Qiagen, 333894, kit D QIAseq DIRECT SARS-CoV-2

Solución de caja única que contiene todos los materiales para la transcripción inversa y la preparación de la biblioteca con 96 índices duales únicos (conjunto D)

Características

- Funciona con todas las variantes de preocupación conocidas, incluido Omicron
- Flujo de trabajo rápido de 4 horas sin necesidad de reacciones de fragmentación o ligadura
- Cobertura altamente uniforme del genoma completo para el SARS-CoV-2
- Una reducción del 50% en el uso de propinas en comparación con los flujos de trabajo basados ​​en ARTIC
- Alto rendimiento de la biblioteca incluso a partir de muestras con un número bajo de copias

Detalles del producto

Los kits QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 están especialmente diseñados para impulsar la investigación del SARS-CoV-2, agente causal de la COVID-19. Estos kits son soluciones de caja única para secuenciar el genoma viral completo. El SARS-CoV-2 está codificado por una molécula de ARN monocatenario de polaridad positiva que puede mezclarse con el ARN del huésped durante el aislamiento de una muestra. Los kits incluyen reactivos para la transcripción inversa del ARN a ADNc, cebadores para enriquecer específicamente el genoma viral e índices duales únicos (UDI) para la secuenciación. El panel consta de aproximadamente 550 cebadores para crear 425 amplicones, que cubren todo el genoma viral del SARS-CoV-2.

Actuación

Solución de caja única de alta calidad

La amplificación de la diana del SARS-CoV-2 requiere tanto la transcripción inversa como el enriquecimiento del genoma completo del ARN viral. El kit QIAseq DIRECT SARS-COV-2 es una solución integral para generar bibliotecas de genoma completo listas para secuenciación y compatibles con todas las plataformas Illumina.

Nuevo diseño de cebador

El kit QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 está diseñado para un rendimiento óptimo en plataformas de secuenciación de lectura corta. Genera amplicones de aproximadamente 250 pb, en comparación con los de 400 pb producidos con métodos alternativos, lo que resulta en amplicones más cortos que no requieren fragmentación. El kit genera bibliotecas de alto rendimiento y tamaño similar que mejoran el rendimiento en cuanto a uniformidad de secuencia y profundidad de lectura general.

Multiplexación

El kit QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 permite la multiplexación en instrumentos Illumina de alto rendimiento, como NovaSeq (hasta 384 muestras por carril de una celda de flujo Illumina).

Análisis de datos

Al combinarse con QIAGEN CLC Genomics Workbench, el panel proporciona datos que se pueden analizar rápidamente. Los datos de secuenciación se pueden utilizar para identificar variantes en diferentes muestras, así como para comparar con múltiples genomas, desde genomas de referencia de consenso hasta uno de los muchos genomas que se han cargado de todo el mundo.

Principio

Los virus constan de ácido nucleico (genoma viral) y un número limitado de proteínas que facilitan la entrada en la célula huésped, la replicación del genoma y la producción de viriones. Si bien los genomas virales pueden estar compuestos de ARN o ADN, el SARS-CoV-2 está codificado por una molécula de ARN. El tamaño del genoma completo del SARS-CoV-2 es inferior a 30 kb y puede mezclarse con el ARN del huésped al aislarse de una muestra humana, lo que dificulta la reconstrucción del genoma viral completo.

Aunque la secuenciación de nueva generación (NGS) se ha convertido en una herramienta vital, la preparación de bibliotecas sigue siendo un obstáculo clave en el flujo de trabajo de NGS. El kit QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 es un conjunto de cebadores de PCR multiplex para la amplificación del genoma completo del SARS-CoV-2. Utilizando amplicones optimizados para plataformas de lectura corta, el kit QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 utiliza un enfoque de segmentación superpuesto y redundante para reducir el riesgo de pérdidas causadas por nuevas mutaciones virales.

Procedimiento

QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 utiliza un flujo de trabajo optimizado de 4 horas para el enriquecimiento y la preparación de la biblioteca del genoma del virus SARS-CoV-2.

Síntesis de ADNc y enriquecimiento del SARS-CoV-2

El flujo de trabajo QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 comienza con la síntesis de ADNc con cebador aleatorio (no requiere depleción de ARNr ni selección de poli-A). Esta reacción es flexible en cuanto al ARN de entrada; se requieren 5 µl de ARN viral como volumen inicial, independientemente del título viral. Tras la síntesis de ADNc, se utilizan grupos de cebadores multiplexados en una reacción de PCR multiplex de alta fidelidad para preparar dos grupos de amplicones de aproximadamente 250 pb. Los dos grupos enriquecidos por muestra se combinan en un solo tubo y se purifican mediante un paso de limpieza con QIAseq Bead.

Amplificación de bibliotecas e indexación de muestras

Tras la cuantificación y la normalización, las muestras enriquecidas con SARS-CoV-2 se amplifican e indexan mediante una reacción de amplificación de alta fidelidad. Durante esta reacción, se añaden índices duales únicos (UDI) a las muestras. Los UDI mitigan eficazmente el riesgo de errores de asignación de lecturas debido a saltos de índice. Esto se consigue filtrando las lecturas mal asignadas durante la demultiplexación de muestras individuales, lo que genera datos de salida de alta precisión. Para obtener más información sobre los UDI de QIAseq, consulte el «Apéndice A: Índices duales únicos de QIAseq DIRECT» del Manual de QIAseq DIRECT SARS-CoV-2.

Secuenciación de próxima generación

Las bibliotecas QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 son compatibles con las plataformas Illumina NGS, incluidas iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 500/550, HiSeq 2500, HiSeq 3000/4000 y NovaSeq 6000.

Aplicaciones

El kit QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 se puede utilizar para lograr una cobertura completa del genoma viral del SARS-CoV-2 para fines de investigación epidemiológica y vigilancia genómica.

Con la capacidad de multiplexar hasta 384 muestras, el panel permite a los laboratorios ampliar rápidamente sus capacidades de secuenciación e intensificar los esfuerzos de vigilancia genómica del SARS-CoV-2. La amplificación precisa y la alta cobertura del genoma del SARS-CoV-2 permiten la detección de nuevas variantes con una precisión inigualable.