Qiagen, 333491, índice QIAseq Targeted DNA Pro L (12)

Caja que contiene oligos para indexar hasta 12 muestras para la secuenciación del panel QIAseq Targeted DNA Pro en plataformas Ion Torrent

Características

- Menos de 6 horas de tiempo total de respuesta desde la configuración hasta la secuenciación
- Flexibilidad para multiplexar bibliotecas QIAseq Targeted DNA Pro con otras químicas
- Nuevo proceso enzimático para prevenir la contaminación por arrastre de adaptadores y cebadores, eliminando las purificaciones de microesferas que consumen mucho tiempo.
- Revelar variantes estructurales con puntos de ruptura definidos a nivel de nucleótidos que abarcan múltiples exones, además de SNP e indeles.

Detalles del producto

Los paneles QIAseq Targeted DNA Pro establecen un nuevo estándar para la genotipificación mediante NGS. Las principales innovaciones de esta nueva química proporcionan mayor facilidad de uso, eficiencia y un análisis de variantes más completo. Esta tecnología de enriquecimiento de dianas de ADN altamente optimizada ofrece una solución automatizada que facilita simultáneamente la detección ultrasensible de variantes mediante índices moleculares únicos (UMI) integrados. Es una herramienta potente para la detección de variaciones genéticas, incluyendo mutaciones somáticas, polimorfismos de un solo nucleótido, variación en el número de copias y pequeñas inserciones/deleciones. Además de nuestros paneles de catálogo, se crean fácilmente diseños totalmente personalizados. Los kits están optimizados para su uso con nuestros primers de doble índice únicos QIAseq Targeted Pro Panel para sistemas de secuenciación Illumina, así como con adaptadores compatibles con Ion para la secuenciación en plataformas Ion.

Actuación

Compatibles con diversos tipos de muestras, como células, tejidos y biofluidos, los paneles de catálogo se centran en la región codificante completa de oncogenes y genes supresores de tumores relevantes, así como en variantes somáticas y germinales relacionadas con el cáncer, procesables e interpretables. Basándonos en nuestra experiencia en el uso de UMI para corregir errores de PCR y secuenciación, junto con nuestro enriquecimiento de dianas altamente específico, los paneles QIAseq Targeted DNA Pro ofrecen un flujo de trabajo optimizado para la preparación de bibliotecas que tarda menos de 6 horas con un mínimo tiempo de intervención. La simplicidad de los paneles QIAseq Targeted DNA Pro es ideal para la detección rutinaria de mutaciones de cáncer conocidas y nuevas en cualquier laboratorio de investigación con acceso a las plataformas NGS de Illumina e Ion Torrent.

Principio

Los paneles QIAseq Targeted DNA Pro se suministran como mezclas de cebadores en un solo tubo para una única reacción de secuenciación, con la cantidad de plantilla necesaria, que varía de 10 a 80 ng para ADN fresco o de 100 a 250 ng para ADN fijado en formalina e incluido en parafina (FFPE). Debido a la naturaleza fragmentada y modificada de las muestras de ADN FFPE, muchos flujos de trabajo de construcción de bibliotecas NGS tienen una baja tasa de recuperación del ADN FFPE, mientras que QIAseq Targeted DNA Pro incorpora un paso de reparación del ADN FFPE sin interrupciones antes de la construcción de la biblioteca. Su química especialmente formulada logra un enriquecimiento altamente eficiente incluso en regiones ricas en GC. Además, las bibliotecas QIAseq Targeted DNA Pro se pueden secuenciar con los cebadores de secuenciación predeterminados de Illumina y son compatibles con la mayoría de los secuenciadores Illumina de rendimiento medio a alto. Los métodos alternativos de construcción de bibliotecas de ADN dirigido tienen múltiples pasos de limpieza de microesferas que requieren mucha mano de obra y dan como resultado un rendimiento de biblioteca inconsistente. Al sustituir los pasos de limpieza de microesferas por procesos enzimáticos tras los pasos de ligadura y enriquecimiento de la diana, QIAseq Targeted DNA Pro permite un flujo de trabajo altamente eficiente y fácil de automatizar. Las herramientas de análisis de datos se han optimizado para una identificación de variantes fluida, y las soluciones QIAGEN Digital Insights ofrecen funciones de análisis adicionales.

Procedimiento

El flujo de trabajo completo para los paneles QIAseq Targeted DNA Pro abarca desde el ADN extraído hasta las bibliotecas listas para secuenciar en un plazo de 6 horas. El ADN extraído se fragmenta, las dianas genómicas se codifican molecularmente y se enriquecen, y las bibliotecas se construyen mediante una limpieza enzimática tras la ligadura y el enriquecimiento de la diana. El análisis de datos se realiza mediante el flujo de trabajo del software QIAseq Targeted DNA Pro Analysis o QIAGEN CLC Genomics Workbench. Además, las variantes detectadas se pueden anotar con QIAGEN Clinical Insight Interpret para QIAseq.

Aplicaciones

- SNV
- Pequeñas indeles
- CNV
- Seleccionar variantes estructurales con puntos de ruptura bien caracterizados
- Pérdida de heterocigosidad (LOH)

- FFPE
- Plasma/suero
- Tejido fresco o congelado
- Líneas celulares

- Perfiles de variantes de ADN en tumores sólidos y neoplasias hematológicas
- Detección de puntos calientes en tumores sólidos
- Examen de variantes en el ADN mitocondrial

Los paneles QIAseq Targeted DNA Pro se pueden utilizar para identificar una variedad de variantes de ADN de una amplia gama de tipos de muestras para muchas aplicaciones.

Variantes del ADN:

Tipos de muestra:

Aplicaciones: