Qiagen, 249915, Ensayo personalizado de PCR con sonda QuantiNova LNA (200)

Mezcla personalizada de cebadores y sondas específicos de ARNm/ARNlnc en un solo tubo; suficiente para 200 reacciones utilizando qRT-PCR de 2 pasos o 100 reacciones utilizando qRT-PCR de 1 paso

Características

- Ensayos de alto rendimiento creados con una herramienta de diseño conveniente y el mismo algoritmo utilizado para nuestros ensayos prediseñados
- Ensayos personalizados para adaptarse a su objetivo y necesidad exactos, incluida la detección de nuevas transcripciones o una isoforma específica o variante de empalme
- Capacidad de enviar hasta 10 secuencias y diseñar ensayos para diferenciar o detectar todas las secuencias
- Cebadores y sondas cortos mejorados con LNA con alta especificidad y mayor flexibilidad en el posicionamiento del ensayo
- Resultados robustos y reproducibles en menos de 2 horas utilizando el kit PCR QuantiNova Probe

Detalles del producto

Los ensayos personalizados de PCR con sonda LNA de QuantiNova proporcionan un análisis preciso y sensible de la expresión génica de cualquier diana de ARN mediante detección basada en sonda de hidrólisis mejorada con LNA. Nuestro robusto algoritmo de diseño proporciona compatibilidad total con la base de datos Ensembl para dianas humanas, murinas y de rata, y agiliza la creación de ensayos. Los ensayos personalizados son ideales para dianas para las que no hay ensayos prediseñados disponibles, para discriminar variantes de empalme y para verificar nuevos ARNm o lncRNA. Optimizado con la química de QuantiNova, el sencillo flujo de trabajo de PCR con sonda LNA de QuantiNova se puede completar en menos de 2 horas y es lo suficientemente robusto como para soportar la configuración a temperatura ambiente, la automatización y la ejecución diferida de ensayos. También hay ensayos prediseñados, paneles centrados en vías y paneles personalizados disponibles, que pueden utilizarse conjuntamente en la misma configuración experimental.

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Actuación

PCR mejorada con LNA altamente sensible y específica

Los ensayos de PCR personalizados de la sonda LNA QuantiNova se crean utilizando criterios de diseño estrictos y algoritmos validados en laboratorio para brindar la mayor especificidad y eficiencia de PCR en tiempo real y los resultados de análisis de expresión genética más confiables y precisos.

La alta afinidad de unión de las bases de LNA aumenta la flexibilidad de la colocación de cebadores y sondas en el transcrito, lo que nos permite usar un posicionamiento inteligente para diseñar ensayos con dianas que de otro modo serían difíciles de analizar. Esto proporciona una mejor discriminación de dianas y una cuantificación robusta y fiable, incluso para dianas ricas en AU, transcripciones de baja abundancia, dianas con alta estructura secundaria y muestras de alta complejidad.

La alta sensibilidad de los ensayos garantiza excelentes eficiencias de amplificación de hasta 1 molécula de ARN, lo que facilita la detección de dianas de baja abundancia, como lncRNA, a partir de menos material de partida (véase la figura). Los ensayos de PCR con sonda QuantiNova LNA proporcionan una cuantificación precisa, sensible y lineal de dianas en un amplio rango dinámico y la figura. Los ensayos de PCR con sonda QuantiNova LNA permiten la detección tanto de alta como de baja expresión de ARNm). La mayor especificidad gracias a la inteligente colocación de LNA proporciona una alta relación señal-ruido, lo que permite la discriminación de secuencias que difieren en un solo nucleótido y elimina la amplificación no específica y la formación de dímeros de cebadores.

Creado utilizando un sofisticado algoritmo de diseño LNA

Veinte años de experiencia en el diseño de LNA nos han permitido desarrollar y optimizar nuestro sofisticado algoritmo de diseño de LNA, que incorpora más de 50 parámetros diferentes, todos ellos validados exhaustivamente en laboratorio según criterios de rendimiento muy estrictos, para garantizar el ensayo más óptimo para la detección exitosa de dianas. Este algoritmo patentado se ha utilizado para diseñar más de 1,3 millones de ensayos y está disponible para sus solicitudes especializadas a través de nuestro práctico generador de ensayos personalizados en GeneGlobe.

Principio

El proceso de diseño personalizado

La herramienta de diseño de ensayos personalizados de PCR QuantiNova LNA Probe permite diseñar fácilmente ensayos de PCR mejorados con LNA, altamente sensibles y específicos, para cualquier ARNm o lncRNA no disponible como ensayo prediseñado. Mediante el avanzado algoritmo de diseño de ensayos de PCR QuantiNova, se evalúan numerosas combinaciones de ensayos según más de 50 criterios diferentes para encontrar el ensayo óptimo para su diana en cuestión de minutos. La herramienta ha sido diseñada para dianas de ARNm y lncRNA de humanos, ratones y ratas de al menos 55 nucleótidos y blastos, comparadas con las bases de datos relevantes para cada especie, incluyendo Ensembl y RefSeq. Para dianas genéticas conocidas, los ensayos se diseñan de forma predeterminada como ensayos que abarcan intrones, de forma similar a los ensayos prediseñados, para evitar el riesgo de amplificación de ADNg.

Opciones de diseño de ensayos excepcionalmente avanzadas

La herramienta de diseño de ensayos personalizados incluye opciones para crear diseños específicos para cada transcripción, lo que permite discriminar variantes de empalme, SNP o isoformas. También se pueden crear diseños para ensayos comunes a todas las variantes de transcripción. Puede enviar hasta 10 secuencias diana diferentes a la vez y diseñar diez ensayos diferentes, o bien, para transcripciones relacionadas, puede diseñar un ensayo común para todas.

Nota: La versión preliminar de la herramienta de diseño personalizado está disponible en GeneGlobe, pero algunas funciones podrían no estar disponibles. La versión completa se lanzará próximamente. Si necesita asistencia inmediata con su solicitud de diseño avanzado, póngase en contacto con nuestro equipo de especialistas.

Detección basada en sonda de hidrólisis robusta y de alto rendimiento

Los ensayos de PCR QuantiNova LNA Probe utilizan detección basada en sonda de hidrólisis marcada con FAM, que es altamente sensible y robusta, ya que solo detecta el producto de PCR deseado. La detección basada en sonda aún requiere una alta especificidad de PCR para evitar artefactos de amplificación, como productos de PCR inespecíficos y dímeros de cebadores, que pueden competir por los componentes de la reacción y comprometer el rendimiento. Sin embargo, ya hemos optimizado el sistema de PCR QuantiNova LNA Probe para que usted elimine la amplificación inespecífica y le brinde una detección precisa y sensible en todo momento.

Los ensayos de genes de referencia se pueden combinar fácilmente con los ensayos personalizados

Disponemos de una amplia selección de ensayos de genes de referencia humanos, murinos y de rata para permitir la normalización de datos de alta calidad y garantizar resultados fiables. Estos ensayos se centran en moléculas de ARN codificante endógeno, ARN largo no codificante y ARN nucleolar pequeño, que suelen expresarse constitutivamente en una amplia variedad de tejidos. Los ensayos de genes de referencia están marcados con FAM y han sido validados funcionalmente como genes de referencia para el sistema QuantiNova LNA PCR, y funcionan de forma óptima con los reactivos de RT y PCR de QuantiNova.

Normalización de los resultados de qPCR de ARNm/ARNlnc

La normalización elimina la variación técnica y biológica entre muestras no relacionada con los cambios biológicos investigados. Una normalización adecuada es fundamental para el análisis y la interpretación correctos de los resultados de los experimentos de PCR en tiempo real. Normalmente, se utilizan genes de referencia expresados ​​de forma estable para la normalización.

Generalmente, se recomienda probar varios genes de referencia de control endógenos candidatos antes de configurar el análisis de expresión de ARNm/ARNlnc. Estos candidatos deben seleccionarse entre genes que se espera que se expresen de forma estable en todo el espectro de muestras investigadas. Pueden ser ARNm o ARNlnc con expresión estable, seleccionados con base en la literatura o datos preexistentes (p. ej., análisis de panel mediante NGS o qPCR). El sistema QuantiNova LNA PCR ofrece ensayos de genes de referencia validados para ARN que tienden a expresarse de forma estable y, por lo tanto, son buenos candidatos como genes de referencia.

