Qiagen, 181717, Kit de liberación de ADN de células individuales QIAseq UPX (576)

Para un total de 576 muestras de 24 bibliotecas de 24 muestras agrupadas. Tampones y reactivos para lisis celular, amplificación del genoma completo, codificación de barras de muestras y preparación de bibliotecas, incluyendo fragmentación de ADN, reparación de extremos y ligadura de adaptadores. Incluye QIAseq Beads y una placa con 24 adaptadores con codificación de barras UDI para su uso con instrumentos Illumina. Este kit crea 24 bibliotecas de hasta 24 reacciones de MDA agrupadas para un total de 575 muestras.
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Características

- Reúna 24 muestras en una única biblioteca después de la amplificación del genoma completo (WGA) con Repli-g
- Compatible con secuenciación de paso bajo o paneles de enriquecimiento de captura híbrida como los paneles de captura híbrida humana QIAseq xHYB
- La ADN polimerasa REPLI-g MDA ofrece una amplificación de alta fidelidad sin PCR y reduce los falsos positivos.
- Incluye índices duales únicos (UDI) para minimizar los artefactos de secuenciación debido al "salto de índice" en los instrumentos Illumina NGS
- Los tampones y reactivos REPLI-g MDA se someten a un procedimiento de descontaminación único para evitar la amplificación del ADN contaminante.

Detalles del producto

El kit QIAseq UPX Single Cell DNA Lib utiliza un protocolo optimizado de amplificación de ADN y preparación de bibliotecas que permite la agrupación del ADN amplificado, reduciendo así el número total de bibliotecas. Los pasos clave de la amplificación del ADN utilizan la tecnología de amplificación por desplazamiento múltiple (MDA) de QIAGEN con la enzima REPLI-g para amplificar el ADN genómico directamente a partir de células individuales o ADN genómico previamente aislado.

Durante la reacción de MDA, se incorporan códigos de barras de muestra al ADN amplificado, lo que permite la posterior agrupación de hasta 24 muestras en una sola biblioteca. Esto reduce considerablemente los tediosos pasos de preparación de la biblioteca, lo que reduce los costos de preparación y los consumibles de plástico.

El kit incluye todos los reactivos necesarios para la lisis celular, la amplificación del genoma completo mediante la ADN polimerasa REPLI-g y la preparación de bibliotecas NGS compatibles con Illumina NovaSeq y otros instrumentos NGS. Este kit proporciona una cobertura genómica completa y una fidelidad de secuencia excepcional, lo que reduce los falsos positivos y minimiza las pérdidas.

El kit contiene adaptadores QIAseq Unique de doble índice y microesferas QIAseq para la limpieza de la reacción. El kit QIAseq UPX Single Cell DNA Lib admite hasta 576 muestras multiplexando solo 24 bibliotecas.

Actuación

El kit ofrece una cobertura genómica excepcional de células individuales, poblaciones celulares y pequeñas cantidades de ADN genómico, incluyendo regiones con alto contenido de GC. En comparación con los métodos de amplificación de genoma completo basados ​​en PCR, la tecnología MDA incluida en el kit elimina los duplicados de PCR y minimiza el sesgo de GC, garantizando una alta diversidad de la biblioteca y la máxima cobertura genómica. Además, la ADN polimerasa REPLI-g de alta fidelidad introduce menos errores que las enzimas de PCR de alta fidelidad, lo que reduce los falsos positivos y permite una detección de mutaciones más sensible. Su bajo fondo y su amplia cobertura hacen que este kit sea ideal para analizar aneuploidías, variaciones en el número de copias y mutaciones de células individuales y muestras de bajo aporte.

Principio

Este kit se basa en tres tecnologías clave para generar bibliotecas de secuenciación genómica completa (WGS) de alta diversidad a partir de células individuales. Tras la lisis celular, se utiliza una reacción MDA de alta fidelidad para amplificar cantidades de microgramos de ADNg mediante la ADN polimerasa REPLI-g de alta fidelidad. Durante la reacción MDA, se incorporan códigos de barras de muestra al ADN amplificado, lo que permite la posterior agrupación de hasta 24 muestras en una sola biblioteca. Esto reduce considerablemente los tediosos pasos de preparación de la biblioteca, lo que reduce los costes de preparación y los consumibles de plástico.

La generación de la biblioteca se produce tras la agrupación de ADNc con la ligadura dirigida del primer adaptador de índice de muestra (BC-i5-UDI). Los fragmentos de ADN ligados con BC-i5-UDI se tratan en el siguiente paso con reactivos de fragmentación para reducir el tamaño de los fragmentos y generar el segundo extremo, que posteriormente se liga al segundo adaptador de índice de muestra (BC-i7-UDI). Las bibliotecas completas se amplifican con una mezcla de amplificación HiFi y se pueden equilibrar automáticamente con los kits de normalización QIAseq (se venden por separado).

Procedimiento

El kit QIAseq UPX Single Cell DNA Lib es una solución completa de célula a biblioteca que incluye todos los reactivos necesarios para generar bibliotecas WGS de alta diversidad a partir de células individuales o cantidades limitadas de ADNg intacto. El kit contiene reactivos para la lisis eficaz de células individuales aisladas o pequeños grupos de células. Tras la lisis, el ADN genómico se amplifica mediante la ADN polimerasa REPLI-g de ultraalta fidelidad y corrección de errores. Se pueden agrupar hasta 24 muestras de MDA amplificadas y con código de barras. El conjunto se purifica con QIAseq Beads para eliminar cualquier código de barras de muestra no incorporado y los componentes residuales de la reacción de MDA.

Para la construcción de la biblioteca, las muestras agrupadas, compuestas por cadenas de ADN-WGA, se tratan con un facilitador de EP para generar extremos cohesivos y aceptar el adaptador BC-i5-UDI. La purificación con QIAseq Beads tras la primera ligadura del adaptador eliminará cualquier adaptador no ligado. La ligadura del adaptador BC-i5-UDI es dirigida y garantiza que la lectura 1 comience con la secuencia del código de barras de la muestra.

En el siguiente paso, los fragmentos se tratan con reactivos de fragmentación para reducir el tamaño del fragmento y generar extremos adhesivos adecuados para el segundo adaptador BC-i7-UDI.

En los siguientes pasos, la biblioteca se purifica para eliminar los adaptadores BC-i7-UDI no ligados y se amplifica con los cebadores estándar P7 y P5. Estos adaptadores contienen secuencias esenciales para la amplificación y secuenciación de puentes en cualquier instrumento NGS de Illumina.

Aplicaciones

- Estudios de vigilancia
- Análisis de la heterogeneidad del genoma intercelular
- Detección de mutaciones
- Análisis de la variación del número de copias
- Análisis de aneuploidía
- Enriquecimiento posterior mediante captura híbrida*

*Las bibliotecas tratadas con QIAseq Normalizer no serán compatibles con la captura híbrida