Qiagen, 333382, Panel mitocondrial QIAseq xHYB 24

El panel mitocondrial QIAseq xHYB contiene solo grupos de enriquecimiento para añadir a otros productos xHYB o del exoma; para 24 muestras

Características

- Paneles para cubrir genes completos curados por HGMD y secuencias codificantes de proteínas (CDS)
- Flujo de trabajo de un solo día con flexibilidad de captura híbrida que va desde 30 minutos hasta la noche.
- Penalización de base fold-80 reducida que maximiza la cobertura del objetivo y reduce el costo de secuenciación
- Elimine los cuellos de botella de datos y reduzca el tiempo de respuesta general con un análisis rápido de datos y una interpretación de variantes.

Detalles del producto

El portafolio QIAseq xHYB consta de múltiples paneles de gran tamaño que se centran en regiones genómicas con variantes genómicas relevantes conocidas. El contenido se ha creado aprovechando la información de variantes de la Base de Datos de Mutaciones Genéticas Humanas (HGMD) y ofrece una amplia cobertura de regiones en más de 10 000 genes. El diseño optimizado de la sonda proporciona una cobertura eficiente incluso de las regiones genómicas más complejas, como las regiones con alto contenido de GC.

El portafolio humano QIAseq xHYB maximiza la utilización de lecturas y reduce los costos de secuenciación hasta en un 50%, a la vez que proporciona llamadas de SNV, indel y CNV de alta calidad con un diseño optimizado. El panel ofrece una cobertura del 99% a nivel base con una profundidad ≥20x, lo que permite una sensibilidad combinada >98% para SNV e indel, a la vez que minimiza los abandonos. El flujo de trabajo de secuenciación de muestra a secuenciación, compatible con automatización y de un solo día, es >33% más rápido que otros flujos de trabajo de exoma y ofrece una uniformidad de cobertura excepcional con tiempos de hibridación variables, en tan solo 30 minutos (incluso con muestras FFPE y cfDNA).

El portafolio incluye contenido seleccionado asociado con variantes de todo el exoma en el Panel de Exomas Accionable QIAseq xHYB y más de 400 genes relacionados con el estado de portador con el Panel de Portadores QIAseq xHYB. Además, el Panel Mitocondrial QIAseq xHYB ofrece un enriquecimiento del genoma mitocondrial completo. El flujo de trabajo, fácil de automatizar, también se puede complementar con el Kit de Automatización QIAseq xHYB, que incluye todos los consumibles necesarios para el enriquecimiento. Este kit cumple con una amplia gama de requisitos en cualquier plataforma de automatización.

Las bibliotecas de precaptura se preparan con reactivos de preparación de bibliotecas QIAseq FX compatibles con UDI, que generan enzimáticamente hasta 384 bibliotecas únicas de doble indexación en un flujo de trabajo de 2,5 horas. Los kits de bibliotecas QIAseq cfDNA y los kits de bibliotecas QIAseq Ultralow Input también ofrecen una mayor compatibilidad con otros tipos de muestras. Los kits de bibliotecas se adquieren por separado (véase más abajo). El enriquecimiento del exoma se realiza con los kits de exoma humano QIAseq, que incluyen sondas de exoma, microesferas de estreptavidina y reactivos de enriquecimiento y amplificación.

Actuación

- Utilización de lectura maximizada que resulta en una reducción de hasta el 50% en los costos de secuenciación
- Un flujo de trabajo de secuenciación de muestras compatible con la automatización, de un solo día, que es al menos un 33 % más rápido que otros flujos de trabajo de exomas
- Flujos de trabajo de análisis e interpretación de variantes preoptimizados que reducen la carga de interpretar las decenas de miles de variantes que resultan de la secuenciación del exoma.

La cartera QIAseq xHYB ofrece una uniformidad de cobertura excepcional independientemente de la composición GC del contenido del panel de los objetivos, lo que facilita una cobertura de nivel base de >99 % de los objetivos a ≥20x e impulsa la detección integral y sensible de variantes (>98 % de sensibilidad combinada para SNV e indeles) al tiempo que minimiza la pérdida.

