Qiagen, 180455, Kit de amplificación de ADN GeneRead I (100)

Para 100 reacciones: mezcla maestra de amplificación de biblioteca y mezcla de cebadores listas para usar, para usar con instrumentos Illumina

Características

- Procedimiento rápido de un solo tubo que permite un ahorro de tiempo de hasta el 50%
- Altos rendimientos a partir de cantidades mínimas de material de partida.
- Amplificación imparcial con un paso de amplificación opcional de alta fidelidad
- Multiplexación, capacidad de alto rendimiento

Actuación

Altos rendimientos de ADN de biblioteca con distribución de cobertura uniforme

Los kits de preparación de bibliotecas GeneRead ofrecen un flujo de trabajo eficiente y optimizado para generar de forma reproducible altos rendimientos de biblioteca de ADN, con un sesgo de secuencia mínimo y bajas tasas de error, para su uso en plataformas NGS de Illumina o el instrumento Ion Torrent de Life Technologies. Las reacciones de ligación de alta eficiencia y un paso de amplificación opcional de alta fidelidad garantizan rendimientos superiores de la biblioteca con una distribución de cobertura uniforme, incluso con una cantidad de material de partida tan baja como 50 ng (véanse las figuras Altos rendimientos de ADN de biblioteca con distribución de cobertura uniforme y Rendimientos superiores de ADN de biblioteca).

Bajas tasas de error con sesgo de secuencia mínimo

Para garantizar el máximo rendimiento con cantidades mínimas de material de partida, los kits de preparación de bibliotecas GeneRead incluyen una innovadora mezcla maestra de alta fidelidad que incluye la polimerasa GeneRead HiFi para un paso de amplificación opcional. La polimerasa GeneRead HiFi es una enzima única, altamente específica y procesiva que proporciona una amplificación precisa del ADN de la biblioteca con bajas tasas de error y un sesgo mínimo (véase la figura: Bajas tasas de error con un sesgo de secuencia mínimo gracias a la amplificación de alta fidelidad).

Menor sesgo de secuencia al amplificar regiones ricas en GC y AT

En los procedimientos estándar de amplificación por PCR, las regiones de ADN con alto contenido de AT o GC pueden presentar poca o ninguna amplificación, lo que genera datos de secuenciación y resultados de NGS engañosos. La polimerasa GeneRead HiFi, junto con su exclusiva formulación de tampón, garantiza una amplificación uniforme de las regiones genómicas con un contenido de GC muy variable, asegurando así una cobertura uniforme en las reacciones de secuenciación posteriores (véase la figura «Mejor cobertura de secuencia»).

Principio

Los kits de preparación de bibliotecas GeneRead utilizan un flujo de trabajo optimizado en un solo tubo para generar de forma reproducible altos rendimientos de bibliotecas de ADN para su uso en plataformas NGS de Illumina o el instrumento Ion Torrent de Life Technologies. Este procedimiento rápido, en un solo tubo, requiere menos pasos de limpieza que los flujos de trabajo de preparación de bibliotecas de otros proveedores e incluye un paso opcional de amplificación de alta fidelidad. Los kits de preparación de bibliotecas GeneRead ahorran tiempo y esfuerzo, a la vez que minimizan la variabilidad causada por la manipulación, así como el riesgo de contaminación (véanse las figuras "Flujo de trabajo optimizado para bibliotecas de ADN compatibles con Illumina" y "Flujo de trabajo optimizado para bibliotecas de ADN compatibles con Ion Torrent").

Procedimiento

Procedimiento para generar bibliotecas de ADN compatibles con Illumina

Las muestras que consisten en fragmentos de ADN más largos se fragmentan primero en una biblioteca aleatoria de fragmentos con una longitud media de 300 pb (al utilizar el instrumento Illumina MiSeq, versión 1) o 500 pb (al utilizar el instrumento Illumina MiSeq, versión 2). Tras la fragmentación, se reparan los extremos de los fragmentos de ADN y se añade un saliente A en el extremo 3' de cada hebra. Posteriormente, se ligan a ambos extremos de los fragmentos de ADN los adaptadores necesarios para la amplificación y la secuenciación. Los adaptadores de código de barras, que contienen una secuencia de identificación única, también están disponibles con el kit GeneRead Library Prep (I) y permiten realizar reacciones de secuenciación multiplex. A continuación, se selecciona el tamaño de los fragmentos y se purifican. La limpieza y la selección del tamaño se pueden realizar con el kit GeneRead Size Selection (n.º de cat. 180514), que permite una selección precisa del tamaño del ADN mediante columnas (véase la figura "Selección precisa del tamaño"). Para garantizar rendimientos máximos a partir de cantidades mínimas de material de partida, también se puede realizar un paso de amplificación de alta fidelidad opcional.

Procedimiento para generar bibliotecas de ADN compatibles con Ion Torrent

Las muestras que consisten en fragmentos de ADN más largos se fragmentan primero en una biblioteca aleatoria de fragmentos con una longitud media de 400 pb (con el instrumento Ion Torrent PGM) o 200 pb (con el instrumento Ion Proton). Tras la fragmentación, se reparan los extremos de los fragmentos de ADN. Posteriormente, se ligan a ambos extremos de los fragmentos los adaptadores necesarios para la amplificación y la secuenciación. Los adaptadores de código de barras, que contienen una secuencia de identificación única, también están disponibles con el kit GeneRead Library Prep (L) y permiten realizar reacciones de secuenciación multiplex. A continuación, se selecciona el tamaño de los fragmentos y se purifican. Para garantizar la máxima producción con cantidades mínimas de material de partida, se puede realizar una amplificación de alta fidelidad opcional.