Qiagen, 333705, Kit de biblioteca de ARN del repertorio inmunitario QIAseq

Kit de biblioteca de ARN del repertorio inmunitario QIAseq para la detección del repertorio inmunitario humano y murino

Características

- Los índices moleculares únicos (UMI) garantizan resultados de secuenciación precisos
- Análisis de datos en línea a través de GeneGlobe
- Incluye QIAseq Beads para la limpieza de la reacción
- Protocolo compatible con automatización para muestras humanas o de ratón
- Índices de muestra QIAseq solicitados por separado para multiplexar hasta 384 muestras

Detalles del producto

Los kits de bibliotecas de ARN del repertorio inmunitario QIAseq utilizan índices moleculares únicos (UMI) con cebadores específicos para cada gen, dirigidos a ARN específicos para la secuenciación NGS. Cada panel único está cuidadosamente diseñado y verificado en laboratorio para garantizar un rendimiento de secuenciación óptimo y resultados precisos mediante un software de alineación compatible con UMI. El panel de receptores de células T humanos y murinos se utiliza para secuenciar la región V(D)J de los genes alfa, beta, delta y gamma, incluidas las regiones CDR3. El análisis en línea a través del Centro de Análisis de Datos GeneGlobe proporciona métricas clave de control de calidad de la secuenciación, así como la frecuencia e identidad de cada clonotipo secuenciado.

Este kit se ha actualizado al panel QIAseq Targeted RNA-seq para el receptor de células T. Recomendamos iniciar nuevos proyectos con los kits actualizados.

Actuación

Cadena: % células Jurkat
TCR-alfa: 10
1: 1
0,1: 1
0.01:10
TCR-beta: 10
1: 1
0.1: 2
0.01:61

Visión completa del repertorio inmunitario de las células T

Sensible al menos al 0,01%

Procedimiento

El kit de biblioteca de ARN del repertorio inmunitario QIAseq se basa en una síntesis de ADNc altamente eficiente y específica para TCR, enriquecimiento de cebadores específicos del gen TCR e indexación molecular para una evaluación precisa y sensible del clonotipo y la diversidad de TCR (véase la figura "Flujo de trabajo de la biblioteca de ARN del repertorio inmunitario QIAseq"). Se proporcionan cebadores para la transcriptasa inversa de TCR y el panel de enriquecimiento, junto con los reactivos de la biblioteca.

síntesis de ADNc

Las muestras de ARN se someten primero a transcripción inversa para obtener ADNc con cebadores RT específicos para TCR. Posteriormente, se produce la síntesis de la segunda cadena, lo que genera ADNc bicatenario (ADNc-ds). Este ADNc-ds se repara en sus extremos y se le añade una cola A mediante un protocolo de un solo tubo.

Asignación de UMI

Antes del enriquecimiento de la diana y la amplificación de la biblioteca, a cada molécula de ADNc original se le asigna un UMI mediante la ligadura de un adaptador que contiene una secuencia completamente aleatoria de 12 bases (es decir, el UMI) al ADNc bicatenario. Estadísticamente, este proceso proporciona 4^12 índices posibles por adaptador, y cada molécula de ADN de la muestra recibe una secuencia UMI única. Además, este adaptador ligado también contiene el primer índice de la muestra.

Enriquecimiento de objetivos y construcción final de la biblioteca

Tras la asignación de UMI, se realiza el enriquecimiento de la diana para garantizar que las moléculas de ADNc del TCR estén suficientemente enriquecidas en la biblioteca secuenciada. Para el enriquecimiento, las moléculas de ADNc ligadas se someten a PCR dirigida utilizando un cebador específico de la región constante del TCR y un cebador universal complementario al adaptador. Finalmente, se realiza una PCR universal para amplificar la biblioteca e introducir secuencias adaptadoras específicas de la plataforma, así como índices de muestra adicionales.