Qiagen, 333735, QIAseq 96-Conjunto de índices duales únicos B (384)

Caja que contiene adaptadores únicos de doble indexación para indexar hasta 96 muestras para la secuenciación del panel objetivo QIAseq en plataformas Illumina; suficiente para procesar un total de 384 muestras; se requiere el segundo de los 2 juegos para multiplexar hasta 192 muestras

Características

- Diseño optimizado exclusivamente de QIAGEN
- Control de calidad de lotes de fabricación por NGS
- Formatos de tubos y placas disponibles para mayor comodidad y rendimiento de muestra escalable.
- Adaptadores de índice dual únicos disponibles para multiplexar hasta 192 muestras con soluciones QIAseq Targeted NGS*

* No apto para kits de preparación de bibliotecas QIAseq que utilizan adaptadores en forma de Y. Consulte nuestros kits de biblioteca de ADN QIAseq FX para obtener información sobre los kits de adaptadores en Y de índice dual único QIAseq.

Detalles del producto

Los paneles QIAseq Targeted permiten la secuenciación de nueva generación (NGS) de ADN o ARN, desde la muestra hasta la perspectiva. Estas soluciones optimizadas facilitan la detección ultrasensible de variantes y clonotipos en células, tejidos y biofluidos mediante índices moleculares únicos (UMI) integrados.

Para desmultiplexar bibliotecas agrupadas y asignar lecturas a la biblioteca fuente original adecuada, los flujos de trabajo de NGS requieren la adición de un complejo adaptador que incluya tanto una secuencia de nucleótidos común como oligonucleótidos de índice de muestra.

Compatibles únicamente con los instrumentos Illumina, nuestros Índices Duales Únicos (UDI) están optimizados para los flujos de trabajo de los Paneles Dirigidos QIAseq, incluyendo los kits QIAseq Targeted DNA, QIAseq RNAscan y QIAseq Immune Repertoire RNA Library. Disponibles exclusivamente en QIAGEN para aplicaciones de secuenciación de próxima generación (NGS) dirigidas por QIAseq, los Kits UDI QIAseq ofrecen la máxima seguridad de proceso y garantizan la confianza en los datos de secuenciación, mitigando los saltos de índice y la asignación incorrecta de lecturas. La combinación de UMI y UDI proporciona a los Paneles Dirigidos QIAseq una precisión excepcional. También disponemos de adaptadores de índice dual combinatorios, no únicos.

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Actuación

- Precisión: La secuenciación digital innovadora (que incorpora códigos de barras moleculares) elimina la duplicación de PCR y los artefactos de amplificación para detectar variantes de baja frecuencia con alta confianza (ver figura Principio de códigos de barras moleculares).
- Especificidad: La combinación única de nuestro algoritmo patentado de diseño de cebadores y las rigurosas pruebas de cada ensayo de cebadores garantizan una alta especificidad y resultados precisos.
- Uniformidad: el flujo de trabajo del panel de ADN dirigido QIAseq se ha optimizado para ofrecer resultados de secuenciación altamente uniformes, para garantizar que la capacidad de secuenciación se utilice de manera muy eficiente (consulte la figura Uniformidad).
Sensibilidad: El enfoque de secuenciación digital de ADN está optimizado para ofrecer alta fiabilidad en la identificación de variantes de ADN de baja frecuencia. Sensibilidad superior al 90 % para el 1 % del SNP NA12878 e indel en la región codificante típica, con menos de 15 falsos positivos por megaregión de bases al detectar variantes con un diseño de cebadores en mosaico que cubre la región codificante completa de cada gen.
- Universalidad: La química utilizada en los paneles de ADN dirigidos QIAseq y el flujo de trabajo es compatible con regiones genómicas tanto regulares como ricas en GC, lo que permite lograr una cobertura del 100 % de genes ricos en contenido de GC, como CEBPA y CCND1 (consulte la figura Cobertura de regiones genómicas ricas en GC).
Flexibilidad: Los paneles de ADN dirigido QIAseq ofrecen un alto grado de flexibilidad en la multiplexación de contenido y muestras. Se han desarrollado varios paneles catalogados para una amplia gama de aplicaciones. También se puede crear un panel personalizado para un contenido específico o ampliar el contenido de un panel catalogado existente. Se pueden multiplexar hasta 384 muestras utilizando los índices QIAseq.

Principio

Los duplicados de PCR son un problema importante en la secuenciación dirigida de ADN, ya que, mediante la amplificación por PCR, convierten moléculas de ADN únicas en moléculas de ADN idénticas que no se pueden distinguir entre sí. Además, los errores de la amplificación y secuenciación por PCR también pueden estar presentes en las lecturas finales, lo que provoca variantes con falsos positivos en los resultados de la secuenciación. Esto, a su vez, impide identificar con seguridad las variantes de ADN presentes con baja frecuencia en el material de ADN inicial. Para superar el problema de los duplicados de PCR y los artefactos de amplificación, los paneles de ADN dirigido QIAseq utilizan la secuenciación digital incorporando códigos de barras moleculares en el material de ADN inicial antes de cualquier amplificación. Esto preserva la singularidad de las moléculas de ADN iniciales y evita los problemas de los duplicados de PCR, los falsos positivos y el sesgo de la biblioteca.

Procedimiento

El flujo de trabajo completo de los paneles de ADN dirigido QIAseq, desde el ADN extraído hasta las bibliotecas listas para secuenciar, se completa en 9 horas (véase la figura Flujo de trabajo). El ADN extraído se fragmenta, las dianas genómicas se codifican molecularmente y se enriquecen, y se construyen las bibliotecas. Los archivos de secuenciación se pueden incorporar al pipeline de QIAseq, un pipeline de análisis de datos basado en la nube, que filtra, mapea y alinea las lecturas, además de contar los códigos de barras moleculares únicos asociados a las regiones genómicas objetivo y determinar las variantes con un algoritmo que reconoce los códigos de barras. Estos datos se pueden incorporar a IVA o QCI para su interpretación.

Aplicaciones

Los índices de ADN dirigidos QIAseq se pueden utilizar para indexar muestras enriquecidas con paneles de ADN dirigidos QIAseq o paneles de ARN dirigidos QIAseq, y están disponibles para las plataformas Illumina e Ion Torrent.