Todos los genes candidatos de referencia deben validarse empíricamente para cada estudio. Una opción para normalizar el panel de PCR al analizar un gran número de ARNm/ARNlnc es normalizarlo con respecto a la media global (el promedio de todos los ARNm/ARNlnc expresados). Esta opción puede ser adecuada en muestras con una alta tasa de expresión (genes expresados), pero debe utilizarse con precaución en muestras con una baja tasa de expresión. Tampoco es recomendable en muestras con un nivel general de expresión génica modificado. Puede encontrar más información sobre la normalización en el Centro de Análisis de Datos de GeneGlobe.

Análisis de datos fácil de usar

La herramienta de análisis de datos gratuita basada en la web del Centro de análisis de datos GeneGlobe incluye un asistente fácil de usar que lo guiará paso a paso a través de la normalización y el análisis de sus datos y genera cifras de resultados listas para publicar.

Procedimiento

- Ensayos de PCR de sonda LNA QuantiNova
- Ensayos de referencia de PCR de sonda LNA QuantiNova
- Ensayos personalizados de PCR con sonda LNA QuantiNova
- Paneles de enfoque de PCR de sonda LNA QuantiNova
- Paneles de enfoque de lncRNA PCR de sonda LNA QuantiNova
- Paneles personalizados de PCR de sonda LNA QuantiNova
- Paneles flexibles de PCR con sonda LNA QuantiNova

Química QuantiNova de confianza

Los ensayos personalizados de PCR con sonda QuantiNova LNA están diseñados con la química QuantiNova de alto rendimiento y eficacia comprobada, que permite elegir entre qRT-PCR de uno o dos pasos. Los mejores resultados se obtienen al realizar la transcripción inversa con el kit de transcripción inversa QuantiNova. El ADNc resultante se cuantifica posteriormente mediante qPCR utilizando las mezclas maestras del kit de PCR con sonda QuantiNova, combinadas con el ensayo personalizado de PCR con sonda QuantiNova LNA diseñado por usted.

Para la qRT-PCR de un solo paso, recomendamos el kit QuantiNova Probe RT-PCR, que permite una rápida configuración de la reacción sin necesidad de optimizar las condiciones. Simplemente añada los cebadores, la sonda y el molde de ARN a la mezcla maestra de RT-PCR lista para usar e inicie la reacción.

Flujo de trabajo rápido y sencillo

El flujo de trabajo, rápido y sencillo, se completa en menos de 2 horas con un mínimo de intervención y se puede automatizar para ahorrar aún más tiempo y esfuerzo. La compatibilidad de este sencillo protocolo se ha comprobado en los termocicladores de qPCR de las principales marcas (véase la figura). Los ensayos de PCR con sonda LNA QuantiNova ofrecen un rendimiento uniforme en todos los termocicladores. Además, el ADNc generado en el paso de RT se puede utilizar en todo el sistema de PCR con sonda LNA QuantiNova, lo que permite una transición fluida de los ensayos a los paneles según las necesidades de su investigación, ahorrando tiempo y muestras.

Lo que necesita para comenzar a utilizar el sistema PCR QuantiNova LNA Probe

Transcripción inversa: Kit de transcripción inversa QuantiNova

Mezcla maestra para qPCR: Kit de PCR con sonda QuantiNova

qRT-PCR de un solo paso (opcional): Kit de RT-PCR con sonda QuantiNova

Ensayos o paneles:

Aplicaciones

- Análisis, perfilado y cuantificación de la expresión de ARNm y ARNlnc
- Validación de datos de expresión génica de RNA-seq
- Perfil de expresión genética
- Análisis de señales y vías
- Confirmación de la supresión de la expresión genética mediante LNA GapmeRs o siRNAs
- Desarrollo de biomarcadores, incluyendo detección, identificación y validación de biomarcadores asociados a enfermedades.
- Seguimiento de cambios fenotípicos relacionados con la expresión genética

Los ensayos personalizados de PCR de sonda LNA QuantiNova son muy adecuados para aplicaciones que incluyen:

También se pueden utilizar ensayos múltiples para examinar un panel específico de genes.