Qiagen, 250207, Ensayos de detección de ADN microbiano mediante dPCR

Un tubo con ensayo liofilizado, colorante (fluoróforo) configurable, 200 reacciones (reacción de 40 µl en Nanoplate 26k)

Características

- Ensayos prediseñados para la detección de especies microbianas, genes de virulencia o genes de resistencia a antibióticos.
- Ensayos para más de 800 objetivos
- Herramienta de diseño de ensayos personalizados para objetivos bacterianos, fúngicos o virales disponible en GeneGlobe
- La selección de colorante permite la multiplexación de hasta 12 objetivos por reacción
- Flujo de trabajo de dPCR simple y rápido en QIAcuity
- Combine ADN microbiano y ARN viral en una reacción utilizando el kit de sonda avanzada QIAcuity OneStep

Detalles del producto

La identificación y el perfil microbiano son de interés en diversos campos, como la salud humana, las pruebas de alimentos y piensos, y las pruebas ambientales. La identificación microbiana determina la presencia o ausencia de un microbio en una muestra, mientras que el perfil microbiano determina su expresión relativa en dos o más condiciones experimentales, lo que requiere una muestra de referencia y un normalizador.

Nuestros ensayos de detección de ADN microbiano por dPCR se dirigen a genes bacterianos, fúngicos, parasitarios, virales, de resistencia a antibióticos o de factores de virulencia. En el caso de las bacterias, los ensayos se dirigen al gen ARNr 16S, y en el de los hongos, a los genes de ARN ribosómico. Nuestro portafolio consta de más de 700 ensayos diferentes, 200 de los cuales se prueban mediante dPCR en laboratorio. Para dianas no cubiertas por nuestro portafolio de ensayos de dPCR microbianos prediseñados, ofrecemos una herramienta de diseño de ensayos personalizados fácil de usar para dianas bacterianas, fúngicas y virales.

Cada ensayo consta de un par de cebadores y una sonda de hidrólisis con un fluoróforo configurable. Los fluoróforos disponibles incluyen FAM, HEX, ROX, TAMRA, Cy5 y ATTO700, y pueden combinarse para analizar hasta doce dianas diferentes en una sola reacción de dPCR multiplex. También ofrecemos paquetes de ensayos dPCR 5-plex probados en laboratorio para analizar dianas comunes de interés; consulte la sección Aplicaciones a continuación para obtener más información. Para la reacción de dPCR, el ensayo se combina con el kit QIAcuity Probe PCR (dianas de ADN), el kit QIAcuity OneStep Advanced Probe (dianas de ARN) o el kit QIAcuity High Multiplex Probe PCR (para más de cinco dianas en una sola reacción).

El ensayo funciona junto con el sistema de PCR digital QIAcuity y las nanoplacas QIAcuity.

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Actuación

Detección precisa y exacta

Los ensayos de detección de ADN microbiano por dPCR y el sistema QIAcuity dPCR permiten una cuantificación digital precisa basada en PCR. El análisis del material de referencia del NIST mostró la concentración esperada de la plantilla de entrada. Para más detalles, consulte la figura «Cuantificación del estándar de referencia del NIST 8376 utilizando el ADNg de Shigella sonnei».

Rendimiento en multiplex

La detección de dianas microbianas mediante dPCR multiplex ofrece una configuración flexible de paneles pequeños en menos reacciones, lo que permite conservar muestras valiosas. El multiplexado también aumenta el rendimiento del análisis, ya que requiere menos pocillos de nanoplacas y aumenta el número de muestras que se pueden analizar en cada ejecución. Nuestros ensayos de detección de ADN microbiano mediante dPCR pueden combinarse para realizar análisis multiplex.

Puede combinar sus propios ensayos para multiplexación solicitando ensayos individuales con diferentes colorantes (FAM, HEX, TAMRA, ROX, Cy5 y ATTO700). También puede elegir entre nuestra oferta de paquetes de ensayos 5-plex, que ya han sido probados en laboratorio húmedo mediante dPCR por nuestros científicos. Otras combinaciones de los más de 700 ensayos prediseñados deben verificarse en su propio laboratorio.

Una comparación entre el análisis singleplex y multiplex con los ensayos de detección de ADN microbiano por dPCR muestra una cuantificación similar y altamente precisa para todos los objetivos. Además de la cuantificación precisa de los objetivos, una prueba de dPCR de 12 plex también muestra una detección altamente específica de diferentes patógenos microbianos del agua.

