Qiagen, 333535, Panel potenciador de ADN dirigido QIAseq (96)

Conjunto de primers utilizados en combinación con paneles catalogados o personalizados

Características

- Secuenciación digital habilitada por códigos de barras moleculares para eliminar duplicados de PCR
- La solución completa Sample to Insight agiliza el flujo de trabajo
- La compatibilidad con ADN de baja calidad permite una secuenciación eficiente de muestras FFPE y cfDNA
- Aporte mínimo de ADN para preservar muestras valiosas
- Buffers y condiciones optimizados para lograr una alta cobertura de regiones ricas en GC

Detalles del producto

Los paneles de ADN dirigidos QIAseq se han desarrollado como una solución integral de Sample to Insight para la secuenciación digital de ADN mediante códigos de barras moleculares. La secuenciación digital de ADN es un enfoque único para detectar variantes de baja frecuencia con alta fiabilidad, eliminando los problemas de duplicados de PCR, falsos positivos y sesgo de biblioteca.

Cada panel es una solución integral, independiente de la plataforma NGS, que contiene todos los componentes necesarios para construir bibliotecas a partir de dianas genómicas enriquecidas. El diseño de cebadores se basa en la tecnología de enriquecimiento QIAseq, en la que cada diana genómica se enriquece con un cebador específico y un cebador universal. Esta estrategia elimina la restricción convencional de dos cebadores específicos y reduce la cantidad de cebadores necesarios. Todos los cebadores necesarios para un panel se agrupan en un pool de cebadores individual para reducir la manipulación del panel y el número de pools necesarios para el enriquecimiento y la construcción de la biblioteca. Los índices específicos de la plataforma, almacenados en un pool independiente, permiten la multiplexación de hasta 384 muestras por secuenciación.

Actuación

- Precisión: La secuenciación digital innovadora (que incorpora códigos de barras moleculares) elimina la duplicación de PCR y los artefactos de amplificación para detectar variantes de baja frecuencia con alta confianza (ver figura Principio de códigos de barras moleculares).
- Especificidad: La combinación única de nuestro algoritmo de diseño de cebadores patentado y las pruebas rigurosas de cada ensayo de cebadores garantizan una alta especificidad y resultados precisos.
- Uniformidad: el flujo de trabajo del panel de ADN dirigido QIAseq se ha optimizado para ofrecer resultados de secuenciación altamente uniformes, a fin de garantizar que la capacidad de secuenciación se utilice de manera muy eficiente (consulte la figura Uniformidad).
Sensibilidad: El enfoque de secuenciación digital de ADN está optimizado para ofrecer alta fiabilidad en la identificación de variantes de ADN de baja frecuencia. Sensibilidad superior al 90 % para el 1 % del SNP NA12878 e indel en la región codificante típica, con menos de 15 falsos positivos por megaregión de bases al detectar variantes con un diseño de cebadores en mosaico que cubre la región codificante completa de cada gen.
- Universalidad: La química utilizada en los paneles de ADN específicos de QIAseq y el flujo de trabajo es compatible con regiones genómicas regulares y ricas en GC, lo que permite lograr una cobertura del 100% de genes ricos en contenido de GC, como CEBPA y CCND1 (ver figura: cobertura de regiones genómicas ricas en GC)
Flexibilidad: Los paneles de ADN dirigidos de QIAseq ofrecen un alto grado de flexibilidad en la multiplexación de contenido y muestras. Se han desarrollado varios paneles catalogados para una amplia gama de aplicaciones. También se puede crear un panel personalizado para un contenido específico o ampliar el contenido de un panel catalogado existente. Se pueden multiplexar hasta 384 muestras utilizando los índices de QIAseq.

Principio

Los duplicados de PCR son un problema importante en la secuenciación dirigida de ADN, ya que, mediante la amplificación por PCR, convierten moléculas de ADN únicas en moléculas de ADN idénticas que no se pueden distinguir entre sí. Además, los errores de la amplificación y secuenciación por PCR también pueden estar presentes en las lecturas finales, lo que provoca variantes de falsos positivos en los resultados de la secuenciación. Esto, a su vez, impide identificar con seguridad las variantes de ADN presentes en bajas frecuencias en el material de ADN inicial. Para superar el problema de los duplicados de PCR y los artefactos de amplificación, los paneles de ADN dirigido QIAseq utilizan la secuenciación digital incorporando códigos de barras moleculares en el material de ADN inicial antes de cualquier amplificación. Esto preserva la singularidad de las moléculas de ADN iniciales y evita los problemas de duplicados de PCR, falsos positivos y sesgo de biblioteca.

Aplicaciones

- SNV
- Pequeñas indeles
- CNV

- FFPE
- Plasma/suero
- Tejido fresco o congelado
- Líneas celulares

- Perfiles de variantes de ADN en neoplasias malignas sólidas y hematológicas
- Detección de puntos calientes en tumores sólidos
- Examen de variantes en el ADN mitocondrial
- Dolor y farmacogenómica de ADME
- Pruebas de identidad humana y paternidad
- Evaluación de mutaciones de la línea germinal para enfermedades hereditarias
- Perfilado de todas las bases exónicas en BRCA 1 y BRCA2

Los paneles de ADN específicos de QIAseq se pueden utilizar para identificar una variedad de variantes de ADN de una amplia gama de tipos de muestras para numerosas aplicaciones.

Variantes del ADN:

Tipos de muestra:

Aplicaciones: