Qiagen, 181725, Kit de biblioteca de ADN de células individuales QIAseq UDI-B (96)

Para 96 ​​reacciones: tampones y reactivos para lisis celular, amplificación del genoma completo y preparación de bibliotecas, incluida la fragmentación de ADN, reparación de extremos y ligadura de adaptadores; incluye QIAseq Beads y una placa que contiene 96 adaptadores con código de barras UDI (conjunto B) para usar con instrumentos Illumina
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Características

- Bibliotecas de genoma completo a partir de células individuales, en menos de 4 horas
- Analizar variaciones de secuencia y número de copias en cualquier parte del genoma.
- Proporciona bibliotecas NGS sin PCR y ADNg amplificado para pruebas de seguimiento
- La ADN polimerasa REPLI-g MDA proporciona una amplificación de alta fidelidad y reduce los falsos positivos.
- Incluye índices duales únicos (UDI) para minimizar los artefactos de secuenciación debido al "salto de índice" en los instrumentos Illumina NGS

Detalles del producto

El kit UDI de biblioteca de ADN de células individuales QIAseq ofrece una solución completa para la secuenciación del genoma completo a partir de células individuales aisladas o pequeñas cantidades de ADN genómico. El kit incluye todos los reactivos necesarios para la lisis celular, la amplificación del genoma completo mediante la ADN polimerasa REPLI-g, la fragmentación enzimática del ADN y la preparación de bibliotecas NGS sin PCR, compatible con Illumina NovaSeq y otros instrumentos NGS. Este kit proporciona una cobertura genómica completa y una fidelidad de secuencia excepcional, reduciendo los falsos positivos y las pérdidas. Gracias a su flujo de trabajo sin PCR, este kit es ideal para el análisis de aneuploidía, número de copias y variación de secuencia en células individuales de muestras raras. El kit contiene todos los reactivos necesarios para la construcción de bibliotecas de ADN, incluyendo los adaptadores Y de doble índice QIAseq Unique y las perlas QIAseq para la limpieza de la reacción. El kit UDI de biblioteca de ADN de células individuales QIAseq admite hasta 384 muestras en una sola línea de celda de flujo, lo que aumenta el rendimiento de las muestras y reduce los costes de secuenciación.

El kit de biblioteca de ADN de células individuales QIAseq UDI incluye protocolos para la amplificación imparcial del genoma completo y para el enriquecimiento de objetivos de genomas pequeños, como el ADN viral o los genomas mitocondriales.

Actuación

El kit ofrece una cobertura genómica excepcional de células individuales, poblaciones celulares y pequeñas cantidades de ADN genómico, incluyendo regiones con alto contenido de GC. En comparación con los métodos de amplificación de genoma completo basados ​​en PCR, la tecnología de Amplificación por Desplazamiento Múltiple (MDA) incluida en el Kit de Biblioteca de ADN de Células Individuales QIAseq UDI elimina los duplicados de PCR y minimiza el sesgo de GC, garantizando una alta diversidad de la biblioteca y la máxima cobertura genómica. Además, la ADN polimerasa REPLI-g de alta fidelidad introduce menos errores de secuenciación que las enzimas de PCR de alta fidelidad, lo que reduce los falsos positivos y permite una detección de mutaciones más sensible. Su bajo fondo y su amplia cobertura hacen que este kit sea ideal para el análisis de aneuploidías, variaciones en el número de copias y mutaciones de células individuales y muestras de bajo aporte.

Principio

Este kit se basa en tres tecnologías clave para generar bibliotecas de genoma completo de alta diversidad a partir de células individuales. Tras la lisis celular, se utiliza una reacción MDA de alta fidelidad para amplificar microgramos de ADNg mediante la ADN polimerasa REPLI-g de alta fidelidad. El ADNg amplificado se fragmenta en insertos cortos mediante la reacción enzimática de fragmentación de ADN FX altamente aleatoria de QIAGEN. El ADN fragmentado se repara en sus extremos y se añade una base "A" a los extremos 3' para preparar el inserto para la ligadura. Finalmente, una reacción de ligadura añade el índice dual único a ambos extremos del inserto. Todo el proceso, que comienza con una célula aislada, no requiere PCR y solo requiere 3,5 horas.

Procedimiento

El kit UDI QIAseq Single Cell DNA Library es una solución completa de célula a biblioteca que incluye todos los reactivos necesarios para generar bibliotecas de genoma completo de alta diversidad a partir de células individuales o cantidades limitadas de ADNg intacto. El kit contiene reactivos para la lisis celular eficaz de células individuales aisladas o pequeños grupos de células, por ejemplo, a partir de plataformas de microdisección por captura láser. Tras la lisis, el ADN genómico se amplifica mediante la ADN polimerasa REPLI-g de ultraalta fidelidad y corrección de errores. Este ADNg amplificado se somete a un método de fragmentación enzimática aleatoria y eficiente, que lo escinde en fragmentos más cortos compatibles con cualquier instrumento Illumina NGS. A continuación, estos fragmentos se pulen en sus extremos y se someten a una reacción de ligadura altamente eficiente con los adaptadores Y QIAseq Unique Dual-Index incluidos. Esto captura eficazmente el ADN fragmentado en una biblioteca, que puede purificarse con las perlas QIAseq incluidas. La amplificación por PCR adicional de la biblioteca no es necesaria, lo que garantiza que todo el procedimiento esté libre de PCR, eliminando así la posibilidad de introducir errores o duplicados de PCR y asegurando la máxima diversidad de la biblioteca.

Aplicaciones

- Enriquecimiento específico de genomas de ADN pequeños
- Análisis de la heterogeneidad del genoma intercelular
- Detección de mutaciones
- Análisis de la variación del número de copias
- Análisis de aneuploidía