Qiagen, 333175, Panel humano personalizado QIAseq xHYB

El panel humano personalizado QIAseq xHYB solo incluye los conjuntos de sondas personalizados necesarios para la captura de hibridación, así como 12 reacciones de captura híbrida, que normalmente son suficientes para 96 ​​muestras.

Características

- El algoritmo flexible de diseño de sonda personalizada permite una excelente cobertura de la región objetivo
- Detección de alta sensibilidad de variantes con frecuencias alélicas bajas
- Flujo de trabajo de un solo día con flexibilidad de captura híbrida que va desde 30 minutos hasta la noche.
- Flujo de trabajo compatible con la automatización

Detalles del producto

- Panel totalmente personalizado: Panel creado para orientarse a las regiones de interés (ROI) del cliente
- Flexibilidad para usar con paneles existentes: Panel diseñado para combinarse con uno de los paneles de captura híbridos humanos QIAseq xHYB u otro panel personalizado
- Mejore el panel existente (sin límite en el ROI): Panel diseñado para mejorar el ROI con sondas adicionales para una mayor cobertura

Los paneles humanos personalizados QIAseq xHYB ofrecen una solución flexible de personalización basada en captura híbrida que permite la secuenciación selectiva de ADN, desde la muestra hasta la información, mediante secuenciación de nueva generación (NGS). La rápida y eficiente tecnología de captura por hibridación de QIAGEN facilita un enriquecimiento altamente uniforme de las secuencias diana y permite la detección integral de variantes con un mínimo esfuerzo de secuenciación.

El flujo de trabajo flexible xHYB permite la hibridación simultánea de hasta ocho bibliotecas de secuenciación del genoma completo (WGS) indexadas en tan solo 30 minutos a partir de una entrada de tan solo 200 ng por biblioteca WGS para producir bibliotecas altamente complejas.

Para la personalización de objetivos enriquecidos, QIAGEN ofrece estas opciones:

Actuación

Los ensayos QIAseq xHYB ofrecen una uniformidad de cobertura excepcional, independientemente del contenido de GC de las dianas del panel. Esta uniformidad facilita una cobertura de dianas >99% a nivel base con una precisión ≥20x. Permite la detección exhaustiva y sensible de variantes (sensibilidad combinada >98% para SNV e indels), minimizando al mismo tiempo los abandonos.

Principio

El exoma y otros tipos de perfiles genómicos completos (CGP) se han utilizado con creciente frecuencia en los últimos 10 años. Los CGP ofrecen una forma eficiente y rentable de detectar variantes asociadas a enfermedades, en comparación con la secuenciación del genoma completo (WGS).

La captura híbrida es un método eficiente de enriquecimiento de dianas para la construcción de bibliotecas NGS. Las sondas de diana biotinaladas (complementarias en secuencia a sus dianas) están diseñadas como cebos para capturar las dianas de una biblioteca de moléculas de ADN. Una vez hibridadas las sondas con sus dianas, estos híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina mediante la interacción con la etiqueta de biotina de las sondas. A continuación, se utiliza un imán para mantener estas microesferas con los híbridos sonda-diana en el lateral del tubo, mientras que el resto del ADN no de interés se elimina, reduciendo los efectos fuera de la diana. Tras eliminar el ADN no unido, las dianas se amplifican y se preparan para la secuenciación.

Procedimiento

Kit de biblioteca QIAseq: Aplicación
Kits de biblioteca de ADN QIAseq FX: Fragmentación enzimática de ADN genómico Fragmentación enzimática de ADN comprometido con formalina
Kits de biblioteca de entrada ultrabaja QIAseq: corte físico de ADN genómico Corte físico de ADN comprometido con formalina Preparación de biblioteca a partir de cfDNA

Generación de bibliotecas WGS indexadas

Las bibliotecas WGS se preparan en el primer paso, antes del enriquecimiento mediante captura híbrida. Recomendamos las siguientes preparaciones de bibliotecas WGS (adquiridas por separado), que incluyen adaptadores QIAseq Unique Dual-Index (UDI) o Combinatorial Dual-Index (CDI). Son totalmente compatibles con el flujo de trabajo del panel humano personalizado QIAseq xHYB y permiten la multiplexación de hasta 384 muestras por ciclo de secuenciación. Ambos kits son compatibles con ADN genómico derivado de diversos tipos de muestras, como sangre completa, células, tejidos, saliva, muestras FFPE y ADNcf.

Kits de biblioteca de ADN QIAseq FX: flujo de trabajo de preparación de biblioteca WGS de 2,5 horas con fragmentación enzimática de ADN, reparación de extremos y ligadura de adaptadores, seguido de amplificación de la biblioteca.

Kit de entrada ultrabaja QIAseq: para ADN bicatenario que ha sido fragmentado enzimáticamente, químicamente, mecánicamente o de forma natural: este kit construye bibliotecas WGS mediante pulido de extremos, ligadura de adaptadores y amplificación de bibliotecas.

Tabla 1. Kits de preparación de bibliotecas recomendados para utilizar en la captura de hibridación

Enriquecimiento de ROI a partir de ADN genómico humano

Los fragmentos indexados de las bibliotecas WGS se unen a sondas de captura de ADN bicatenario biotinilado con tiempos de hibridación muy flexibles, que van desde 30 minutos hasta una noche de incubación. Los fragmentos unidos se inmovilizan en microesferas de estreptavidina y los fragmentos no diana se eliminan por lavado. Los fragmentos enriquecidos de la biblioteca se amplifican mediante una mezcla patentada de amplificación post-captura que permite la amplificación uniforme de regiones de ADN con contenidos de GC muy diferentes, lo que minimiza el sesgo de secuenciación causado por la PCR.

Análisis

Tras finalizar la secuenciación, los archivos FASTQ se cargan en QIAGEN CLC Genomics Workbench para su filtrado, mapeo de lecturas y búsqueda de variantes. El resultado del VCF se carga posteriormente en QIAGEN Clinical Insight, lo que permite una cascada de filtrado de variantes que facilita la priorización de variantes para una interpretación basada en la evidencia.

Aplicaciones

- Identificación de genes de enfermedades para trastornos raros y hereditarios
- Genética de poblaciones y detección de portadores
- Vías y mecanismos de las enfermedades humanas
- Mecanismos de infección patógenos

El panel personalizado QIAseq xHYB se puede utilizar en una variedad de aplicaciones que utilizan secuenciación dirigida, como las siguientes: