Qiagen, 333937, Kit de exoma humano QIAseq (24)

Para 3 reacciones de captura de hibridación para procesar hasta 24 bibliotecas compatibles con Illumina en grupos de 8; contiene sondas, oligos bloqueadores y reactivos para captura híbrida y amplificación posterior a la captura híbrida para el enriquecimiento del exoma completo; requiere la compra por separado del kit UDI de biblioteca de ADN QIAseq FX (24), n.° de cat. 180477
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Características

- Detectar variantes asociadas a enfermedades con confianza, facilidad y eficiencia
- Incorpore rápidamente un flujo de trabajo escalable de un solo día, compatible con la automatización, con análisis de datos preconfigurados y soluciones de interpretación de variantes
- Elimine el cuello de botella de datos y reduzca el tiempo de respuesta general con un análisis rápido de datos y una interpretación de variantes.

Detalles del producto

El panel de exoma humano QIAseq de 37 Mb ofrece una excelente uniformidad de cobertura independientemente de la composición del GC objetivo para la detección sensible de variantes patógenas, lo que permite eficiencias de tiempo y costos fundamentales para la escalabilidad.

Los kits QIAseq Human Exome maximizan la utilización de las lecturas y reducen los costes de secuenciación hasta en un 50%, a la vez que proporcionan llamadas de SNV, Indel y CNV de alta calidad. El panel ofrece una cobertura del 99% a nivel base con una profundidad ≥20x, lo que permite una sensibilidad combinada >98% para SNV e Indel, a la vez que minimiza las pérdidas. El flujo de trabajo de muestra a secuenciación, compatible con la automatización y de un solo día, es >33% más rápido que otros flujos de trabajo de exomas y ofrece una uniformidad de cobertura excepcional con tiempos de hibridación variables, en tan solo 30 minutos (incluso con muestras FFPE y cfDNA). Además, el flujo de trabajo QIAseq Human Exome elimina los cuellos de botella de datos y reduce el tiempo total de respuesta gracias a un análisis de datos rápido y una interpretación de variantes. Pase del archivo FASTQ a llamadas de variantes de alta calidad en 60 minutos con QIAGEN CLC Genomics Workbench, que es un 57% más rápido que los procesos BWA-GATK convencionales. Al reducir el tiempo y la carga de la interpretación a gran escala hasta en un 80%, obtiene evidencia específica de variantes y enfermedades de alta calidad para la interpretación con QIAGEN Clinical Insight (QCI) para QIAseq.

Las bibliotecas de precaptura se preparan con reactivos de preparación de bibliotecas QIAseq FX compatibles con UDI, que generan enzimáticamente hasta 384 bibliotecas únicas de doble indexación en un flujo de trabajo de 2,5 horas. Los kits de bibliotecas QIAseq cfDNA y los kits de bibliotecas QIAseq Ultralow Input también ofrecen mayor compatibilidad con otros tipos de muestras. Los kits de bibliotecas se adquieren por separado (véase más abajo). El enriquecimiento del exoma se realiza con los kits QIAseq Human Exome. Los kits incluyen sondas de exoma, microesferas de estreptavidina y reactivos de enriquecimiento y amplificación.

Actuación

- Utilización de lectura maximizada que resulta en una reducción de hasta el 50% en los costos de secuenciación
- Un flujo de trabajo de secuenciación de muestra compatible con la automatización, de un solo día, al menos un 33 % más rápido que otros flujos de trabajo de exomas
- Flujos de trabajo de análisis e interpretación de variantes preoptimizados que reducen la carga de interpretar las decenas de miles de variantes que resultan de la secuenciación del exoma.

El panel QIAseq Human Exome de 37 Mb ofrece una uniformidad de cobertura excepcional, independientemente de la composición de GC de las dianas. Esto facilita una cobertura de base >99% de las dianas con una precisión ≥20x e impulsa la detección integral y sensible de variantes (sensibilidad combinada >98% para SNV e indeles), a la vez que minimiza la pérdida de resultados. El panel QIAseq Human Exome ofrece:

La detección de CNV se habilita fácilmente gracias a la excepcional uniformidad de cobertura que ofrece el panel, en combinación con el flujo de trabajo preoptimizado QIAseq Human Exome de QIAGEN CLC Genomics Workbench. Este enfoque proporciona información adicional que no se puede obtener fácilmente con otras soluciones de secuenciación de exomas disponibles comercialmente.

Elimine el cuello de botella de datos y reduzca el tiempo de respuesta general con un análisis rápido de datos y una interpretación de variantes.

Convierta su archivo FASTQ en llamadas de variantes de alta calidad en tan solo 60 minutos con el flujo de trabajo QIAseq Human Exome en QIAGEN CLC Genomics Workbench: un 57 % más rápido que los procesos BWA-GATK convencionales. Con flujos de trabajo preconfigurados de un solo exoma o de tríos, las SNV, las indels y las CNV se identifican con precisión sin necesidad de una lenta optimización de los parámetros de análisis y filtrado. Los archivos VCF generados por este flujo de trabajo se pueden formatear fácilmente para su posterior interpretación.

La interpretación de variantes se basa en QIAGEN Clinical Insight (QCI) para QIAseq. Esta plataforma de eficacia probada se ha utilizado para analizar e interpretar más de 1,6 millones de muestras de NGS hasta la fecha, aprovechando el contenido estructurado de alta calidad de la Base de Conocimiento de QIAGEN, que contiene más de 20 millones de hallazgos biológicos y relacionados con enfermedades. Además, los usuarios finales tienen acceso a evidencia de alta calidad específica de variantes y enfermedades para su interpretación, lo que facilita una mejor comprensión del papel de estas variantes en la patogénesis de las enfermedades.

Principio

La secuenciación del exoma se ha adoptado ampliamente en los últimos 10 años como una forma eficiente de cribar el genoma en busca de mutaciones asociadas a enfermedades. Al centrar las lecturas en las regiones codificantes, que albergan más del 80 % de las mutaciones causantes de enfermedades, aumenta la probabilidad de identificar variantes asociadas a ellas. Al mismo tiempo, la cantidad de secuenciación necesaria se reduce en un 99 % en comparación con los genomas completos, lo que minimiza significativamente el coste de la secuenciación.

El método se basa en el enfoque de captura híbrida para el enriquecimiento de dianas, donde se diseñan sondas, complementarias en secuencia a sus dianas, que funcionan como cebos para extraer su diana de una biblioteca de moléculas de ADN. Una vez hibridadas las sondas con sus dianas, estos híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina mediante una interacción covalente con la etiqueta de biotina de las sondas. A continuación, se utiliza un imán para mantener estas microesferas con los híbridos sonda-diana en el lateral del tubo, mientras que el resto del ADN no de interés se elimina, reduciendo los efectos fuera de la diana. Tras eliminar el ADN no unido, las dianas se amplifican y se preparan para la secuenciación.

Una vez generadas las bibliotecas de precaptura, se hibridan con las sondas del exoma. Tras la hibridación, los híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina y se lavan dos veces para garantizar la rigurosidad. Las bibliotecas enriquecidas con exoma se amplifican y preparan para su secuenciación en sistemas Illumina. Los FASTQ resultantes se cargan en el flujo de trabajo QIAseq Human Exome, dentro de QIAGEN CLC Genomics Workbench, para su filtrado, mapeo de lecturas y selección de variantes. El resultado del VCF se carga posteriormente en QIAGEN Clinical Insight para QIAseq, lo que permite una cascada de filtrado de variantes que facilita la priorización de variantes para una interpretación basada en la evidencia.

Los kits de exoma humano QIAseq ofrecen un flujo de trabajo escalable, de un solo día y compatible con la automatización, que se adapta a sus necesidades específicas o a los requisitos de su aplicación. Compatibles con ADN de alta calidad, así como con ADNcf y ADN de muestras FFPE, se logra una uniformidad de cobertura excepcional y una identificación de variantes de alto rendimiento con tiempos de hibridación variables.

Consulte el Manual del exoma humano QIAseq para obtener más detalles.

Explora el archivo BED del exoma humano QIAseq.

Procedimiento

El protocolo QIAseq Human Exome aprovecha la preparación de bibliotecas QIAseq FX para generar bibliotecas altamente complejas e imparciales, incluso a partir de muestras de menor calidad, como ADN derivado de FFPE, en tan solo 2,5 horas. Además, QIAseq Human Exome también es compatible con la preparación de bibliotecas QIAseq cfDNA. Las bibliotecas pueden generarse a partir de ADN genómico fragmentado enzimáticamente, ADN genómico cizallado físicamente y ADN circulante libre de células. Según el tipo de ADN de entrada, recomendamos utilizar los siguientes kits de preparación de bibliotecas: Kits de biblioteca de ADN QIAseq FX, Kits de biblioteca de entrada ultrabaja QIAseq y Kits de biblioteca de cfDNA QIAseq (consulte el Manual de QIAseq Human Exome para más información).

Los kits de exoma humano QIAseq utilizan un enfoque de enriquecimiento de dianas basado en la captura de hibridación para enriquecer específicamente las secuencias exónicas del genoma humano a partir de bibliotecas de genoma completo indexadas. Su flujo de trabajo flexible permite la captura simultánea de hibridación de hasta 8 muestras con tan solo 200 ng de entrada por biblioteca.

Aplicaciones

- Identificación de genes de enfermedades para trastornos raros y hereditarios
- Genética de poblaciones y detección de portadores
- Estudio de las vías y mecanismos de las enfermedades humanas.
- Estudio de los mecanismos de infección patógenos

La adopción generalizada de la secuenciación del exoma ha impulsado diversos enfoques más rentables para la investigación de enfermedades. Los kits de exoma humano QIAseq pueden utilizarse en diversas aplicaciones que utilizan la secuenciación del exoma, como:

Identificación de genes de enfermedades y análisis de mutaciones para trastornos raros y hereditarios

La secuenciación completa del exoma para enfermedades raras puede realizarse como exomas individuales (solo probando [afectado]) o como secuenciación en trío. Si bien el enfoque de solo probando es más rentable, suele resultar en un número mucho mayor de variantes en comparación con la secuenciación en trío, donde también se secuencian ambos progenitores biológicos para descartar mutaciones particulares e inconsistencias mendelianas, reduciendo así el conjunto de variantes para una mayor investigación.

Para el análisis de mutaciones en trastornos hereditarios, la secuenciación del exoma también se está convirtiendo en un enfoque ampliamente utilizado. Al adoptar un exoma como un panel amplio a partir del cual se pueden cribar conjuntos de genes relacionados con enfermedades, los laboratorios ahorran en costos de reactivos. Además, pueden implementar flujos de trabajo más estandarizados, especialmente para la automatización, lo que reduce la introducción de errores de tipo II. Además, con el rápido crecimiento del conocimiento sobre las enfermedades humanas, la necesidad de actualizar constantemente los paneles se mitiga al tener un exoma como panel base, ya que este ya representa todas las regiones codificantes del genoma humano.

Genética de poblaciones y detección de portadores

El estudio de la patogénesis de enfermedades raras y complejas se complica por la contribución de alelos raros que pueden existir en poblaciones específicas y variantes con un amplio espectro de frecuencias alélicas que varían según la etnia. La secuenciación del exoma ha sido una herramienta ampliamente utilizada para perfilar diversas poblaciones en busca de estas variantes y comprender mejor sus frecuencias dentro de estos grupos específicos. Esto permite una mejor cuantificación del riesgo de ser portador, especialmente en el caso de enfermedades debilitantes, lo que permite a las parejas planificar mejor y tomar decisiones informadas, y comprender la susceptibilidad a los trastornos más comunes que afectan la calidad de vida general o los costos de atención médica a lo largo de la vida.

Estudio de las vías y mecanismos de las enfermedades humanas

La utilidad de los exomas va más allá de la simple identificación de la variante causante de la enfermedad. En el esfuerzo por comprender los mecanismos que alimentan y regulan las vías directamente implicadas en la progresión de la enfermedad, generalmente con la intención de identificarlas para el tratamiento, los exomas también se han convertido en una herramienta útil en combinación con la secuenciación del transcriptoma. Mediante la secuenciación del exoma, se pueden identificar otras variantes que podrían actuar como modificadores, destacando así las vías reguladoras candidatas.

Estudio de los mecanismos de infección patógenos

Es importante comprender los mecanismos de infección bacteriana o viral, así como los factores que predisponen a las personas a la infección, para diseñar medidas preventivas y terapéuticas que contrarresten la propagación de enfermedades. La secuenciación del exoma proporciona un enfoque que ayuda a identificar mutaciones en proteínas, ya sea expresadas en la superficie celular o implicadas en otros mecanismos de transporte, que podrían facilitar la entrada del patógeno y su proliferación en el entorno del huésped humano. Este tipo de estudios se estructura de forma muy similar a los estudios poblacionales, en los que los resultados se correlacionan con metadatos sobre la enfermedad en la población para establecer resultados significativos.