Qiagen, 334051, panel Ultra de cfDNA dirigido por QIAseq (12)

Kit que contiene TODOS los reactivos (excepto los índices) para la secuenciación dirigida de cfDNA

Características

- Genere bibliotecas desde tan solo 5 ng hasta 80 ng de cfDNA
- Detecta frecuencias de alelos variantes (VAF) de hasta el 0,1 % con una especificidad >99 %
- Tasa de error ultrabaja con química de alta fidelidad combinada con análisis de datos de corrección de errores
- Un flujo de trabajo de un solo día con <2 horas de tiempo práctico
- Flujo de trabajo compatible con la automatización

Detalles del producto

Los kits QIAseq Targeted cfDNA Ultra ofrecen un ensayo de secuenciación de nueva generación (NGS) para enriquecer genes y regiones seleccionados utilizando entre 5 y 80 ng de ADN libre de células (cfDNA). El reactivo de enriquecimiento se suministra como una mezcla de cebadores en un solo tubo, con hasta 20 000 cebadores por panel. Los kits están optimizados para su uso con nuestros kits QIAseq Targeted cfDNA Ultra UDI en plataformas Illumina.

Actuación

Basándonos en nuestra experiencia en el empleo de índices moleculares únicos (UMI) para corregir el sesgo de amplificación de PCR, junto con nuestro enriquecimiento de objetivos altamente específico patentado, los kits QIAseq Targeted cfDNA Ultra ofrecen una preparación de biblioteca de alta fidelidad para muestras de cfDNA que permite la detección confiable de variantes somáticas al 0,1 % VAF.

Cuando se combinan con QIAGEN CLC Genomics Workbench para la detección de variantes, los kits QIAseq Targeted cfDNA Ultra pueden ofrecer una alta sensibilidad en la detección de variantes ultrabajas con una especificidad >99 %.

Principio

Los kits QIAseq Targeted cfDNA Ultra integran índices moleculares únicos (UMI) y química de alta fidelidad para identificar variantes raras con alta fiabilidad. La química se optimiza aún más con un enriquecimiento especialmente formulado para lograr un enriquecimiento altamente eficiente de las regiones regulares y ricas en GC a altos niveles de multiplexación (hasta 20 000 cebadores por panel).

Al combinarse con QIAGEN CLC Genomics Workbench para análisis secundario, los kits QIAseq Targeted cfDNA Ultra permiten la detección ultrasensible de variantes de hasta el 0,1 % con una especificidad superior al 99 %. La cantidad de plantilla necesaria para una sola reacción de secuenciación QIAseq Targeted cfDNA Ultra oscila entre 5 y 80 ng de cfDNA.

Procedimiento

Preparación final y asignación de UMI

En primer lugar, las muestras de ADN libre se reparan en sus extremos y se les añade una cola A mediante una única reacción multienzimática controlada. Los fragmentos de ADN preparados se ligan posteriormente con un adaptador específico de la plataforma de secuenciación que contiene UMI de 12 pb.

Enriquecimiento de objetivos y construcción final de la biblioteca

Para el enriquecimiento, las moléculas de ADN ligadas se someten a varios ciclos de PCR dirigida utilizando un cebador específico de la región y un cebador universal complementario al adaptador. Finalmente, se realiza una PCR universal para amplificar la biblioteca y añadir secuencias adaptadoras específicas de la plataforma e índices de muestra.

Aplicaciones

Las aplicaciones incluyen la elaboración de perfiles de cáncer temprano, enfermedad residual mínima (ERM) o aspectos de investigación de resistencia al tratamiento.