Qiagen, 180490, Kit UDI-C de biblioteca de ADN QIAseq FX HT (96)

Tampones y reactivos para fragmentación de ADN (incluyendo reparación de extremos y adición de A), ligación y amplificación de bibliotecas. Incluye placas con 96 adaptadores Y de doble índice únicos, Set C. Incluye reactivos para la normalización de bibliotecas. Para usar con instrumentos Illumina.

Características

- Flujo de trabajo optimizado de 2,5 horas para una fácil automatización
- La alta complejidad de la biblioteca y la cobertura uniforme maximizan los datos interpretables
- Adaptadores de índice dual (UDI) únicos disponibles para multiplexar hasta 384 muestras
- Tamaño del fragmento, cantidad de entrada y tamaño del lote personalizables para cualquier experimento de secuenciación
- Entradas de ADN flexibles de 20 pg – 1 µg

Detalles del producto

Nuestra tecnología QIAseq FX incorpora una fragmentación de ADN totalmente enzimática en un protocolo optimizado que no requiere limpieza adicional de la muestra antes de la ligadura del adaptador. Un protocolo sencillo de tres reacciones permite automatizar fácilmente la preparación de la biblioteca en diversas plataformas de manipulación de líquidos, lo que reduce el tiempo de manipulación y la variabilidad entre análisis. La tecnología es compatible con los instrumentos de secuenciación de Illumina y está disponible en configuraciones de 24, 96 y 384 muestras. Con tan solo 2,5 horas de preparación de la biblioteca y sin necesidad de costosos equipos adicionales de corte de ADN, se ahorra mucho tiempo y dinero.

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Actuación

Conversión rápida y eficiente de bibliotecas enzimáticas

El nuevo kit de bibliotecas de ADN QIAseq FX le permite convertir entre 20 pg y 1 μg de ADN genómico en bibliotecas amplificadas listas para secuenciar en tan solo 2,5 horas. Es más rápido y fácil de automatizar que el corte mecánico, pero aun así genera las bibliotecas de alta calidad necesarias para la secuenciación del genoma completo de cualquier organismo (véase la figura: Flujo de trabajo). El flujo de trabajo genera de forma fiable fragmentos de ADN reproducibles de tamaños personalizables. (Véase las figuras: Tamaños de fragmentos personalizables y Alta reproducibilidad)

Bajo sesgo de GC para una calidad de biblioteca superior

El kit de biblioteca de ADN QIAseq FX realiza preparaciones de bibliotecas con un sesgo mínimo mediante el uso de enzimas independientes de la secuencia para la fragmentación, lo que proporciona resultados comparables al cizallamiento mecánico. (Ver figura: Sesgo mínimo de cromatografía de gases en comparación con otros métodos enzimáticos)

Distribución de cobertura superior y menor tasa de duplicación

La tecnología QIAseq FX, con su mínimo sesgo de secuencia, garantiza que la mayoría de los objetivos genómicos tengan una profundidad de cobertura total muy similar. Esto reduce la necesidad de secuenciación adicional para llevar los objetivos de baja cobertura a un rango interpretable, ahorrando tiempo y recursos. Las bibliotecas de secuenciación generadas por el método QIAseq FX presentan una alta complejidad y bajas tasas de duplicación, lo que supera la deficiencia comúnmente asociada con otros métodos de fragmentación enzimática. (Véase las figuras: Distribución de cobertura superior y menor tasa de duplicación).

Bibliotecas libres de PCR a partir de una entrada de tan solo 100 ng

Los adaptadores duales con código de barras totalmente funcionales y los reactivos opcionales de amplificación de bibliotecas de alta fidelidad permiten el uso de las químicas de fragmentación y ligación de adaptadores QIAseq FX para generar bibliotecas sin PCR en menos de dos horas. Sin necesidad de amplificación adicional de la biblioteca por PCR, el kit de biblioteca de ADN QIAseq FX puede generar consistentemente la concentración de biblioteca sin PCR superior a 2 nM necesaria para la secuenciación en un Illumina MiSeq o NextSeq 500, a partir de tan solo 100 ng de ADN de entrada. (Ver figura: Sin diferencias significativas entre la cobertura de regiones genómicas con alto o bajo GC).

Principio

La tecnología QIAseq FX de QIAGEN incorpora la fragmentación enzimática del ADN en un protocolo optimizado que combina la fragmentación y la ligación del adaptador en una sola reacción, ahorrando tiempo y evitando errores. El kit QIAseq FX contiene una novedosa formulación de nucleasa que digiere el dsADN de forma aleatoria sin preferencia de secuencia, generando bibliotecas de secuenciación con un sesgo mínimo. El tamaño del fragmento se puede ajustar simplemente modificando el tiempo de incubación del dsADN con la nucleasa, lo que permite diferentes aplicaciones de secuenciación. Las composiciones optimizadas de enzimas y tampones garantizan un alto rendimiento de la biblioteca de secuenciación. Los protocolos optimizados de construcción de bibliotecas también permiten una automatización sencilla de la preparación de bibliotecas en diferentes plataformas de manipulación de líquidos.

El kit de biblioteca de ADN QIAseq FX de QIAGEN proporciona un procedimiento rápido y totalmente enzimático, desde la fragmentación del ADN hasta la biblioteca NGS, sin pasos de limpieza hasta que los adaptadores se hayan ligado al ADN de muestra.

Procedimiento

Descripción general

El kit de biblioteca de ADN QIAseq FX consta de tres pasos fáciles de seguir, desde el ADN genómico hasta las bibliotecas NGS listas para secuenciador. A partir de la fragmentación y modificación de extremos del ADN, se preparan los fragmentos de muestra, lo que permite la unión de adaptadores con código de barras doble. Para muestras con menos de 100 ng de ADN de entrada o si se requieren grandes cantidades de ADN de la biblioteca en aplicaciones posteriores, se puede realizar un paso opcional de amplificación de ADN con los reactivos incluidos en este kit.

Fragmentación del ADN y ligadura del adaptador

Las muestras que consisten en fragmentos de ADN más largos, como ADN genómico o amplicones de PCR de largo alcance, se fragmentan enzimáticamente en fragmentos más pequeños. El tamaño medio de los fragmentos depende de las aplicaciones y la longitud de lectura de secuenciación, y puede ajustarse variando las condiciones de la reacción de fragmentación del ADN. El ADN fragmentado se repara directamente en sus extremos y se añade una "A" a los extremos 3' durante la reacción FX, lo que prepara los fragmentos de ADN para la ligadura de adaptadores. A continuación, se ligan adaptadores específicos de la plataforma a ambos extremos de los fragmentos de ADN. Estos adaptadores contienen secuencias esenciales para la unión de bibliotecas con código de barras dual a una celda de flujo para la secuenciación, lo que permite la amplificación por PCR de fragmentos ligados a adaptadores y la unión de cebadores de secuenciación estándar de Illumina.

Amplificación de ADN

Para garantizar el máximo rendimiento a partir de cantidades limitadas de material de partida, se puede realizar una amplificación de alta fidelidad con los reactivos incluidos en el kit de biblioteca de ADN QIAseq FX. La mezcla maestra de PCR HiFi patentada puede amplificar uniformemente regiones de ADN con contenidos de GC muy diferentes, minimizando así el sesgo de secuenciación causado por la PCR.

Construcción de biblioteca

El kit de biblioteca de ADN QIAseq FX incluye adaptadores de formato de placa con código de barras doble. Cada pocillo contiene una combinación única de dos códigos de barras de identificación. Los kits QIAseq FX admiten la agrupación de hasta 24, 96 o 384 plexos antes de la secuenciación.

Limpieza y eliminación de dímeros adaptadores

Luego de la construcción de la biblioteca, la limpieza de la reacción y la eliminación de los dímeros adaptadores se pueden lograr mediante el uso de QIAseq Beads, lo que permite una fácil automatización en varias plataformas de automatización de alto rendimiento.

Normalización

El Normalizador de Bibliotecas QIAseq se integra a la perfección con el Kit de Preparación de Bibliotecas de ADN QIAseq FX, eliminando la necesidad de la tediosa qPCR y la dilución manual de las bibliotecas antes de la agrupación. Las bibliotecas normalizadas están listas para secuenciar ADNdc a una concentración aproximada de 4 nmol/L.