquecimiento de PCR CleanStart

La mezcla para PCR CleanStart, patentada por QIAGEN, amplifica de forma eficiente y uniforme la biblioteca de ARN-seq, independientemente del contenido de G/C de la plantilla, a la vez que protege contra la contaminación por PCR. La combinación de una formulación optimizada del tampón y una enzima polimerasa Hotstart HiFi garantiza bajas tasas de mutación y una alta procesividad para el enriquecimiento de una biblioteca de ARN-seq. El paso de descontaminación CleanStart permite eliminar material contaminante, como bibliotecas NGS previamente generadas, para maximizar la pureza de la muestra.

Aplicaciones

Los kits de bibliotecas de ARN de cadena QIAseq generan bibliotecas de secuenciación de ARN a partir de bajas cantidades de ARN de diversos orígenes y especies. Las bibliotecas de secuenciación de nueva generación (NGS) resultantes, altamente complejas y específicas de cadena, en combinación con las propiedades descontaminantes de la mezcla de PCR CleanStart, permiten el análisis de incluso transcripciones de baja abundancia con alta sensibilidad. El protocolo optimizado de 4 a 5 horas permite la generación de bibliotecas de NGS, las mediciones de control de calidad de las bibliotecas y el inicio de una secuenciación de NGS en tan solo un día laborable.