Qiagen, 19160, uracil-N-glicosilasa (2 x 1 ml)

50 preparaciones: para usar con kits QIAGEN DNA FFPE UNG

Características

- Alta recuperación de ADN amplificable
- Eliminación de parafina sin xileno ni disolventes similares
- Uracilo (citosina desaminada): paso de eliminación de artefactos mediante uracil-N-glicosilasa (UNG) durante la extracción de ADN
- ADN listo para usar para PCR, PCR digital (dPCR) y secuenciación de próxima generación (NGS)

Detalles del producto

Aumente la recuperación de ADN de alta calidad a partir de tejido FFPE con el protocolo de desparafinización sin lavado y sin xileno, de doble lisis y la tecnología de columna de centrifugación UCP (producción ultralimpia) de los kits QIAamp DNA FFPE Advanced.

Elimine las transiciones C→U de los ácidos nucleicos con el digesto UNG opcional de los kits para optimizar el ADN recuperado para el análisis NGS.

También puede automatizar los protocolos QIAamp DNA FFPE Advanced en QIAcube Connect.>

Actuación

Una característica de la cuantificación de ADN FFPE es que diferentes métodos arrojarán resultados diferentes y los valores altos de UV-vis o fluorométricos no significan necesariamente un buen rendimiento de PCR.

Debido a que la PCR en tiempo real, o PCR cuantitativa (qPCR), es una de las aplicaciones posteriores más comunes para FFPE, los kits avanzados QIAamp DNA FFPE están optimizados para qPCR.

Independientemente de los valores obtenidos en las mediciones UV-vis o fluorométricas, los kits QIAamp DNA FFPE Advanced mostraron consistentemente un mejor rendimiento de PCR en la cuantificación qPCR que los otros productos probados (consulte la figura “Optimizado para el rendimiento de PCR”).

El kit QIAamp DNA FFPE Advanced UNG también es adecuado para purificar ADN que se utilizará en análisis NGS, porque aborda el problema de las transiciones artificiales C→T/G→A, que ocurren comúnmente en el material FFPE debido a la desaminación de la citosina (consulte “Transiciones artificiales C→T/G→A”).

A través de la digestión con uracilo basada en UNG durante el aislamiento de ADN, el protocolo QIAamp DNA FFPE Advanced UNG reduce los informes de falsos positivos de variantes de un solo nucleótido (SNV) en NGS (ver figura “Reducción drástica en las transiciones artefactuales C→T | G→A”).

Principio

- Bajos rendimientos debido al material de entrada limitado y al ADN comprometido
- ADN no amplificable debido a enlaces cruzados inducidos por formalina
- Los artefactos de citosina desaminada pueden causar resultados falsos en la NGS para análisis mutacionales.

- Mediante la implementación de un procedimiento de lisis de dos pasos, que garantiza una alta extracción de ADN incluso de muestras difíciles de lisar
- Al reemplazar la eliminación de parafina basada en solvente con el uso de solución de desparafinación, que elimina todos los pasos de lavado antes de la lisis inicial, minimizando así el riesgo de perder material de muestra escaso.

Existen tres desafíos principales en la preparación de ADN a partir de tejidos FFPE:

Los kits avanzados QIAamp DNA FFPE maximizan el rendimiento del ADN a partir de entradas de muestras limitadas de dos maneras:

La eliminación de enlaces cruzados aumenta aún más la recuperación de ADN amplificable (ver figura “Optimizado para el rendimiento de PCR”).

El tratamiento opcional con UNG antes de la segunda lisis elimina los artefactos de citosina desaminada, lo que hace que el ADN sea especialmente adecuado para el análisis NGS (consulte la tabla “Preparado para NGS”, así como las figuras “Resultados confiables de dPCR y NGS” y “Reducción drástica en las transiciones artefactoadas de C→T | G→A”).

Procedimiento

El procedimiento QIAamp DNA FFPE Advanced consta de un paso de desparafinización simplificado, dos pasos de lisis con desreticulación intermedia y eliminación opcional de artefactos, y los pasos estándar de unión-lavado-elución (consulte la figura “Flujo de trabajo de QIAamp DNA FFPE Advanced”).

Aplicaciones

El ADN de FFPE obtenido mediante los kits QIAamp DNA FFPE Advanced se puede utilizar inmediatamente para PCR, dPCR o NGS, o se puede almacenar a una temperatura entre −30 y −15 °C.