Qiagen, 333220, Kit de mezcla maestra de alta fidelidad QIAseq 2x (2,8 ml)

Incluye 2 x 1,44 ml de QIAseq 2x Hi-Fi DNA Mastermix

Características

- Comience con 1–1000 ng de ARN total o ARNm enriquecido
- El reactivo de eliminación de ARN QIAseq FastSelect integrado suprime el ARN ribosómico u otros ARN no deseados
- La codificación de barras de muestra después de la transcripción inversa garantiza que no haya confusiones de muestras
- Incluye protocolos para la construcción de bibliotecas para el transcriptoma completo o 3' RNA-seq comenzando con ARN total o ARNm enriquecido
- Incluye acceso al mapeo de lectura de ARN-seq en línea, expresión genética diferencial y análisis de vías mediante el Portal de análisis de ARN-seq para especies compatibles

Detalles del producto

Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq FastSelect utilizan un flujo de trabajo sencillo y rápido para una transcriptómica completa a partir de 1 ng de ARN total. Este sencillo flujo de trabajo utiliza los reactivos de eliminación de ARN FastSelect para suprimir el ARN ribosómico y otros ARN no deseados, lo que permite la expresión génica y la identificación de transcripciones en diversos sistemas modelo, como humanos, ratones, ratas y especies relacionadas, plantas, levaduras, peces cebra, moscas, gusanos y bacterias. Los investigadores también pueden utilizar kits de enriquecimiento de ARNm (se venden por separado) y centrar la construcción de bibliotecas de ARN-seq en ARNm codificantes de proteínas. Al combinarse con los kits de índice QIAseq UX Index IL UDI (se venden por separado), se pueden combinar 768 muestras individuales para obtener una única línea de celdas de flujo de secuenciación.

La solución completa incluye acceso en línea al portal de análisis de ARN-seq (para las especies compatibles), lo que permite a los investigadores comenzar con archivos FASTQ y realizar alineamiento de lecturas, expresión génica diferencial y análisis de vías. Además, los ensayos de qPCR y PCR digital para verificación biológica se pueden identificar fácilmente en QIAGEN GeneGlobe tras el análisis de datos. Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq FastSelect también son compatibles con el software local a través de CLC Genomics Workbench de QIAGEN (se vende por separado).

Las bibliotecas de ARN-seq finales creadas utilizando los kits de biblioteca de ARN QIAseq FastSelect conservan la cadena y la direccionalidad de la transcripción original, lo que aumenta la precisión de las transcripciones mapeadas finales y la cuantificación.

Actuación

Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq FastSelect son versátiles y contienen todos los reactivos necesarios para crear bibliotecas de secuenciación de ARN de cadena para transcriptómica completa o secuenciación de ARN 3', según el flujo de trabajo seleccionado y el tipo de ARN utilizado. Esto permite a los investigadores elegir el tipo de biblioteca adecuado en función del ARN de entrada, el instrumento de NGS, el presupuesto de lectura y los objetivos generales del proyecto. Se han creado con éxito bibliotecas de secuenciación de ARN a partir de ARN total de alta calidad, ARN FFPE fragmentado y ARNm enriquecido. Para ver datos de demostración, inicie sesión en el Portal de Análisis de Secuenciación de ARN y acceda a la carpeta Biblioteca de ARN QIAseq FastSelect.

Principio

Los kits de biblioteca de ARN QIAseq FastSelect tienen varias ventajas innovadoras en comparación con otros kits de biblioteca de ARN:

En primer lugar, la integración de QIAseq FastSelect en el flujo de trabajo permite la eliminación rápida y eficiente del ARN ribosómico durante la reacción de síntesis de ADNc. En un solo paso, QIAseq FastSelect elimina hasta el 99 % del ARNr no deseado, incluso al comenzar con muestras complejas o en casos donde el ARN ya está degradado, como las muestras fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE).

En segundo lugar, durante la transcripción inversa, cada transcripción incorpora un identificador de muestra único. Tras la transcripción inversa, se pueden rastrear las muestras para evitar confusiones. Durante la indexación de muestras y la amplificación final de la biblioteca, se pueden utilizar hasta 768 índices duales únicos diferentes.

Se proporciona un protocolo alternativo que permite la agrupación de ADNc tras el paso de transcripción inversa. Al utilizar la agrupación de ADNc, se pueden secuenciar más de 10 000 muestras juntas en una sola línea de celda de flujo.

Procedimiento

El ARN total o el ARNm enriquecido se calienta y luego se enfría gradualmente para que QIAseq FastSelect bloquee el ARN ribosómico y el ARN no deseado. A continuación, el ARN tratado se transcribe de forma inversa a ADNc. Los investigadores eligen los cebadores de transcripción inversa que utilizarán para crear sus bibliotecas de secuenciación de ARN: hexámeros aleatorios, oligo-dt o una combinación de ambos cebadores para una cobertura completa del ARN. Durante el proceso de transcripción inversa, cada muestra recibe un identificador único para evitar confusiones.

Tras la síntesis de ADNc, cada biblioteca se amplifica y se añaden índices duales únicos mediante los kits de índices QIAseq UX en un solo paso de PCR. Las bibliotecas se cuantifican para determinar el rendimiento y el tamaño de los fragmentos, se agrupan y, a continuación, se secuencian en un instrumento Illumina NGS. Se puede utilizar un paso de agrupación opcional tras la síntesis de ADNc para simplificar la construcción de la biblioteca y aumentar el número de muestras por secuenciación.

El flujo de trabajo completo desde el ARN total hasta la biblioteca lista para secuenciar generalmente toma menos de 5 horas de tiempo total, con solo 2,5 horas de tiempo práctico.

Para el análisis de datos de secuenciación de ARN, los archivos FASTQ se pueden cargar en QIAGEN GeneGlobe para su uso con el Portal de Análisis de Secuenciación de ARN para la demultiplexación de muestras, la expresión génica diferencial y el análisis de vías. Esta herramienta en línea contiene secuencias de secuenciación de nueva generación (NGS) de uso común y algoritmos diseñados específicamente para las bibliotecas QIAseq FastSelect. Simplemente cargue o transfiera sus archivos FASTQ y configure los experimentos sin necesidad de descargar ni invertir en hardware ni software.

Aplicaciones

Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq FastSelect permiten la construcción de bibliotecas de secuenciación de ARN de cadena para la identificación de transcripciones, el descubrimiento de genes de fusión y la expresión génica de alto rendimiento. El ARN de entrada puede ser de alta calidad o fragmentado, lo que permite crear bibliotecas de secuenciación de ARN de tejidos, exosomas, muestras FFPE y líneas celulares. También se admite ARN de muestras eucariotas, procariotas y de hongos.