El exoma humano QIAseq proporciona:

La detección de CNV se habilita fácilmente gracias a la excepcional uniformidad de cobertura que ofrece el panel, en combinación con el flujo de trabajo preoptimizado QIAseq Human Exome de QIAGEN CLC Genomics Workbench. Este enfoque proporciona información adicional que no se puede obtener fácilmente con otras soluciones de secuenciación de exomas disponibles comercialmente.

Principio

El exoma y otros tipos de perfil genómico integral (CGP) se han adoptado ampliamente en los últimos 10 años como una forma eficiente de cribar el genoma en busca de mutaciones asociadas a enfermedades. Al centrar las lecturas en regiones codificantes seleccionadas, que albergan más del 80 % de las mutaciones causantes de enfermedades, se aumenta la probabilidad de identificar variantes asociadas a enfermedades. Al mismo tiempo, la cantidad de secuenciación necesaria se reduce en un 99 % en comparación con los genomas completos, lo que minimiza significativamente el coste de la secuenciación.

El método se basa en el enfoque de captura híbrida para el enriquecimiento de dianas, donde se diseñan sondas, complementarias en secuencia a sus dianas, que funcionan como cebos para extraer su diana de una biblioteca de moléculas de ADN. Una vez hibridadas las sondas con sus dianas, estos híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina mediante la interacción con la etiqueta de biotina de las sondas. A continuación, se utiliza un imán para mantener estas microesferas con los híbridos sonda-diana en el lateral del tubo, mientras que el resto del ADN no de interés se elimina, reduciendo los efectos fuera de la diana. Tras eliminar el ADN no unido, las dianas se amplifican y se preparan para la secuenciación.

Una vez generadas las bibliotecas de precaptura, se hibridan con las sondas del exoma. Tras la hibridación, los híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina y se lavan para garantizar su rigurosidad. Las bibliotecas enriquecidas con exoma se amplifican y preparan para su secuenciación en sistemas Illumina. Los FASTQ resultantes se cargan en el flujo de trabajo QIAseq Human Exome, dentro de QIAGEN CLC Genomics Workbench, para su filtrado, mapeo de lecturas y selección de variantes. El resultado del VCF se carga posteriormente en QIAGEN Clinical Insight para QIAseq, lo que permite una cascada de filtrado de variantes que facilita la priorización de variantes para una interpretación basada en la evidencia.

El portafolio QIAseq xHYB ofrece un flujo de trabajo escalable, de un solo día y compatible con la automatización, que se adapta a sus necesidades específicas o a los requisitos de su aplicación. Compatible con ADN de alta calidad, así como con ADNcf y ADN de muestras FFPE, se logra una uniformidad de cobertura excepcional y una identificación de variantes de alto rendimiento con tiempos de hibridación variables.

Procedimiento

El portafolio QIAseq xHYB aprovecha la preparación de bibliotecas QIAseq FX para generar bibliotecas altamente complejas e imparciales, incluso a partir de muestras de menor calidad, como ADN derivado de FFPE, en tan solo 2,5 horas. Además, los productos QIAseq xHYB son compatibles con la preparación de bibliotecas QIAseq cfDNA. Las bibliotecas pueden generarse a partir de ADN genómico fragmentado enzimáticamente, ADN genómico cizallado físicamente y ADN circulante libre de células (ccf). Según el tipo de ADN de entrada, recomendamos utilizar los siguientes kits de preparación de bibliotecas: Kits de biblioteca de ADN QIAseq FX, Kits de biblioteca de entrada ultrabaja QIAseq y Kits de biblioteca QIAseq cfDNA (consulte el Manual del exoma humano de QIAseq para obtener más información).

El portafolio QIAseq xHYB utiliza un enfoque de enriquecimiento de dianas basado en la captura de hibridación para enriquecer específicamente secuencias seleccionadas del genoma humano asociadas con variantes conocidas de bibliotecas de genoma completo indexadas. El flujo de trabajo flexible permite la captura simultánea de hibridación de hasta 8 muestras con tan solo 200 ng de entrada por biblioteca.

Aplicaciones

Característica: Exoma procesable
Tamaño del panel: 12,3 Mb
Tipo de kit: Completo
Genes: más de 10.000

- Identificación de genes de enfermedades para trastornos raros y hereditarios
- Genética de poblaciones y detección de portadores
- Estudio de las vías y mecanismos de las enfermedades humanas.
- Estudio de los mecanismos de infección patógenos

La adopción generalizada de la secuenciación del exoma ha impulsado diversos enfoques más rentables para la investigación de enfermedades. Los kits de exoma humano QIAseq pueden utilizarse en diversas aplicaciones que utilizan la secuenciación del exoma, como:

Identificación de genes de enfermedades y análisis de mutaciones para trastornos raros y hereditarios

La secuenciación completa del exoma para enfermedades raras puede realizarse como exomas individuales (solo probando [afectado]) o como secuenciación en trío. Si bien el enfoque de solo probando es más rentable, suele resultar en un número mucho mayor de variantes en comparación con la secuenciación en trío, donde también se secuencian ambos progenitores biológicos para descartar mutaciones particulares e inconsistencias mendelianas, reduciendo así el conjunto de variantes para una mayor investigación.

Para el análisis de mutaciones en trastornos hereditarios, la secuenciación del exoma también se está convirtiendo en un enfoque ampliamente utilizado. Al adoptar un exoma como un panel amplio a partir del cual se pueden cribar conjuntos de genes relacionados con enfermedades, los laboratorios ahorran en costos de reactivos. Además, pueden implementar flujos de trabajo más estandarizados, especialmente para la automatización, lo que reduce la introducción de errores de tipo II. Además, con el rápido crecimiento del conocimiento sobre las enfermedades humanas, la necesidad de actualizar constantemente los paneles se mitiga al tener un exoma como panel base, ya que este ya representa todas las regiones codificantes del genoma humano.

Genética de poblaciones y detección de portadores

El estudio de la patogénesis de enfermedades raras y complejas se complica por la contribución de alelos raros que pueden existir en poblaciones específicas y variantes con un amplio espectro de frecuencias alélicas que varían según la etnia. La secuenciación del exoma ha sido una herramienta ampliamente utilizada para perfilar diversas poblaciones en busca de estas variantes y comprender mejor sus frecuencias dentro de estos grupos específicos. Esto permite una mejor cuantificación del riesgo de ser portador, especialmente en el caso de enfermedades debilitantes, lo que permite a las parejas planificar mejor y tomar decisiones informadas, y comprender la susceptibilidad a los trastornos más comunes que afectan la calidad de vida general o los costos de atención médica a lo largo de la vida.

Estudio de las vías y mecanismos de las enfermedades humanas

La utilidad de los exomas va más allá de la simple identificación de la variante causante de la enfermedad. En el esfuerzo por comprender los mecanismos que alimentan y regulan las vías directamente implicadas en la progresión de la enfermedad, generalmente con la intención de identificarlas para el tratamiento, los exomas también se han convertido en una herramienta útil en combinación con la secuenciación del transcriptoma. Mediante la secuenciación del exoma, se pueden identificar otras variantes que podrían actuar como modificadores, destacando así las vías reguladoras candidatas.

Estudio de los mecanismos de infección patógenos

Es importante comprender los mecanismos de infección bacteriana o viral, así como los factores que predisponen a las personas a la infección, para diseñar medidas preventivas y terapéuticas que contrarresten la propagación de enfermedades. La secuenciación del exoma proporciona un enfoque que ayuda a identificar mutaciones en proteínas, ya sea expresadas en la superficie celular o implicadas en otros mecanismos de transporte, que podrían facilitar la entrada del patógeno y su proliferación en el entorno del huésped humano. Este tipo de estudios se estructura de forma muy similar a los estudios poblacionales, en los que los resultados se correlacionan con metadatos sobre la enfermedad en la población para establecer resultados significativos.