Qiagen, 333625, Panel personalizado de QIAseq Targeted RNAscan

Kit que contiene TODOS los reactivos (excepto los índices) para secuenciación de fusión dirigida; Panel personalizado de 96 muestras

Características

- Cuantificación precisa de un gran número de genes de fusión
- Identificar nuevos socios de genes de fusión, sin necesidad de conocimiento previo del punto de interrupción
- Funciona con ARN de baja calidad, incluido ARN de FFPE y biopsia líquida.
- Requiere un aporte bajo de ARN, tan bajo como 15 ng de ARN no enriquecido
- Crea y recibe en dos semanas un panel para tu contenido único

Detalles del producto

Los paneles QIAseq Targeted RNAscan son una solución completa, desde la muestra hasta la información, que aplica la estrategia de secuenciación digital de ARN basada en códigos de barras moleculares para cuantificar genes de fusión conocidos y nuevos. La secuenciación digital de ARN es un enfoque único que etiqueta los genes con códigos de barras moleculares antes de la amplificación, lo que evita los problemas de duplicados de PCR y el sesgo de la biblioteca. Además, el exclusivo enfoque de extensión de un solo cebador permite la detección de nuevos genes de fusión. El proceso de análisis de datos patentado permite realizar llamadas altamente fiables de transcripciones de fusión de baja abundancia e identificar nuevos genes de fusión.

Cada panel QIAseq Targeted RNAscan contiene todos los componentes necesarios para construir bibliotecas a partir de dianas enriquecidas. Los paneles son independientes de la plataforma y funcionan tanto en instrumentos Illumina como Ion Torrent. El diseño de cebadores se basa en la extensión de un solo cebador, donde cada diana se enriquece con un cebador específico y un cebador universal, una estrategia que reduce la cantidad de cebadores necesarios. Todos los cebadores necesarios para un panel se agrupan en un grupo de cebadores individual para reducir la manipulación de los paneles y el número de grupos necesarios para el enriquecimiento y la construcción de la biblioteca. Los índices específicos de la plataforma, incluidos en una caja independiente, permiten la multiplexación de hasta 384 muestras por secuenciación.

Se pueden diseñar paneles personalizados para apuntar a fusiones de genes conocidos basándose en puntos de interrupción caracterizados, o para descubrir fusiones nuevas utilizando diseños basados ​​en exones o genes.

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Actuación

- Precisión: la secuenciación digital innovadora (que incorpora códigos de barras moleculares) elimina la duplicación de PCR y el sesgo de amplificación para detectar con confianza fusiones conocidas y nuevas.
- Especificidad: La combinación única de nuestro algoritmo patentado de diseño de cebadores y las rigurosas pruebas de cada ensayo de cebadores garantizan una alta especificidad y resultados precisos.
Contenido: Los paneles RNAscan específicos de QIAseq ofrecen un alto grado de flexibilidad en la multiplexación de contenido y muestras. Se han desarrollado varios paneles catalogados para una amplia gama de aplicaciones. También se puede crear un panel personalizado para contenido específico o para ampliar el contenido de un panel catalogado existente. Se pueden multiplexar hasta 384 muestras utilizando los índices de QIAseq.
- Flexibilidad: Debido a que los paneles RNAscan dirigidos por QIAseq utilizan una extensión de cebador único, los cebadores pueden diseñarse para detectar fusiones conocidas basadas en puntos de interrupción caracterizados o para descubrir fusiones nuevas.

Procedimiento

El flujo de trabajo completo de los paneles QIAseq Targeted RNAscan, desde el ARN extraído hasta las bibliotecas listas para secuenciar, se completa en 9 horas. El ARN extraído se convierte en ADNc, las dianas se codifican molecularmente y se enriquecen, y se construyen las bibliotecas. Los archivos de secuenciación se pueden incorporar al pipeline de QIAseq (un pipeline de análisis de datos basado en la nube), que filtra, mapea y alinea las lecturas, además de contar los códigos de barras moleculares únicos asociados con las regiones diana y las fusiones de llamadas. Estos datos se pueden incorporar a QCI para su interpretación.

Aplicaciones

- FFPE
- Tejido fresco o congelado
- Líneas celulares

- Detección de fusiones genéticas conocidas basadas en puntos de ruptura bien caracterizados
- Descubrimiento de nuevas fusiones de genes utilizando diseños de cebadores basados ​​en exones o genes

Los paneles QIAseq Targeted RNAscan se pueden utilizar para detectar fusiones de genes conocidos y nuevos a partir de una amplia gama de tipos de muestras para numerosas aplicaciones.

Tipos de muestra:

Aplicaciones: