Qiagen, 180497, Kit UDI-A de biblioteca de entrada ultrabaja QIAseq (96)

Para 96 ​​reacciones con sistemas Illumina; tampones y reactivos para pulido de extremos de entrada ultrabaja, ligadura de entrada ultrabaja y amplificación de bibliotecas HiFi; incluye una placa que contiene 96 adaptadores Y de índice dual únicos

Características

- Las químicas ultraeficientes maximizan el rendimiento de las muestras de subnanogramos
- El protocolo flexible proporciona una solución integral para una entrada de ADN de 10 pg a 100 ng
- Compatible con una amplia gama de tipos de muestras, incluidos cfDNA, FFPE, ADN antiguo y ChIP-seq
- Adaptadores de índice dual únicos disponibles para multiplexar hasta 384 muestras

Detalles del producto

El kit de biblioteca de entrada ultrabaja QIAseq incorpora nuevas químicas ultraeficientes de reparación de extremos y ligadura en una solución completa y optimizada. Estos kits permiten la generación de bibliotecas de alta calidad a partir de muestras de ADN limitadas y dañadas mediante un flujo de trabajo eficiente de 2,5 horas, a partir de 10 pg–100 ng de ADN fragmentado para una preparación robusta de bibliotecas, ideal para una amplia gama de aplicaciones de investigación.

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Actuación

Máximo rendimiento con un mínimo insumo

Procese con confianza muestras de ADN de entrada desde 10 pg hasta 100 ng. Las nuevas y eficientes químicas de los kits QIAseq Ultralow Input eliminan la disminución del rendimiento por debajo de 1 ng de ADN de entrada. Las nuevas enzimas y formulaciones de tampón maximizan el rendimiento de muestras de subnanogramos, a la vez que ofrecen la flexibilidad de procesar muestras con hasta 100 ng de ADN de entrada.

Tasas de conversión altamente eficientes y consistentes

Los kits de bibliotecas de entrada ultrabaja QIAseq permiten tasas de conversión de bibliotecas superiores (>30 %) a partir de muestras inferiores a 1 ng de entrada, utilizando formulaciones químicas recientemente optimizadas. Estas tasas de conversión consistentes de información genómica a moléculas de biblioteca ligadas a adaptadores cubren un rango de 1000 veces (de 10 pg a 10 ng de entrada de ADN) y establecen un estándar líder en la industria. El bajo porcentaje de dímeros de adaptadores minimiza la contaminación de la biblioteca en comparación con la competencia.

Solución robusta para muestras difíciles

La química QIAseq Ultralow Input es ideal para: secuenciación del genoma completo con bajo consumo de entrada; cfDNA para aplicaciones de biopsia líquida; y fuentes limitadas de ADN de tejido FFPE, microdisección por captura láser (LCM) y aspiraciones con aguja fina (FNA).

Principio

La secuenciación de nueva generación (NGS) impulsa numerosas aplicaciones nuevas y emocionantes, como la investigación del cáncer, la investigación con células madre, la metagenómica, la genética de poblaciones y la investigación médica. Si bien la tecnología NGS mejora continuamente, la preparación de bibliotecas sigue siendo un cuello de botella para muchos laboratorios y un factor limitante en los tipos de muestras que permiten generar datos NGS con éxito.

Como resultado, capturar la máxima información genómica posible en una biblioteca de NGS es crucial y desafiante al partir de muestras de ADN limitadas o dañadas. Los métodos estándar de preparación de bibliotecas, aplicables a diversos tipos de muestras —como ADN circulante libre de células, ADN FFPE, ADN antiguo y ADN ChIP-seq—, pueden generar problemas de calidad. Estos problemas limitan la utilidad de los datos generados, desde un bajo rendimiento de la biblioteca o tasas de conversión hasta altos porcentajes de lecturas derivadas de moléculas dímeras adaptadoras.

Procedimiento

Construcción de bibliotecas

Los kits de bibliotecas de entrada ultrabaja QIAseq se basan en ADN bicatenario fragmentado enzimática, química, mecánica o naturalmente. Utilizan una reacción optimizada de pulido de extremos y una nueva fórmula de ligadura de entrada ultrabaja, junto con la mezcla maestra HiFi PCR patentada de QIAGEN. Esta combinación maximiza la tasa de conversión del ADN de la muestra en la biblioteca NGS, a la vez que amplifica de forma eficiente y uniforme incluso las regiones con alto y bajo contenido de GC del genoma. Este protocolo permite obtener la biblioteca de secuenciación con el mayor rendimiento posible, libre de contaminación por dímeros adaptadores, a partir de tan solo 10-100 pg* de entrada de ADN. Gracias a su protocolo flexible, el mismo kit también puede utilizarse para cantidades mayores de entrada de ADN, incluyendo preparaciones de bibliotecas sin PCR a partir de tan solo 10 pg* de entrada de ADN. *Tenga en cuenta que la complejidad genómica necesaria para un experimento determinado variará en función del tamaño del genoma del organismo y de la fracción de dicho genoma incluida en la región diana de interés.

Limpieza de la reacción

Después de los pasos de ligadura del adaptador y amplificación de la biblioteca, la limpieza de la reacción y la eliminación de los dímeros del adaptador residuales se pueden lograr mediante el uso de perlas Agencourt AMPure XP, que permiten una fácil automatización en varias plataformas de automatización de alto rendimiento. >

Amplificación opcional del ADN de la biblioteca

Normalmente se requiere la amplificación de la biblioteca mediante PCR si la cantidad de ADN de entrada es inferior a 100 ng. Este protocolo es opcional y permite la amplificación de alta fidelidad de la biblioteca de ADN utilizando la mezcla maestra para PCR QIAseq HiFi incluida en el kit.

Contenido y accesorios

El kit de bibliotecas de entrada ultrabaja QIAseq de 96 reacciones incluye adaptadores con doble código de barras para placas. Cada pocillo de la placa adaptadora de 96 plex contiene un adaptador de un solo uso compuesto por una combinación única de dos códigos de barras de identificación de ocho nucleótidos. Al combinar un código de barras i5 y uno i7 en cada adaptador listo para usar, los kits de entrada ultrabaja QIAseq de 96 reacciones permiten la agrupación de bibliotecas de hasta 96 plex antes de la secuenciación.

Si bien los adaptadores no están incluidos en el kit de tamaño de 12 reacciones, el kit de adaptadores Y QIAseq UDI (24), cat. n.° 180310, que contiene adaptadores Y de índice de muestra dual único con código de barras doble (formato de placa para 24 muestras) se puede pedir por separado.

Aplicaciones

Los kits de bibliotecas de entrada ultrabaja QIAseq de QIAGEN se han diseñado para ser la solución definitiva para generar bibliotecas de alta calidad incluso a partir de muestras NGS muy complejas. Diseñados para investigadores de NGS que buscan un único kit de preparación de bibliotecas compatible con una amplia gama de ADN fragmentado de entrada ultrabaja, baja y estándar, los kits de bibliotecas de entrada ultrabaja QIAseq permiten obtener nuevos conocimientos al maximizar el rendimiento, especialmente con muestras de ADN limitadas y dañadas. El protocolo optimizado de 2,5 horas para generar bibliotecas a partir de ADN fragmentado con los kits de bibliotecas de entrada ultrabaja QIAseq también permite una automatización sencilla en diferentes plataformas de manipulación de líquidos.