Principio

Los ensayos prediseñados de detección de ADN microbiano y los ensayos microbianos de dPCR personalizados están diseñados para su uso en PCR digital en nanoplacas. Cada ensayo se basa en la amplificación por PCR de punto final de una región genética específica de la especie del microbio en cuestión o de una región de un gen microbiano individual. El producto amplificado se detecta mediante sondas de hidrólisis fluorescentes específicas para la diana, lo que mejora la especificidad del ensayo.

Los ensayos de detección de ADN microbiano mediante dPCR para la detección de especies bacterianas se centran en los genes del ARN ribosómico, principalmente el gen del ARN ribosómico 16S, y se diseñaron utilizando la base de datos GreenGenes para secuencias 16S y secuencias de ADN de cepas tipo, depositadas en el NCBI. Los ensayos para especies fúngicas, virales y metazoarias se centran en diferentes regiones genéticas específicas, incluyendo genes del ARN ribosómico y otros genes marcadores individuales, todos depositados en el NCBI. Se utilizaron diversas bases de datos para el diseño de ensayos para genes de resistencia a antibióticos (p. ej., lahey.org, ARDB, etc.) y genes de factores de virulencia (p. ej., VFDB).

Los ensayos microbianos de dPCR personalizados se crean con nuestro software de diseño de ensayos personalizado, basado en un algoritmo sofisticado y rigurosamente probado, desarrollado específicamente para dianas microbianas. Esto garantiza que cada diseño de ensayo cumpla con estrictos criterios de rendimiento para ofrecer ensayos robustos y de alta calidad con una sensibilidad y especificidad óptimas.

Aquí se describe el principio de la reacción dPCR en las nanoplacas.

Procedimiento

El protocolo del ensayo de detección de ADN microbiano dPCR y de los ensayos microbianos dPCR personalizados es sencillo y se puede realizar en cualquier laboratorio con el instrumento QIAcuity dPCR. El ADN se aísla de la muestra y se añade a la mezcla maestra de sondas QIAcuity lista para usar y al agua sin ADN microbiano (agua UCP). Esta mezcla se divide en alícuotas en cada pocillo de la preplaca dPCR, que contiene conjuntos de cebadores y sondas de hidrólisis previamente dispensados. Las mezclas de reacción se transfieren de la preplaca a los pocillos de una nanoplaca dPCR, que luego se sella y se transfiere al instrumento QIAcuity dPCR (véase la figura Un flujo de trabajo sencillo y rápido basado en placas). Los pasos de partición, ciclado y obtención de imágenes están completamente automatizados por el instrumento QIAcuity dPCR siguiendo los parámetros preestablecidos. Dependiendo del protocolo de ciclado, los resultados de la ejecución de dPCR se pueden analizar en el paquete de software QIAcuity después de aproximadamente 2 horas (ver la figura dPCR microbiana en aproximadamente 2 horas con un tiempo mínimo de intervención).

Aplicaciones

ID de paquete: Campo de aplicación
WW-001: Aguas residuales 1
WW-002: Aguas residuales 2
WW-003: Aguas residuales 3
HM-001: Microbioma humano 1
PB-001: Probióticos 1
RG-001: Genes de resistencia 1
RG-002: Genes de resistencia 2
VG-001: Genes de virulencia 1
CP-001: Producción de cannabis 1
HM-002: Microbioma humano 2
RG-003: Genes de resistencia 3
VG-002: Genes de virulencia 2
VG-003: Genes de virulencia 3

Los ensayos de detección de ADN microbiano mediante dPCR son ideales para la detección de especies bacterianas, fúngicas y virales, así como de genes de resistencia a antibióticos o factores de virulencia. Permiten analizar diversas muestras, como heces, esputo, hisopado vaginal, aguas residuales y otras.

Además, la herramienta de diseño de ensayos microbianos dPCR personalizados permite diseñar sin problemas ensayos para cualquier objetivo microbiano (bacterias, hongos, virus) de interés no cubierto por nuestros ensayos de detección de ADN microbiano dPCR prediseñados.

Paquetes de 5 plex probados en laboratorio húmedo con dPCR

* F: FAM, H: HEX, T: TAMRA, R: ROX o C: Cy5